ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XDS | | データ削減 | Aimless | 0.3.11データスケーリング | MOLREP | | 位相決定 | PHENIX | | 精密化 | PDB_EXTRACT | 3.22 | データ抽出 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5NA6 解像度: 2.401→48.587 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.95
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2437 | 1680 | 4.85 % |
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Rwork | 0.2019 | - | - |
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obs | 0.204 | 34618 | 99.75 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
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原子変位パラメータ | Biso max: 75.69 Å2 / Biso mean: 29.3203 Å2 / Biso min: 1.19 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.401→48.587 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 5141 | 0 | 14 | 382 | 5537 |
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Biso mean | - | - | 59 | 30.21 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 647 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.005 | 5302 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.807 | 7189 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.051 | 784 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 935 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d17.307 | 3156 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.401-2.4717 | 0.2783 | 116 | 0.2139 | 2713 | 2829 | 99 | 2.4717-2.5515 | 0.2575 | 124 | 0.2186 | 2711 | 2835 | 100 | 2.5515-2.6426 | 0.2618 | 160 | 0.2143 | 2702 | 2862 | 100 | 2.6426-2.7484 | 0.2614 | 141 | 0.2094 | 2713 | 2854 | 100 | 2.7484-2.8735 | 0.2356 | 132 | 0.2146 | 2744 | 2876 | 100 | 2.8735-3.025 | 0.2797 | 127 | 0.2285 | 2710 | 2837 | 100 | 3.025-3.2145 | 0.3262 | 156 | 0.2287 | 2732 | 2888 | 100 | 3.2145-3.4626 | 0.2155 | 146 | 0.2116 | 2735 | 2881 | 100 | 3.4626-3.8109 | 0.3147 | 138 | 0.2521 | 2739 | 2877 | 99 | 3.8109-4.3621 | 0.2049 | 169 | 0.1609 | 2696 | 2865 | 99 | 4.3621-5.4946 | 0.1763 | 141 | 0.1562 | 2804 | 2945 | 100 | 5.4946-48.5969 | 0.2173 | 130 | 0.1777 | 2939 | 3069 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.3432 | 0.0202 | -0.3779 | 0.0447 | -0.0526 | 0.4321 | -0.0383 | -0.0166 | 0.1395 | -0.0913 | 0.0042 | 0.159 | -0.1101 | -0.1799 | 0.0377 | 0.265 | -0.0256 | -0.059 | 0.2625 | -0.0342 | 0.2853 | 82.7191 | 95.3411 | 10.045 | 2 | 1.2394 | -0.3753 | 0.1368 | 1.1067 | 0.1747 | 1.1215 | 0.0463 | -0.0446 | -0.0047 | -0.0304 | 0.0051 | 0.0278 | -0.0448 | 0.0106 | -0.046 | 0.2032 | -0.0106 | 0.0098 | 0.2297 | -0.0019 | 0.1888 | 81.829 | 99.0555 | 30.436 | 3 | 0.8651 | 0.3934 | 0.5026 | 0.6187 | 0.4682 | 0.814 | -0.1853 | 0.0712 | 0.2407 | -0.2154 | 0.0403 | 0.1322 | -0.1346 | 0.0302 | 0.0845 | 0.3379 | -0.0517 | -0.0567 | 0.1676 | 0.0367 | 0.2501 | 108.0136 | 104.1227 | 2.8926 | 4 | 1.6462 | 0.4133 | -0.1894 | 1.5773 | 0.5618 | 0.7084 | -0.1495 | 0.0727 | -0.1415 | -0.1789 | 0.0389 | 0.0652 | 0.0026 | 0.0832 | 0.0927 | 0.2422 | -0.0534 | 0.0004 | 0.1858 | 0.0209 | 0.2153 | 110.7377 | 89.4965 | 4.4072 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 329 through 414)A329 - 414 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 415 through 623)A415 - 623 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 24 through 328 )A24 - 328 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 624 through 675 )A624 - 675 | | | | | | | | |
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