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- PDB-5ncr: OH1 from the Orf virus: a tyrosine phosphatase that displays dist... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ncr
タイトルOH1 from the Orf virus: a tyrosine phosphatase that displays distinct structural features and triple substrate specificity
要素tyrosine phosphatase
キーワードHYDROLASE / Tyrosine-phosphatase / homodimer / disulfide bridge / phosphate binding site
機能・相同性
機能・相同性情報


protein tyrosine/threonine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine phosphatase activity / MAP kinase tyrosine/serine/threonine phosphatase activity / negative regulation of MAPK cascade / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / protein-tyrosine-phosphatase / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response
類似検索 - 分子機能
Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. ...Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity phosphatase, catalytic domain / Dual specificity protein phosphatase domain / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / protein-tyrosine-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Orf virus (オルフウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.89 Å
データ登録者Segovia, D. / Haouz, A. / Berois, M. / Villarino, A. / Andre-Leroux, G.
資金援助ウルグアイ, フランス, 5件
組織認可番号国
CSICウルグアイ
ECOS-Sudウルグアイ
ECOS-Sud フランス
universidad de la Republicaウルグアイ
Institut National de la Recherche Agronomique フランス
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: OH1 from Orf Virus: A New Tyrosine Phosphatase that Displays Distinct Structural Features and Triple Substrate Specificity.
著者: Segovia, D. / Haouz, A. / Porley, D. / Olivero, N. / Martinez, M. / Mariadassou, M. / Berois, M. / Andre-Leroux, G. / Villarino, A.
履歴
登録2017年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tyrosine phosphatase
B: tyrosine phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7035
ポリマ－40,4172
非ポリマー2863
水2,018112
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1840 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area16210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.558, 63.554, 55.391
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 tyrosine phosphatase / Tyrosine phosphatase / virus assembly


分子量: 20208.447 Da / 分子数: 2 / 変異: C112S / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: scab from Ovis aries (sheep) / 由来: (組換発現) Orf virus (オルフウイルス) / プラスミド: pET28a(+)
詳細 (発現宿主): N-terminal 6xHis-tag, and an added TEV site
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6TW43
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 30% PEG MME 2K, Na-Acetate pH 4.6, 0.2M NH42SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 1.89 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→41.58 Å / Num. obs: 26622 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 30.56 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 4.4 / Num. measured all: 84484 / Scaling rejects: 23
反射 シェル解像度: 1.88→1.97 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / CC1/2: 0.174 / Rpim(I) all: 1.538 / Rrim(I) all: 2.627 / % possible all: 95

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CM3

3cm3


解像度: 1.89→17.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU R Cruickshank DPI: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.152 / SU Rfree Blow DPI: 0.133 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1324 5.01 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.189 26404 96.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 111.49 Å2 / Biso mean: 36.71 Å2 / Biso min: 14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5928 Å20 Å20.9419 Å2
2---0.8917 Å20 Å2
3----0.7011 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.27 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.89→17.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2679 0 15 112 2806
Biso mean--36.29 38.05 -
残基数----347
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d948SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes47HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes417HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2768HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion363SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3368SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2768HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3761HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.97
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.17
LS精密化 シェル解像度: 1.89→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2262 131 5.01 %
Rwork0.2241 2486 -
all0.2242 2617 -
obs--84.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8964-0.83150.74071.909-0.52162.27370.00630.1640.0591-0.0157-0.029-0.16120.0291-0.02110.0227-0.0571-0.018-0.026-0.03420.0371-0.024236.37164.8368-6.9019
23.10210.12381.04462.4138-0.68431.707-0.04510.07210.04730.00080.10350.163-0.0186-0.0286-0.0584-0.133-0.0124-0.0243-0.13550.0181-0.07333.367820.2858-23.3624
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A6 - 178
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B6 - 179

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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