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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ndj | ||||||
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タイトル | Crystal structure of aminoglycoside TC007 in complex with 70S ribosome from Thermus thermophilus, three tRNAs and mRNA (soaking) | ||||||
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![]() | RIBOSOME / translation / 30S / 50S / 70S / tRNA / mRNA / bacteria / RNA-protein complex / inhibitor / antibiotic / aminoglycoside | ||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Prokhorova, I. / Djumagulov, M. / Urzhumtsev, A. / Yusupov, M. / Yusupova, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Aminoglycoside interactions and impacts on the eukaryotic ribosome. 著者: Prokhorova, I. / Altman, R.B. / Djumagulov, M. / Shrestha, J.P. / Urzhumtsev, A. / Ferguson, A. / Chang, C.T. / Yusupov, M. / Blanchard, S.C. / Yusupova, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 6.7 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 5種, 14分子 131G1H14161JY1Y4W1X1V1W4X4V4
#1: RNA鎖 | 分子量: 493997.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 55771382 #15: RNA鎖 | 分子量: 948539.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 55771382 #26: RNA鎖 | 分子量: 39540.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: GenBank: 55771382 #51: RNA鎖 | 分子量: 7911.565 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #52: RNA鎖 | 分子量: 24485.539 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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+50S ribosomal protein ... , 27種, 54分子 A865B5F81119L5P85815G8C5Q8M5B875L8H561696825H8D52129C885M8I5...
-30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 2A2I8I8A222E8E823I3A3E329I9A1F1B4I4A4E42AIAA5I5A5E52BIBA6I6A...
#6: タンパク質 | 分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P80376 #7: タンパク質 | 分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS #8: タンパク質 | 分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P80372 #9: タンパク質 | 分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P80374 #13: タンパク質 | 分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SHN3 #14: タンパク質 | 分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P80373 #19: タンパク質 | 分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SLQ0 #20: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3350.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SIH3 #24: タンパク質 | 分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P80377 #25: タンパク質 | 分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SHQ5 #29: タンパク質 | 分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SHP2 #33: タンパク質 | 分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS #34: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SLP8 #37: タンパク質 | 分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P80380 #41: タンパク質 | 分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SJ76 #42: タンパク質 | 分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P17291 #44: タンパク質 | 分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P80371 #48: タンパク質 | 分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SHN7 #49: タンパク質 | 分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SJH3 #50: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS |
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-非ポリマー , 4種, 3030分子 ![](data/chem/img/8UZ.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#53: 化合物 | ChemComp-8UZ / #54: 化合物 | ChemComp-MG / #55: 化合物 | ChemComp-ZN / #56: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.12 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 4% PEG20K, 4% PEGMME 550, 100mM Tris/HAc, 200mM KSCN |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月25日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.15→104.605 Å / Num. obs: 994263 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 45.357 % / Biso Wilson estimate: 79.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.369 / Rrim(I) all: 0.373 / Χ2: 0.985 / Net I/σ(I): 13.31 / Num. measured all: 45096899 / Scaling rejects: 9982 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 3.15→104.605 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.7 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 252.32 Å2 / Biso mean: 85.1783 Å2 / Biso min: 20 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.15→104.605 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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