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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ndi | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The structure of the E.coli guanidine II riboswitch P1 stem-loop | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | RNA / guanidine II riboswitch / stem-loop / tetra loop / dimer | 機能・相同性 | GUANIDINE / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å | データ登録者 | Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. | 資金援助 | 英国, 1件 |
引用 | ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2017 | タイトル: The Structure of the Guanidine-II Riboswitch. 著者: Huang, L. / Wang, J. / Lilley, D.M.J. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ndi.cif.gz | 118.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ndi.ent.gz | 95.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ndi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ndi_validation.pdf.gz | 448.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ndi_full_validation.pdf.gz | 452.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ndi_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ndi_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5ndi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5ndi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 6485.775 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) #2: 化合物 | ChemComp-GAI / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.01 M Magnesium Chloride, 0.05 M MES pH 5.6, 2.0 M Lithium Sulfate monohydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92011 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92011 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.57→51.02 Å / Num. obs: 20792 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 1.1 / 冗長度: 5.38 % / Biso Wilson estimate: 53.66 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 10.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.57→2.61 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 1.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique all: 588 / CC1/2: 0.5 / Rpim(I) all: 0.69 / % possible all: 99.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.57→40.344 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.49
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.57→40.344 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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