PDB-5nc3: Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nc3

タイトル

Crystal structure of the ferric enterobactin receptor (PfeA) from Pseudomonas aeruginosa in complex with the tris-catechol vector

要素

Ferric enterobactin receptor

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / PfeA / PA2688 / outer membrane receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

enterobactin transmembrane transporter activity / enterobactin transport / colicin transmembrane transporter activity / siderophore transmembrane transport / siderophore transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / outer membrane / enterobactin binding / cell outer membrane / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.57 Å

データ登録者

Moynie, L. / Naismith, J.H.

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2022
タイトル: Hijacking of the Enterobactin Pathway by a Synthetic Catechol Vector Designed for Oxazolidinone Antibiotic Delivery in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Moynie, L. / Hoegy, F. / Milenkovic, S. / Munier, M. / Paulen, A. / Gasser, V. / Faucon, A.L. / Zill, N. / Naismith, J.H. / Ceccarelli, M. / Schalk, I.J. / Mislin, G.L.A.

履歴

登録	2017年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nc3.cif.gz	286.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nc3.ent.gz	237 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nc3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5nc3_validation.pdf.gz	862 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nc3_full_validation.pdf.gz	869.5 KB	表示
XML形式データ	5nc3_validation.xml.gz	25.5 KB	表示
CIF形式データ	5nc3_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6y47C 6yy5C 6z2nC 6z33C 7obwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5nr2-d 6y47-d 6r1f-d 6q5e-d 5nc4-d 6z2n-d 6i2j-d 5mzs-d 1xkh-3 6z33-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ferric enterobactin receptor

ヘテロ分子

79.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.697, 155.171, 77.796
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Ferric enterobactin receptor 分子量: 78744.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: pfeA, PA2688 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05098
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-8SW / ~{N}-[2-[[(2~{S})-2-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-3-[[(2~{S})-2-[[2,3-bis(oxidanyl)phenyl]carbonylamino]-3-oxidanylidene-3-(prop-2-ynylamino)propyl]amino]-3-oxidanylidene-propyl]amino]-2-oxidanylidene-ethyl]-2,3-bis(oxidanyl)benzamide 分子量: 692.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₂H₃₂N₆O₁₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.83 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 8000 ADA Magnesium acetate pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97623 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97623 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.57→77.8 Å / Num. obs: 34110 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 22.1
反射シェル	解像度: 2.57→2.66 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 1.148 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3283 / CC_1/2: 0.756 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.57→77.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 34.521 / SU ML: 0.308 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.414 / ESU R Free: 0.283 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26285	1728	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21881	-	-	-
obs	0.22103	32378	99.73 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 97.309 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	8.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.57→77.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5421	0	51	1	5473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.02	5591
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5105
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.409	1.955	7579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.676	3.002	11718
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.94	5	704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.292	24.391	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.489	15	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.796	15	40
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	804
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	6571
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1335
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.798	5.333	2822
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.797	5.335	2823
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.464	8.005	3524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.465	8.007	3525
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.6	5.825	2769
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.6	5.827	2770
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.746	8.573	4056
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.402		23277
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.401		23278
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.57→2.637 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.464	123	-
R_work	0.43	2349	-
obs	-	-	99.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	25.3954	-5.6772	-19.3891	1.2904	4.3244	14.8344	-0.8452	-0.7818	-0.5695	0.2208	0.2796	0.0973	0.6941	0.5559	0.5656	0.7195	0.0481	-0.0564	0.5639	-0.0087	0.728	-13.4442	20.0131	-0.5327
2	3.4094	0.2356	-0.8444	2.0111	-0.4622	6.1716	0.1624	0.3629	-0.3148	0.3582	-0.096	0.1258	0.3759	0.3246	-0.0664	0.1118	0.04	0.0231	0.1097	0.0219	0.179	-1.7003	26.7929	-13.9147
3	3.0589	-0.014	-1.1373	2.1402	0.3964	6.3833	0.0956	0.0096	0.168	0.1497	-0.2042	-0.3097	-0.4579	1.5407	0.1085	0.0815	-0.0987	-0.0567	0.4954	0.1222	0.3199	12.7427	33.3706	-14.2804
4	62.1728	12.4384	-25.4376	2.5512	-3.7184	40.9365	0.4248	-2.8298	-0.1763	0.1194	-0.5789	-0.031	0.1917	0.6671	0.1541	0.9742	0.0176	0.2847	0.2263	-0.1514	0.6648	-7.8121	45.623	9.4526
5	6.071	-0.4927	-4.4839	1.391	0.8398	9.8205	0.3657	-0.0556	0.5326	0.141	-0.1548	0.0307	-1.1159	0.5691	-0.2109	0.1764	-0.0948	0.0512	0.109	0.1048	0.3463	0.6463	39.9524	-14.9182
6	3.962	-0.3258	-1.6958	1.6253	-0.2539	7.5232	0.3186	0.6593	0.4398	0.1756	0.0084	0.1971	-0.9176	-0.0517	-0.327	0.1336	0.0275	0.0484	0.1381	0.1437	0.3291	-7.1419	39.7272	-18.5834
7	2.5825	-0.4913	-0.26	1.8106	-0.8418	4.0551	0.0587	0.7243	-0.3832	0.0391	0.1474	0.4178	0.5487	-0.5887	-0.2061	0.0993	-0.0417	-0.0012	0.3178	-0.0286	0.3769	-14.4201	24.8527	-21.3012
8	2.4583	-0.3244	1.4553	2.2789	-2.4698	7.782	0.1862	0.465	-0.6075	-0.2167	-0.1065	0.1811	1.1532	0.2313	-0.0797	0.5625	0.2018	0.0477	0.2396	-0.1776	0.5135	2.1242	12.2371	-20.1543
9	2.7678	-0.5288	-0.1231	3.5582	-0.3483	2.0953	0.205	0.5535	-0.3697	-0.0485	-0.5054	-0.6979	0.979	1.1856	0.3004	0.4904	0.594	0.0836	0.8513	0.0676	0.3571	14.1004	19.3477	-18.2459

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	155 - 239
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	240 - 244
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	245 - 302
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	303 - 358
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	359 - 587
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	588 - 646
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	647 - 722

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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