PDB-5nc4: Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) in c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nc4

タイトル

Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) in complex with protochelin from Pseudomonas aeruginosa

要素

Ferric enterobactin receptor

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PfeA / PA2688 / outer membrane receptor / protochelin

機能・相同性

機能・相同性情報

colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / outer membrane / enterobactin binding / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Moynie, L. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: The complex of ferric-enterobactin with its transporter from Pseudomonas aeruginosa suggests a two-site model.
著者: Moynie, L. / Milenkovic, S. / Mislin, G.L.A. / Gasser, V. / Malloci, G. / Baco, E. / McCaughan, R.P. / Page, M.G.P. / Schalk, I.J. / Ceccarelli, M. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2017年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nc4.cif.gz	289.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nc4.ent.gz	236.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5m9bC 5mzsC 5nr2C 5outC 6i2jC 6q5eC 6r1fC 5m9k PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6i2j-d 6r1f-d 5mzs-d 5nc3-d 5nr2-d 5m9b-d 6q5e-d 6z2n-d 6y47-d 1xkh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ferric enterobactin receptor

ヘテロ分子

79.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.751, 157.352, 78.108
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ferric enterobactin receptor 分子量: 78744.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: pfeA, PA2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05098
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-8T2 / ~{N}-[(5~{S})-5-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-6-[4-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]butylamino]-6-oxidanylidene-hexyl]-2,3-bis(oxidanyl)benzamide 分子量: 624.638 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₁H₃₆N₄O₁₀
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.66 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000, ADA, Magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→157.35 Å / Num. obs: 26955 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 19.5
反射シェル	解像度: 2.8→2.813 Å / 冗長度: 7.7 % / R_merge(I) obs: 0.695 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 245 / CC_1/2: 0.867 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5M9K

5m9k
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.8→78.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.871 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 34.381 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.726 / ESU R Free: 0.345 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26326	1310	4.9 %	RANDOM
R_work	0.21811	-	-	-
obs	0.22026	25602	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 110.265 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.46 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.8→78.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5363	0	46	0	5409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	5528
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5058
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.406	1.955	7491
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.708	3.002	11612
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.506	5	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.952	24.328	268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.1	15	879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.549	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	6491
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1323
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.596	6.086	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.571	6.084	2790
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.583	9.146	3484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.536	9.142	3483
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.095	6.54	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.094	6.541	2739
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.398	9.657	4008
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.031		23137
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.031		23138
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.877 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	105	-
R_work	0.356	1836	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.5386	-1.4747	0.8417	7.2906	-0.993	6.6025	0.2394	0.4075	-0.8608	-0.7659	-0.0955	0.0629	0.2846	-0.1152	-0.1439	0.2062	-0.0463	-0.0097	0.053	-0.0425	0.2639	-0.9632	177.7158	165.0622
2	2.2753	0.6193	0.1907	3.3736	1.2221	6.1007	0.132	-0.1734	-0.0281	-0.5722	0.0777	-0.311	-0.4264	0.1156	-0.2097	0.1334	-0.04	0.0793	0.0638	-0.0575	0.2233	2.0168	186.7669	169.94
3	2.8248	0.4114	-0.8428	3.7327	-0.3565	7.219	0.0785	-0.0332	0.3797	-0.3805	0.0404	0.4604	-0.8167	-1.1793	-0.1189	0.1541	0.1492	-0.045	0.2488	-0.1073	0.4102	-11.227	191.6533	172.4318
4	2.4726	0.3641	0.4311	3.7459	1.5246	4.1093	0.2502	-0.2821	0.5326	-0.443	0.027	-0.1976	-1.7954	0.1394	-0.2772	0.8825	-0.0998	0.1713	0.0726	-0.1405	0.3873	1.6456	198.1192	173.4973
5	2.2409	0.3024	0.367	2.8878	0.5652	5.0876	0.0601	-0.0165	-0.106	-0.5537	0.3617	-0.9029	-0.503	1.4061	-0.4218	0.1477	-0.1959	0.1985	0.5483	-0.2299	0.7075	18.9806	190.0556	172.1911
6	1.4481	0.8696	0.6557	4.4848	2.5045	4.9497	0.2521	-0.4654	-0.3921	0.1579	0.2892	-0.9464	0.7752	0.6795	-0.5413	0.1825	0.0565	-0.0668	0.3747	0.0013	0.5306	11.2218	177.7444	180.8878
7	2.3368	0.5825	0.9809	3.3033	2.8851	7.0778	0.1966	-0.2228	-0.5061	0.219	-0.0595	-0.2365	1.1443	0.0824	-0.1371	0.4344	-0.1136	-0.0105	0.2059	0.0983	0.432	-2.1885	170.0586	176.7408
8	2.5845	-0.2522	0.9025	3.9198	0.5933	5.0022	0.3261	-0.2752	-0.2964	-0.1616	-0.3419	0.6778	0.5336	-1.1247	0.0158	0.1019	-0.1033	-0.0037	0.4241	-0.0595	0.4062	-13.8836	177.4903	174.4992

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 63
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	64 - 165
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	166 - 240
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	241 - 335
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	336 - 447
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	448 - 586
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	587 - 645
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	646 - 721

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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