[日本語] English
万見
- PDB-6ksy: Crystal structure of arginase from Zymomonas mobilis ZM4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ksy
タイトルCrystal structure of arginase from Zymomonas mobilis ZM4
要素Arginase/agmatinase/formiminoglutamase
キーワードHYDROLASE / arginase
機能・相同性
機能・相同性情報


arginase activity / : / manganese ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase domain / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Arginase/agmatinase/formiminoglutamase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.649 Å
データ登録者Park, S.Y. / Hwangbo, S.A.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2019
タイトル: Characterization of a Dimeric Arginase FromZymomonas mobilisZM4.
著者: Hwangbo, S.A. / Kim, J.W. / Jung, S.J. / Jin, K.S. / Lee, J.O. / Kim, J.S. / Park, S.Y.
履歴
登録2019年8月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Arginase/agmatinase/formiminoglutamase
B: Arginase/agmatinase/formiminoglutamase
C: Arginase/agmatinase/formiminoglutamase
D: Arginase/agmatinase/formiminoglutamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,14212
ポリマ－128,6194
非ポリマー5238
水14,556808
1
A: Arginase/agmatinase/formiminoglutamase
D: Arginase/agmatinase/formiminoglutamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5716
ポリマ－64,3092
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4280 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA
2
B: Arginase/agmatinase/formiminoglutamase
ヘテロ分子

C: Arginase/agmatinase/formiminoglutamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5716
ポリマ－64,3092
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area4400 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area21510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.107, 100.324, 79.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.310, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Arginase/agmatinase/formiminoglutamase / Ureohydrolase-like protein


分子量: 32154.740 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア)
株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: rocF, ZMO0432, ZMO1_ZMO0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5NQE9
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 808 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 25 % (w/v) Polyethylene glycol 3350, 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Tris-HCl at pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月12日 / 詳細: K-B
放射モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.649→20 Å / Num. obs: 131592 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 6.5 % / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 17.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Num. unique obs: 6498 / Rpim(I) all: 0.388

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.649→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1877 1999 -
Rwork0.1652 --
obs-131527 94.84 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.649→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8958 0 8 808 9774
LS精密化 シェル解像度: 1.649→1.708 Å / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2395 --
Rwork0.2348 --
obs-12328 89.06 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る