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Yorodumi- PDB-5nav: Crystal structure of the double mutant (Cys211Ser/Cys292Ser) 6-ph... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nav | |||||||||
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Title | Crystal structure of the double mutant (Cys211Ser/Cys292Ser) 6-phospho-b-D-glucosidase from Lactobacillus plantarum | |||||||||
Components | Beta-galactosidase | |||||||||
Keywords | HYDROLASE / cysteine residue / glycosides / protein aggregation / reducing agent / solubility enhancer | |||||||||
Function / homology | Function and homology information scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Lactobacillus plantarum (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | |||||||||
Authors | Acebron, I. / Mancheno, J.M. | |||||||||
Citation | Journal: Biochim. Biophys. Acta / Year: 2017 Title: Structural basis of the substrate specificity and instability in solution of a glycosidase from Lactobacillus plantarum. Authors: Acebron, I. / Plaza-Vinuesa, L. / de Las Rivas, B. / Munoz, R. / Cumella, J. / Sanchez-Sancho, F. / Mancheno, J.M. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nav.cif.gz | 807.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nav.ent.gz | 669.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nav.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/5nav ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/5nav | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5naqSC S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 54530.797 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactobacillus plantarum (bacteria) / Gene: bgl, lp_3629 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 / References: UniProt: F9ULH8, beta-glucosidase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.98 Å3/Da / Density % sol: 58.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium citrate and 50 mM spermidine |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8726 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: May 16, 2012 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→38.42 Å / Num. obs: 169552 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.067 / Rsym value: 0.132 / Net I/σ(I): 8.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.42 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.569 / Num. unique obs: 24703 / Rpim(I) all: 0.353 / Rsym value: 0.672 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5NAQ Resolution: 2.3→38.38 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 20.71
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→38.38 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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