+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nch | ||||||
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Title | GriE apo form | ||||||
Components | Leucine hydroxylase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / Fe(II)/alpha-ketoglutarate dependent dioxygenase / hydroxylase / non-heme iron protein / leucine hydroxylase / 5-hydroxyleucine / (2S4R)-5-hydroxyleucine / 4-methyl-proline / griselimycin / methyl-griselimycin | ||||||
Function / homology | phytanoyl-CoA dioxygenase activity / Phytanoyl-CoA dioxygenase / Phytanoyl-CoA dioxygenase (PhyH) / metal ion binding / Leucine hydroxylase Function and homology information | ||||||
Biological species | Streptomyces sp. DSM 40835 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.819 Å | ||||||
Authors | Lukat, P. / Blankenfeldt, W. / Mueller, R. | ||||||
Citation | Journal: Chem Sci / Year: 2017 Title: Biosynthesis of methyl-proline containing griselimycins, natural products with anti-tuberculosis activity. Authors: Lukat, P. / Katsuyama, Y. / Wenzel, S. / Binz, T. / Konig, C. / Blankenfeldt, W. / Bronstrup, M. / Muller, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nch.cif.gz | 306.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nch.ent.gz | 254.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nch.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5nch_validation.pdf.gz | 427.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5nch_full_validation.pdf.gz | 428.9 KB | Display | |
Data in XML | 5nch_validation.xml.gz | 24.5 KB | Display | |
Data in CIF | 5nch_validation.cif.gz | 37.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nch ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nch | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5nciC 5ncjC 2a1xS 2fctS 2opwS 3emrS 3gjbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 29864.492 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: N-terminal Strep-tag II has been removed by TEV digestion, Construct is a C-terminal truncation of GriE (residues 1-265) Source: (gene. exp.) Streptomyces sp. DSM 40835 (bacteria) / Gene: griE / Production host: Escherichia coli / Strain (production host): Bl21(DE3) / References: UniProt: A0A0E3URV8 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.55 Å3/Da / Density % sol: 51.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 20.8 % (w/v) PEG 4000, 0.233 M LiSO4, 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.54183 Å |
Detector | Type: RIGAKU SATURN 944+ / Detector: CCD / Date: Feb 26, 2013 / Details: VariMax HF |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54183 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.819→98.378 Å / Num. obs: 46652 / % possible obs: 86.3 % / Redundancy: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 11.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.819→1.85 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.711 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2299 / CC1/2: 0.786 / Rpim(I) all: 0.459 / % possible all: 84 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: Ensembled model from: 3EMR, 2A1X, 2FCT, 3GJB, 2OPW Resolution: 1.819→40.49 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.21 Details: Refinement with TLS parameters & automatic addition of hydrogens in riding positions.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.819→40.49 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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