PDB-5nde: Crystal structure of metallo-beta-lactamase SPM-1 in space group P4222

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nde

タイトル

Crystal structure of metallo-beta-lactamase SPM-1 in space group P4222

要素

Beta-lactamase IMP-1

キーワード

HYDROLASE / lactamase / inhibitor / cyclobutanone

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Hinchliffe, P. / Spencer, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chemistry / 年: 2018
タイトル: Cyclobutanone Mimics of Intermediates in Metallo-beta-Lactamase Catalysis.
著者: Abboud, M.I. / Kosmopoulou, M. / Krismanich, A.P. / Johnson, J.W. / Hinchliffe, P. / Brem, J. / Claridge, T.D.W. / Spencer, J. / Schofield, C.J. / Dmitrienko, G.I.

履歴

登録	2017年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年4月25日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nde.cif.gz	220.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nde.ent.gz	176.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nde.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nde_validation.pdf.gz	463.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nde_full_validation.pdf.gz	466.4 KB	表示
XML形式データ	5nde_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	5nde_validation.cif.gz	37.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5nde ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/5nde	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ndbC 4bp0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hft-d 6ct3-d 6tqb-d 5v46-2 3som-1 2hch-1 4a9i-1 6sl6-d 3som-11 6v6n-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase IMP-1

B: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase IMP-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
28.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	130.740, 130.740, 100.860
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	93
Space group name H-M	P4₂22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-749- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Beta-lactamase IMP-1 / Beta-lactamase SPM-1 / Metallo-b-lactamase / Metallo-beta-lactamase blaSPM-1 / SPM-1 分子量: 27927.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: spm-1, bla SPM-1, blaSPM-1, CCBH4851_00081, ICEPaeSP_00028 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q8G9Q0, beta-lactamase

#1: タンパク質

Beta-lactamase IMP-1 / Beta-lactamase SPM-1 / Metallo-b-lactamase / Metallo-beta-lactamase blaSPM-1 / SPM-1

分子量: 27927.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: spm-1, bla SPM-1, blaSPM-1, CCBH4851_00081, ICEPaeSP_00028
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q8G9Q0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 522分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 505 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.0 M lithium sulfate, 1.6 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→36.261 Å / Num. obs: 96075 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.8 % / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 21.3
反射シェル	解像度: 1.7→1.94 Å / 冗長度: 21.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC_1/2: 0.69 / R_pim(I) all: 0.477 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4BP0

4bp0

解像度: 1.7→36.261 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1725	4772	4.97 %
R_work	0.1619	-	-
obs	0.1624	96042	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→36.261 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3869	0	58	505	4432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4017
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.079	5422
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.604	1504
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	592
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	687

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.7193	0.3027	171	0.2727	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7193-1.7396	0.2826	159	0.2554	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7396-1.7608	0.2218	169	0.2486	2968	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7608-1.7831	0.2451	170	0.2304	2990	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7831-1.8065	0.2463	148	0.2251	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8065-1.8313	0.232	148	0.2094	3030	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8313-1.8574	0.2098	162	0.1998	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8574-1.8852	0.2315	158	0.1918	3021	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8852-1.9146	0.2156	174	0.1807	2973	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9146-1.946	0.1641	149	0.1725	3043	X-RAY DIFFRACTION	100
1.946-1.9796	0.2124	138	0.1669	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9796-2.0155	0.1733	173	0.1595	3004	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0155-2.0543	0.1741	175	0.1558	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.0962	0.1698	164	0.1562	3009	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0962-2.1418	0.1623	168	0.1504	3028	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1418-2.1916	0.1574	143	0.1561	3039	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1916-2.2464	0.1619	165	0.1516	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2464-2.3072	0.1972	143	0.1595	3036	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3072-2.375	0.1791	161	0.1594	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.4517	0.175	168	0.1606	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4517-2.5393	0.1894	156	0.1539	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5393-2.6409	0.1739	172	0.1591	3023	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6409-2.7611	0.162	167	0.1603	3042	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7611-2.9066	0.1783	165	0.1638	3058	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9066-3.0886	0.185	119	0.1636	3106	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0886-3.3269	0.1686	150	0.1605	3083	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3269-3.6614	0.1615	165	0.1474	3096	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6614-4.1906	0.1472	163	0.1382	3112	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1906-5.2771	0.1306	160	0.1328	3144	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2771-36.269	0.1672	149	0.1807	3350	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7111	-0.3893	0.2389	2.7682	-0.7433	1.3389	0.1294	0.1371	-0.1799	-0.2302	-0.1651	-0.1908	0.1467	0.1357	0.0284	0.1588	0.0771	0.0002	0.2523	0.0253	0.1672	47.6397	14.3951	-24.3668
2	0.7355	0.5086	0.406	5.2665	0.013	1.9587	-0.0095	-0.8842	-0.1102	1.2545	-0.2971	-0.5459	-0.4838	0.2485	0.2619	0.5491	-0.0283	-0.2621	0.6576	0.1198	0.567	59.5941	14.0506	-7.885
3	1.0813	-0.5417	0.1178	1.5554	-0.5919	1.2186	0.0405	0.0533	0.0269	-0.0232	-0.0311	0.0214	-0.0921	-0.0199	-0.0028	0.1591	0.0483	-0.0159	0.223	0.0265	0.1703	38.945	24.9059	-19.863
4	1.5138	-0.5801	0.0813	1.1897	-0.3826	2.3617	-0.0414	-0.2669	-0.2402	0.0224	0.1024	0.3046	0.0277	-0.1385	-0.0731	0.2013	0.0384	-0.0087	0.2844	0.0782	0.2609	29.9191	20.0748	-11.5963
5	2.5044	-0.2616	0.3909	2.4705	-0.1857	1.6886	-0.0157	-0.0491	-0.1868	-0.061	0.1091	-0.1085	-0.0181	0.053	-0.1061	0.1432	-0.0082	0.0224	0.1795	-0.0124	0.1657	48.39	16.4768	19.0577
6	1.3756	-0.2134	0.1802	0.763	-0.5925	3.037	-0.0489	0.0135	0.3088	0.0342	0.0421	-0.0645	-0.569	0.2061	0.0123	0.2668	-0.0466	-0.0174	0.1825	-0.0129	0.2283	47.7504	33.2467	11.9682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 34 through 142 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 143 through 162 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 163 through 250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 251 through 316 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 32 through 178 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 179 through 317 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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