PDB-5naq: Crystal structure of native 6-phospho-glucosidase LpBgl from Lact...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5naq

タイトル

Crystal structure of native 6-phospho-glucosidase LpBgl from Lactobacillus plantarum

要素

Beta-galactosidase

キーワード

HYDROLASE / cysteine residue / glycosidase / protein aggregation / reducing agent / solubility enhancer

機能・相同性

機能・相同性情報

scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus plantarum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Acebron, I. / Mancheno, J.M.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Structural basis of the substrate specificity and instability in solution of a glycosidase from Lactobacillus plantarum.
著者: Acebron, I. / Plaza-Vinuesa, L. / de Las Rivas, B. / Munoz, R. / Cumella, J. / Sanchez-Sancho, F. / Mancheno, J.M.

履歴

登録	2017年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5naq.ent.gz	935.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5naq_validation.pdf.gz	499.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5naq_full_validation.pdf.gz	528.9 KB	表示
XML形式データ	5naq_validation.xml.gz	110.8 KB	表示
CIF形式データ	5naq_validation.cif.gz	158.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/5naq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/5naq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5navC 3cmjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xnz-d 2x6t-d 4ueq-d 6qwv-d 5ogk-d 1ha7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-galactosidase

B: Beta-galactosidase

C: Beta-galactosidase

D: Beta-galactosidase

E: Beta-galactosidase

F: Beta-galactosidase

ヘテロ分子

329 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Analytical gel-filtration on Superdex 200 10/300 reveals a large oligomer (apparently a hexamer).

単位格子

Length a, b, c (Å)	196.688, 191.683, 105.931
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-649- HOH

#1: タンパク質	Beta-galactosidase 分子量: 54666.910 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア) 遺伝子: bgl, lp_3629 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F9ULH8, beta-glucosidase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1605 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.65 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15% (w/v) PEG 3350, 0.2 M di-ammonium phosphate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 2 mM DTT and detergent CTAB.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→61.233 Å / Num. obs: 126809 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 22.3 Å² / CC_1/2: 0.987 / R_merge(I) obs: 0.117 / R_pim(I) all: 0.076 / R_sym value: 0.14 / Net I/σ(I): 6.9
反射シェル	解像度: 2.48→2.61 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 18978 / CC_1/2: 0.823 / R_pim(I) all: 0.281 / R_sym value: 0.517 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CMJ

3cmj

解像度: 2.48→61.233 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.41

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2168	6369	5.02 %
R_work	0.1588	-	-
obs	0.1618	126790	93.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→61.233 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	22392	0	60	1605	24057

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	23166
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.993	31578
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.298	13278
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	3210
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	4128

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.48-2.5082	0.2701	212	0.2157	4116	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5082-2.5377	0.2862	208	0.1949	4169	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5377-2.5686	0.2703	208	0.1877	4078	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5686-2.6012	0.2867	223	0.191	4092	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6012-2.6354	0.2845	240	0.1984	4067	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6354-2.6715	0.275	207	0.196	4117	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6715-2.7097	0.2778	196	0.1874	4100	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7097-2.7501	0.2441	206	0.1826	4102	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7501-2.7931	0.2469	199	0.1849	4084	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7931-2.8389	0.2847	220	0.192	4054	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8389-2.8878	0.2553	200	0.1976	4057	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8878-2.9403	0.3067	209	0.1926	4075	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9403-2.9969	0.272	185	0.1865	4097	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9969-3.058	0.2435	216	0.1839	4038	X-RAY DIFFRACTION	95
3.058-3.1245	0.2772	202	0.1843	4058	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1245-3.1972	0.2676	221	0.1866	4030	X-RAY DIFFRACTION	94
3.1972-3.2772	0.2374	208	0.1806	3971	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2772-3.3658	0.2405	219	0.178	3983	X-RAY DIFFRACTION	93
3.3658-3.4648	0.2403	233	0.1757	3974	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4648-3.5766	0.2246	231	0.1609	3970	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5766-3.7044	0.1949	217	0.1531	3989	X-RAY DIFFRACTION	93
3.7044-3.8527	0.1922	210	0.1473	3930	X-RAY DIFFRACTION	93
3.8527-4.028	0.1964	196	0.1412	3999	X-RAY DIFFRACTION	92
4.028-4.2404	0.1903	210	0.1293	3950	X-RAY DIFFRACTION	92
4.2404-4.506	0.1703	248	0.1131	3887	X-RAY DIFFRACTION	92
4.506-4.8537	0.1421	211	0.114	3966	X-RAY DIFFRACTION	92
4.8537-5.3419	0.1773	211	0.1197	3926	X-RAY DIFFRACTION	91
5.3419-6.1143	0.1723	197	0.1345	3903	X-RAY DIFFRACTION	91
6.1143-7.701	0.1673	221	0.1368	3863	X-RAY DIFFRACTION	90
7.701-61.2516	0.1419	205	0.1303	3776	X-RAY DIFFRACTION	87

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0591	-0.0011	0.0259	0.0486	-0.0265	0.0621	0.036	-0.0986	0.0021	0.1158	-0.0382	0.0095	-0.0581	-0.1253	-0.2463	0.1913	-0.0305	0.0341	0.1855	-0.0045	0.0567	66.4469	2.763	26.8126
2	0.0302	0.0031	0.0095	0.0201	0.0035	0.0047	0.0689	-0.0061	-0.028	0.0248	-0.0617	-0.1019	0.0073	0.02	-0.0012	0.1865	-0.0289	0.0175	0.1778	0.0218	0.0896	83.6748	3.2183	22.2931
3	0.0092	-0.0013	-0.0026	0.0057	0.0043	0.0032	-0.0011	-0.0057	0.0311	0.0335	0.0087	-0.0535	-0.088	0.0065	0	0.1558	-0.049	0.0024	0.1363	-0.0052	0.1328	85.1373	12.2609	10.0084
4	0.0898	0.065	0.0149	0.101	-0.0257	0.0237	0.0082	0.0735	-0.0353	-0.0084	0.0887	-0.1055	-0.0438	-0.1	0.022	0.1919	-0.026	0.0259	0.1548	-0.0009	0.1075	79.787	4.4168	8.4183
5	0.0426	0.0007	-0.0304	0.0181	-0.0386	0.0609	-0.0096	-0.0206	-0.2056	0.0564	0.0042	-0.0501	0.1311	0.0034	0	0.1586	-0.0255	0.0175	0.1365	0.0057	0.1971	77.9868	-13.7579	22.4869
6	0.2953	0.0212	-0.0171	0.1672	0.1369	0.2392	-0.0101	0.1895	0.1159	-0.1174	-0.099	0.0779	-0.1357	-0.1082	-0.0691	0.1538	0.0521	0.0384	0.1516	0.0178	0.1164	35.8501	16.6508	63.4372
7	0.052	-0.0097	-0.0166	0.0089	0.0063	0.0221	-0.0065	0.0123	0.0069	-0.032	-0.0092	-0.0612	-0.0275	0.0183	0.0137	0.1426	0.0504	0.0959	0.174	0.0155	0.0307	54.8157	5.706	68.0191
8	0.0756	-0.0416	0.0363	0.0418	0.0003	0.0487	-0.0548	-0.112	0.1317	0.0156	0.0109	-0.0212	-0.1263	-0.0255	-0.0052	0.1796	0.0181	0.0391	0.1681	-0.025	0.1536	46.1151	24.1013	79.6101
9	0.0937	0.0083	-0.0707	0.1212	0.0048	0.0588	0.0524	0.0389	0.0445	-0.0789	-0.0863	0.0817	-0.0132	0.0076	-0.0433	0.108	0.0554	-0.0059	0.1456	-0.0488	0.2077	5.0963	25.2731	86.8131
10	0.0689	0.02	-0.0102	0.0113	0.018	0.0969	-0.008	0.0282	-0.0562	-0.0192	-0.0185	0.0674	0.0094	-0.1016	-0.0323	0.0755	0.0204	-0.0388	0.172	-0.0714	0.3099	-12.5561	14.5568	92.8374
11	0.0139	-0.01	0.0428	0.0664	-0.0126	0.2516	0.056	0.0059	-0.1607	0.009	-0.0199	0.2091	0.0809	-0.0815	0.1103	0.1002	0.0094	-0.0073	0.1049	-0.097	0.3426	-8.6912	10.8418	97.9722
12	0.0205	-0.0141	0.0194	0.0192	-0.0175	0.0187	0.0373	0.0629	0.0059	-0.1224	-0.0123	0.1032	0.0506	0.0033	-0.0001	0.2048	0.0334	-0.0608	0.2575	-0.1521	0.3374	-7.8952	11.5968	76.7442
13	0.0106	0.0356	-0.0368	0.1172	-0.1282	0.1459	-0.0052	0.1603	-0.0823	-0.1822	-0.0419	0.1233	0.0571	-0.0015	-0.1568	0.1729	0.0576	-0.1032	0.2791	-0.1632	0.3023	-2.5717	13.2531	72.0939
14	0.1186	-0.0135	0.0129	0.1113	0.0798	0.0537	-0.024	-0.0148	-0.1337	0.0726	-0.0164	-0.0001	-0.0204	0.0148	-0	0.185	0.0126	0.0139	0.1654	0.0163	0.1739	6.8744	48.4333	122.3116
15	0.0328	0.0154	-0.0031	0.0084	0.005	0.0224	-0.0366	-0.0635	-0.0043	0.0061	-0.0668	0.0411	-0.0188	-0.0613	-0	0.2139	0.0609	0.0191	0.1811	0.021	0.2319	-10.318	53.4018	123.3298
16	0.0797	0.0002	0.0468	0.0358	-0.012	0.0242	-0.0701	-0.0298	0.0213	0.0182	-0.0536	0.1882	-0.0834	-0.0236	-0.0005	0.1911	0.0275	-0.027	0.1377	-0.0432	0.2129	-9.4244	63.2931	113.4471
17	0.0603	-0.0232	0.0225	0.1023	-0.0136	0.0078	-0.035	-0.0549	-0.0587	0.119	0.0255	0.1632	-0.107	0.0054	0.0164	0.2292	-0.0145	0.0762	0.2479	-0.0661	0.2006	-4.8053	61.5757	134.4203
18	0.0235	-0.0652	0.0474	0.1931	-0.1322	0.0956	-0.0589	-0.1876	0.0498	0.2298	-0.019	0.0263	-0.0936	-0.0523	-0.0529	0.2795	0.0059	0.0602	0.2914	-0.0421	0.1209	1.144	59.9744	138.2368
19	0.2081	0.0027	0.205	0.0034	-0.0052	0.209	-0.013	-0.1815	-0.0167	0.0422	0.027	-0.0249	0.0295	-0.1562	0.018	0.1966	0.0071	-0.0731	0.1583	-0.001	0.2043	38.4854	53.898	140.6039
20	0.1428	-0.0048	0.0515	0.0063	0.0006	0.071	-0.0674	0.0211	0.1057	-0.0277	-0.0269	-0.0526	-0.0583	0.1214	-0.1204	0.2514	-0.0064	-0.1578	0.1601	0.0425	0.2649	55.851	67.6976	136.3598
21	0.0456	0.0457	0.0138	0.0556	-0.0001	0.045	-0.0528	0.0733	-0.0248	-0.0201	-0.013	-0.0557	0.0459	0.0134	-0.0002	0.2006	0.0222	-0.0698	0.1551	-0.0146	0.2482	48.3393	49.6905	123.4794
22	0.5631	0.0333	0.1582	0.0987	-0.0434	0.1682	0.2599	-0.2781	-0.2121	0.171	-0.1062	0.0297	0.0403	-0.0276	0.3399	0.2318	-0.1587	0.0437	0.2305	0.0205	0.1238	38.2969	-24.9111	28.8837
23	0.0822	-0.079	-0.0607	0.1538	0.0743	0.0883	0.0838	-0.1238	-0.069	0.0472	-0.0922	0.2885	0.0312	-0.0727	-0.0118	0.2523	-0.1417	-0.0363	0.2324	0.0376	0.3456	20.228	-28.2798	16.1265
24	0.0343	-0.02	-0.0042	0.0091	0.0071	0.0101	0.0384	-0.1297	0.08	0.0693	-0.0643	0.1973	-0.0068	-0.0823	-0.1509	0.0482	-0.0869	0.2245	0.2502	-0.1366	0.2451	26.2764	-8.3259	26.9612

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 210 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 211 through 233 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 234 through 270 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 271 through 341 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 342 through 461 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 210 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 211 through 341 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 342 through 461 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 1 through 210 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 211 through 247 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 248 through 341 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 342 through 385 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 386 through 461 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 1 through 210 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 211 through 233 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 234 through 341 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 342 through 385 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 386 through 461 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 1 through 165 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 166 through 341 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 342 through 461 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 1 through 210 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 211 through 341 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 342 through 461 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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