ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
---|
XDS | | データ削減 | SHELX | | 位相決定 | SHELXD | | 位相決定 | Aimless | 0.5.17データスケーリング | PHENIX | | 精密化 | PDB_EXTRACT | 3.22 | データ抽出 | |
|
---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→48.566 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.86
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.2001 | 3331 | 4.82 % |
---|
Rwork | 0.1731 | - | - |
---|
obs | 0.1744 | 69078 | 99.66 % |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å |
---|
原子変位パラメータ | Biso max: 77.01 Å2 / Biso mean: 31.2482 Å2 / Biso min: 14.35 Å2 |
---|
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→48.566 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 5114 | 0 | 69 | 575 | 5758 |
---|
Biso mean | - | - | 50.88 | 38.31 | - |
---|
残基数 | - | - | - | - | 648 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
---|
X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | 5333 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.869 | 7230 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.056 | 784 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 942 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d14.064 | 3162 | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
---|
1.9001-1.9273 | 0.3365 | 129 | 0.2837 | 2585 | 2714 | 95 | 1.9273-1.9561 | 0.31 | 130 | 0.2394 | 2694 | 2824 | 100 | 1.9561-1.9866 | 0.2631 | 158 | 0.2271 | 2712 | 2870 | 100 | 1.9866-2.0192 | 0.288 | 124 | 0.2073 | 2687 | 2811 | 100 | 2.0192-2.054 | 0.2363 | 127 | 0.1978 | 2723 | 2850 | 100 | 2.054-2.0914 | 0.2497 | 148 | 0.1922 | 2696 | 2844 | 100 | 2.0914-2.1316 | 0.1936 | 135 | 0.1849 | 2725 | 2860 | 100 | 2.1316-2.1751 | 0.2159 | 140 | 0.1846 | 2718 | 2858 | 100 | 2.1751-2.2224 | 0.21 | 109 | 0.1827 | 2726 | 2835 | 100 | 2.2224-2.2741 | 0.2054 | 156 | 0.1716 | 2730 | 2886 | 100 | 2.2741-2.331 | 0.23 | 131 | 0.1846 | 2731 | 2862 | 100 | 2.331-2.394 | 0.2315 | 121 | 0.1797 | 2747 | 2868 | 100 | 2.394-2.4644 | 0.1912 | 127 | 0.1735 | 2766 | 2893 | 100 | 2.4644-2.544 | 0.2161 | 131 | 0.1866 | 2713 | 2844 | 100 | 2.544-2.6349 | 0.253 | 137 | 0.1841 | 2756 | 2893 | 100 | 2.6349-2.7404 | 0.2164 | 145 | 0.1836 | 2730 | 2875 | 100 | 2.7404-2.8651 | 0.2371 | 171 | 0.184 | 2719 | 2890 | 100 | 2.8651-3.0161 | 0.2488 | 150 | 0.1826 | 2740 | 2890 | 100 | 3.0161-3.205 | 0.2213 | 133 | 0.1848 | 2767 | 2900 | 100 | 3.205-3.4524 | 0.1983 | 123 | 0.1711 | 2791 | 2914 | 100 | 3.4524-3.7997 | 0.1837 | 160 | 0.1582 | 2764 | 2924 | 100 | 3.7997-4.3493 | 0.1322 | 141 | 0.1356 | 2770 | 2911 | 100 | 4.3493-5.4784 | 0.1458 | 155 | 0.1434 | 2822 | 2977 | 100 | 5.4784-48.5823 | 0.1766 | 150 | 0.1669 | 2935 | 3085 | 100 |
|
---|
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
---|
1 | 0.6545 | 0.1345 | -0.7212 | 0.1118 | 0.0195 | 0.9355 | -0.1191 | 0.0628 | 0.2131 | -0.1134 | -0.0098 | 0.2026 | -0.2138 | -0.3466 | 0.129 | 0.2707 | 0.0035 | -0.0823 | 0.2718 | -0.0461 | 0.3208 | 30.8807 | 5.6978 | 9.8952 | 2 | 1.9569 | -0.5201 | 0.0255 | 1.1885 | 0.1119 | 1.1543 | 0.0771 | 0.052 | 0.0426 | -0.0472 | -0.0554 | 0.0899 | -0.0852 | -0.0503 | -0.0178 | 0.1724 | -0.0047 | 0.0148 | 0.2042 | 0.0106 | 0.1691 | 29.9444 | 9.4783 | 30.4271 | 3 | 1.5232 | 0.9206 | 0.6753 | 1.3029 | 0.8097 | 1.0762 | -0.3125 | 0.0925 | 0.3049 | -0.3841 | 0.1045 | 0.197 | -0.3052 | 0.0189 | 0.0641 | 0.3707 | -0.0955 | -0.0726 | 0.1035 | 0.0567 | 0.2389 | 56.2778 | 14.2519 | 3.1776 | 4 | 1.5994 | 0.4397 | 0.1639 | 0.722 | 0.0904 | 0.2415 | -0.111 | 0.2216 | -0.2059 | -0.2255 | 0.1046 | -0.0807 | -0.0903 | 0.1385 | 0.0144 | 0.2651 | -0.0841 | 0.0068 | 0.1457 | -0.005 | 0.2065 | 58.9482 | -0.1518 | 4.5665 |
|
---|
精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
---|
1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 329 through 414)A329 - 414 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 415 through 623)A415 - 623 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 24 through 328 )A24 - 328 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resid 624 through 675 )A624 - 675 | | | | | | | | |
|
---|