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- PDB-5nbq: The structure of the tripartite complex between OspE, the C-termi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nbq
タイトルThe structure of the tripartite complex between OspE, the C-terminal domains of factor H and C3dg
要素
  • Complement C3
  • Complement factor H
  • Outer surface protein E
  • Outer surface protein E,Outer surface protein E
キーワードIMMUNE SYSTEM / complement / regulation / microbe / evasion
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of complement activation, alternative pathway / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / symbiont cell surface / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance ...regulation of complement activation, alternative pathway / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / symbiont cell surface / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / regulation of complement activation / complement-mediated synapse pruning / Alternative complement activation / Activation of C3 and C5 / positive regulation of phagocytosis, engulfment / positive regulation of lipid storage / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of type IIa hypersensitivity / complement receptor mediated signaling pathway / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / endopeptidase inhibitor activity / neuron remodeling / amyloid-beta clearance / B cell activation / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / complement activation, classical pathway / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / response to bacterium / Post-translational protein phosphorylation / fatty acid metabolic process / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of angiogenesis / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / azurophil granule lumen / heparin binding / blood microparticle / secretory granule lumen / G alpha (i) signalling events / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Borrelia outer surface protein E/F / OspE-like superfamily / Borrelia outer surface protein E / Borrelia outer surface protein E/F / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / : / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment ...Borrelia outer surface protein E/F / OspE-like superfamily / Borrelia outer surface protein E / Borrelia outer surface protein E/F / Transcriptional Co-activator pc4; Chain A / : / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Complement Module, domain 1 / : / Anaphylatoxin domain signature. / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Complement Module; domain 1 / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Glycosyltransferase - #20 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Ribbon / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement C3 / Complement factor H / Outer surface protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Borreliella burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.18 Å
データ登録者Kolodziejczyk, R. / Mikula, K.M. / Kotila, T.M. / Postis, V.L.G. / Sakari, J.T. / Meri, T.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Academy of Finland255922 and 259793 フィンランド
Sigrid Juselius Foundation フィンランド
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of a tripartite complex between C3dg, C-terminal domains of factor H and OspE of Borrelia burgdorferi.
著者: Kolodziejczyk, R. / Mikula, K.M. / Kotila, T. / Postis, V.L.G. / Jokiranta, T.S. / Goldman, A. / Meri, T.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Complement C3
B: Complement C3
C: Complement C3
D: Complement factor H
E: Complement factor H
F: Complement factor H
G: Outer surface protein E
H: Outer surface protein E,Outer surface protein E
I: Outer surface protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,3859
ポリマ－185,3859
非ポリマー00
水362
1
A: Complement C3
D: Complement factor H
G: Outer surface protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6533
ポリマ－61,6533
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Complement C3
E: Complement factor H
H: Outer surface protein E,Outer surface protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0793
ポリマ－62,0793
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Complement C3
F: Complement factor H
I: Outer surface protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,6533
ポリマ－61,6533
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.907, 165.063, 84.185
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Complement C3 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 1


分子量: 32824.590 Da / 分子数: 3 / 変異: A1153E, C1010A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C3, CPAMD1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P01024
#2: タンパク質 Complement factor H / H factor 1


分子量: 14443.388 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFH, HF, HF1, HF2 / 発現宿主: Pichia (菌類) / 参照: UniProt: P08603
#3: タンパク質 Outer surface protein E


分子量: 14385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア)
遺伝子: OspE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45001
#4: タンパク質 Outer surface protein E,Outer surface protein E


分子量: 14810.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi (バクテリア)
遺伝子: OspE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q45001
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2 or 24% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2 or 16% PEG3350, Tris pH 8.5, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.969 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.18→29.6 Å / Num. obs: 29070 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.419 % / Biso Wilson estimate: 78.73 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rrim(I) all: 0.147 / Χ2: 1.038 / Net I/σ(I): 12.43 / Num. measured all: 186599
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.18-3.375.3990.8921.7321040473638970.670.98382.3
3.37-3.66.740.5663.3629611440243930.8710.61499.8
3.6-3.886.6970.3455.5827898416741660.9470.374100
3.88-4.256.6890.1979.4325721385138450.9810.21499.8
4.25-4.746.5910.11914.9823068350235000.9920.12999.9
4.74-5.456.6410.117.3720734312331220.9940.108100
5.45-6.616.4420.09817.417238267626760.9940.107100
6.61-9.136.3390.0531.3413471213121250.9990.05599.7
9.13-29.65.8080.03344.897818140213460.9990.03696

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.18→29.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.878 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.519
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1406 4.84 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.235 29068 97.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 287.66 Å2 / Biso mean: 91.13 Å2 / Biso min: 20.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.005 Å20 Å20 Å2
2---17.3466 Å20 Å2
3---9.3416 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.5 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.18→29.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11752 0 0 2 11754
Biso mean---75.25 -
残基数----1504
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4142SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes317HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1709HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12011HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1561SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact13741SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12011HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg16276HARMONIC21.11
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.4
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.86
LS精密化 シェル解像度: 3.18→3.29 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 90 4.37 %
Rwork0.2602 1971 -
all0.2596 2061 -
obs--71.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3054-0.9082-0.92033.69741.80222.63050.0523-0.45040.38680.03680.2375-0.4992-0.12540.5422-0.2897-0.04390.08330.0917-0.0711-0.0391-0.128444.472230.47439.1732
22.1517-0.18630.33252.0951-0.35851.96360.04-0.25-0.38920.00710.18520.5442-0.0145-0.3822-0.2251-0.1356-0.0438-0.0161-0.07830.11770.096335.9521-1.732414.5549
32.40230.47940.4152.45820.37082.06830.09180.1060.43460.2075-0.00190.1013-0.1323-0.2154-0.0899-0.15820.01260.0217-0.04960.13110.056716.773118.4172-14.7699
41.67580.82380.24354.4590.78090.07580.0429-0.26450.0756-0.16310.0060.0909-0.0904-0.097-0.04890.07820.11340.0821-0.0694-0.0074-0.050513.953728.580546.6692
54.4204-1.49412.50573.4837-0.46572.6858-0.0922-0.01710.5352-0.1850.16980.2568-0.2107-0.0583-0.0776-0.0312-0.04190.0566-0.1018-0.0064-0.012152.19224.577715.9792
66.22420.3991-2.72680.1328-0.1933.476-0.009-0.207-0.25840.1130.165-0.05210.2757-0.0383-0.156-0.1193-0.152-0.1382-0.10710.03540.15327.4052-9.7384-8.5794
73.4481-1.57421.08121.3259-0.69954.53940.07390.27160.1327-0.2020.00170.2903-0.021-0.1584-0.0756-0.04060.1520.00690.16690.0227-0.26141.185723.783324.6374
82.0468-0.225-2.89034.80432.54265.9061-0.0665-0.01470.01280.15770.078-0.09490.12260.0693-0.01160.0215-0.0597-0.0975-0.17780.01990.015540.0573-23.1729-29.3408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A996 - 1285
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B995 - 1287
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C994 - 1286
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1104 - 1230
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }E1105 - 1229
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }F1106 - 1228
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }G42 - 170
8X-RAY DIFFRACTION8{ I|* }I42 - 170

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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