PDB-5nch: GriE apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nch

タイトル

GriE apo form

要素

Leucine hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase / hydroxylase / non-heme iron protein / leucine hydroxylase / 5-hydroxyleucine / (2S4R)-5-hydroxyleucine / 4-methyl-proline / griselimycin / methyl-griselimycin

機能・相同性

Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / 2-oxoglutarate-dependent dioxygenase activity / iron ion binding / Leucine hydroxylase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces sp. DSM 40835 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.819 Å

データ登録者

Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Mueller, R.

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2017
タイトル: Biosynthesis of methyl-proline containing griselimycins, natural products with anti-tuberculosis activity.
著者: Lukat, P. / Katsuyama, Y. / Wenzel, S. / Binz, T. / Konig, C. / Blankenfeldt, W. / Bronstrup, M. / Muller, R.

履歴

登録	2017年3月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nch.cif.gz	306.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nch.ent.gz	254.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nch.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nch_validation.pdf.gz	427.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nch_full_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示
XML形式データ	5nch_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	5nch_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nch	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nciC 5ncjC 2a1xS 2fctS 2opwS 3emrS 3gjbS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3psl-d 6uh9-d 2ywv-2 4nye-d 6ksy-2 6hrl-d 3qi0-7 3g9d-d 3nua-d 5zhr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Leucine hydroxylase

B: Leucine hydroxylase

59.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.365, 69.837, 98.378
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.18, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Leucine hydroxylase 分子量: 29864.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: N-terminal Strep-tag II has been removed by TEV digestion, Construct is a C-terminal truncation of GriE (residues 1-265) 由来: (組換発現) Streptomyces sp. DSM 40835 (バクテリア) 遺伝子: griE / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E3URV8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Leucine hydroxylase

分子量: 29864.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal Strep-tag II has been removed by TEV digestion, Construct is a C-terminal truncation of GriE (residues 1-265)
由来: (組換発現)

Streptomyces sp. DSM 40835 (バクテリア)
遺伝子: griE / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0E3URV8

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 518 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.79 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20.8 % (w/v) PEG 4000, 0.233 M LiSO4, 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54183 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月26日 / 詳細: VariMax HF
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54183 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.819→98.378 Å / Num. obs: 46652 / % possible obs: 86.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.081 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.819→1.85 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2299 / CC_1/2: 0.786 / R_pim(I) all: 0.459 / % possible all: 84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_2689	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Ensembled model from: 3EMR, 2A1X, 2FCT, 3GJB, 2OPW

解像度: 1.819→40.49 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.21
詳細: Refinement with TLS parameters & automatic addition of hydrogens in riding positions.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2128	2301	4.94 %	Random selection
R_work	0.1722	-	-	-
obs	0.1743	46611	86.2 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.819→40.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3893	0	0	518	4411

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4144
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.81	5664
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.014	2518
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	619
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	761

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.819-1.8586	0.3085	141	0.2778	2745	X-RAY DIFFRACTION	85
1.8586-1.9018	0.2921	170	0.2603	3097	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9018-1.9494	0.27	77	0.2325	1297	X-RAY DIFFRACTION	40
1.9494-2.0021	0.2377	152	0.1988	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0021-2.061	0.2542	122	0.2036	2628	X-RAY DIFFRACTION	96
2.061-2.1275	0.2324	80	0.1907	1716	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1275-2.2036	0.2409	157	0.1846	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2036-2.2918	0.2453	98	0.1915	1675	X-RAY DIFFRACTION	53
2.2918-2.3961	0.2232	164	0.1787	3186	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3961-2.5224	0.2026	162	0.1718	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5224-2.6804	0.2604	152	0.1776	3224	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6804-2.8873	0.2196	222	0.1648	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8873-3.1777	0.2259	152	0.1685	3242	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1777-3.6373	0.193	163	0.1492	3020	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6373-4.5816	0.1663	121	0.1294	2493	X-RAY DIFFRACTION	83
4.5816-40.4998	0.1727	168	0.1695	3265	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9379	-0.7625	-0.2519	1.1686	-0.479	1.0244	-0.0759	-0.0959	-0.1243	-0.0715	0.0486	-0.2548	0.1783	0.0741	-0.0002	0.1907	0.0053	0.0467	0.1311	0.0186	0.1475	6.1011	31.2792	89.5758
2	0.8068	-0.4404	-0.1722	0.4343	0.1323	0.3645	-0.0367	0.5228	-0.3845	-0.0853	-0.0449	0.2419	0.4357	-0.3326	-0.0527	0.2372	-0.0842	-0.0012	0.3972	0.0073	0.2451	-12.2318	25.5168	80.6531
3	1.1527	-0.1262	-0.4045	1.0915	0.8046	0.7278	-0.0296	0.0652	0.0165	-0.0039	0.0101	0.0511	0.0232	-0.1535	0	0.1364	-0.0228	0.0121	0.1717	0.0364	0.1493	-4.6236	35.6343	90.6989
4	0.6757	-0.0048	-0.4553	1.064	-0.045	1.2035	-0.0195	-0.004	0.0028	-0.102	0.0282	0.0842	-0.0386	-0.1831	-0.0033	0.1466	-0.0005	0.001	0.1402	-0.0026	0.1321	-2.7854	39.0655	88.0963
5	0.5886	0.6094	-0.0579	1.034	0.2083	1.3407	-0.0096	-0.0406	0.0291	0.2806	0.0418	-0.2109	-0.1372	0.1708	0.0058	0.1339	-0.0167	-0.0249	0.1503	0.0004	0.1367	19.4628	52.965	59.637
6	1.1823	-0.707	0.0585	1.8626	1.2382	1.1342	-0.1222	-0.1841	-0.1943	-0.0038	-0.1334	0.3995	-0.1165	-0.3205	-0.3845	0.1282	0.045	-0.022	0.2313	0.0443	0.1867	1.2446	58.6165	51.708
7	0.2754	0.3597	0.2695	0.8581	0.4761	0.6098	0.0357	0.0651	-0.1257	-0.228	0.0523	-0.1849	-0.1127	-0.0718	0.0126	0.1564	-0.0221	-0.0076	0.1162	0.0206	0.1735	19.81	53.5535	50.1103
8	0.1043	0.035	0.0075	1.2059	0.4273	0.5106	0.1067	-0.1154	-0.0916	0.1944	-0.074	0.2967	0.1326	-0.4599	0.1092	0.1583	0.0042	0.0032	0.263	0.001	0.1807	4.0333	41.3478	53.0425
9	0.8638	-0.1381	-0.3311	0.9917	-0.2256	0.3543	-0.0007	0.0224	-0.096	0.0769	0.0049	0.0578	0.0553	0.0204	-0.0006	0.1306	-0.0043	-0.0117	0.1039	0.0011	0.1179	12.4929	41.4084	55.6732
10	1.0552	-0.5996	0.7002	1.0499	-0.7944	0.878	0.0365	0.4104	0.5202	-0.3099	-0.2992	-0.2434	0.3111	0.0635	-0.0392	0.2623	-0.0214	-0.0182	0.3109	-0.0286	0.3088	3.6169	30.9724	55.5595
11	0.641	0.0038	-0.1094	1.4411	0.0971	0.4921	-0.0265	0.0947	-0.0104	-0.1373	-0.0139	-0.0002	-0.0949	-0.0633	-0.0062	0.1482	0.0068	-0.0293	0.1177	-0.0018	0.0933	13.6918	49.5459	52.2578

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 40 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 41 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 120 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 121 through 265 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 40 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 41 through 65 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 66 through 99 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 100 through 120 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 121 through 171 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 172 through 188 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 189 through 265 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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