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- PDB-5ncl: Crystal structure of the Cbk1-Mob2 kinase-coactivator complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ncl
タイトルCrystal structure of the Cbk1-Mob2 kinase-coactivator complex with an SSD1 peptide
要素
  • CBK1 kinase activator protein MOB2
  • Protein SSD1
  • Serine/threonine-protein kinase CBK1
キーワードSIGNALING PROTEIN / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


budding cell apical bud growth / regulation of fungal-type cell wall organization / cellular bud / prospore membrane / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / incipient cellular bud site / septum digestion after cytokinesis / cellular bud tip / intracellular mRNA localization / cellular bud neck ...budding cell apical bud growth / regulation of fungal-type cell wall organization / cellular bud / prospore membrane / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / incipient cellular bud site / septum digestion after cytokinesis / cellular bud tip / intracellular mRNA localization / cellular bud neck / mating projection tip / serine/threonine protein kinase complex / regulation of G1 to G0 transition / regulation of protein secretion / establishment or maintenance of cell polarity / mRNA catabolic process / protein kinase activator activity / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / P-body / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / 3'-5'-RNA exonuclease activity / cell cortex / non-specific serine/threonine protein kinase / negative regulation of translation / intracellular signal transduction / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mRNA binding / signal transduction / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DIS3-like exonuclease 2, C-terminal / DIS3-like exonuclease 2 C terminal / MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site ...DIS3-like exonuclease 2, C-terminal / DIS3-like exonuclease 2 C terminal / MOB kinase activator / MOB kinase activator family / MOB kinase activator superfamily / Mob1/phocein family / Mob1/phocein family / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / Protein SSD1 / CBK1 kinase activator protein MOB2 / Serine/threonine-protein kinase CBK1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Gogl, G. / Remenyi, A. / Parker, B. / Weiss, E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Ndr/Lats Kinases Bind Specific Mob-Family Coactivators through a Conserved and Modular Interface.
著者: Parker, B.W. / Gogl, G. / Balint, M. / Hetenyi, C. / Remenyi, A. / Weiss, E.L.
履歴
登録2017年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase CBK1
B: CBK1 kinase activator protein MOB2
D: Protein SSD1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8784
ポリマ－88,3723
非ポリマー5061
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5210 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area30820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.430, 79.990, 117.590
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 117.60, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase CBK1 / Cell wall biosynthesis kinase


分子量: 58756.566 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 251-756 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CBK1, YNL161W, N1727 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P53894, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質 CBK1 kinase activator protein MOB2 / MPS1 binder 2 / Maintenance of ploidy protein MOB2


分子量: 28415.197 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 46-287 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MOB2, YFL034C-B, YFL035C, YFL035C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43563
#3: タンパク質・ペプチド Protein SSD1 / Protein SRK1


分子量: 1200.273 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 205-214 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SSD1, CLA1, RLD1, SRK1, YDR293C, D9819.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24276
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.7 %
結晶化温度: 296 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.5 / 詳細: 25% PEG 20,000 BUFFERED WITH 0.1M NA-CITRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→44.595 Å / Num. obs: 19888 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 9.37
反射 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.04 / Mean I/σ(I) obs: 2.05 / Num. unique obs: 1455 / CC1/2: 0.804 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2420: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5BRK

5brk


解像度: 3.15→44.595 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2982 1000 5.03 %
Rwork0.2333 --
obs0.2367 19880 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→44.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4715 0 31 0 4746
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014871
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2926629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2232851
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1502-3.31620.42561350.33262707X-RAY DIFFRACTION100
3.3162-3.52390.32231500.27382643X-RAY DIFFRACTION100
3.5239-3.79590.35621330.25532699X-RAY DIFFRACTION100
3.7959-4.17760.29511310.23272694X-RAY DIFFRACTION100
4.1776-4.78150.33461350.21182687X-RAY DIFFRACTION100
4.7815-6.02190.27581600.23932698X-RAY DIFFRACTION100
6.0219-44.59960.24711560.20262752X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.7981 Å / Origin y: -13.6636 Å / Origin z: 19.783 Å
111213212223313233
T0.5771 Å20.0641 Å2-0.0951 Å2-0.4364 Å2-0.0049 Å2--0.6904 Å2
L3.0984 °21.2111 °20.084 °2-1.364 °2-0.0843 °2--1.7696 °2
S0.0937 Å °-0.9606 Å °0.278 Å °0.3043 Å °-0.2705 Å °-0.1846 Å °-0.0896 Å °0.3524 Å °0.0467 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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