PDB-5na6: Structure of Cys-null Se-Met DPP III from Bacteroides thetaiotaomicron

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5na6

タイトル

Structure of Cys-null Se-Met DPP III from Bacteroides thetaiotaomicron

要素

Putative dipeptidyl-peptidase III

キーワード

HYDROLASE / Bacteroides thetaiotaomicron / Metallopeptidase / Dipeptidyl peptidase III / Zinc-Hydrolase / Cys-null

機能・相同性

Peptidase family M49 / Peptidase family M49 / hydrolase activity / metal ion binding / ACETATE ION / Chem-PE3 / Dipeptidyl-peptidase III

機能・相同性情報

生物種

Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Sabljic, I. / Luic, M.

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of dipeptidyl peptidase III from the human gut symbiont Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Sabljic, I. / Mestrovic, N. / Vukelic, B. / Macheroux, P. / Gruber, K. / Luic, M. / Abramic, M.

履歴

登録	2017年2月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5na6.cif.gz	281.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5na6.ent.gz	234.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5na6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/5na6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/5na6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5na7C 5na8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3euc-d 5a7m-1 1peu-d 4bga-1 3thv-2 4dqp-2 1peo-d 5yvs-1 2gn8-d 6ur9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative dipeptidyl-peptidase III

ヘテロ分子

78.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.442, 103.442, 141.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1159- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Putative dipeptidyl-peptidase III 分子量: 77687.539 Da / 分子数: 1 / 変異: C11S, C158S, C189S, C425S, C450S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア) 遺伝子: BT_1846 / プラスミド: pET-21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A6N1, dipeptidyl-peptidase III

#1: タンパク質

Putative dipeptidyl-peptidase III

分子量: 77687.539 Da / 分子数: 1 / 変異: C11S, C158S, C189S, C425S, C450S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacteroides thetaiotaomicron (strain ATCC 29148 / DSM 2079 / NCTC 10582 / E50 / VPI-5482) (バクテリア)
遺伝子: BT_1846 / プラスミド: pET-21b(+) / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8A6N1, dipeptidyl-peptidase III

-
非ポリマー , 6種, 583分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-PE3 / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-TRIDECAOXAHENTETRACONTANE-1,41-DIOL / POLYETHYLENE GLYCOL / 3,6,9,12,15,18,21,24,27,30,33,36,39-トリデカオキサヘンテトラコンタン-1,41-ジ(以下略) 分子量: 634.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₅₈O₁₅
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M MES pH 6.5, 30% glycerol ethoxylate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ELETTRA

/ ビームライン: 5.2R / 波長: 0.9718 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月3日

放射

モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9718 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→48.57 Å / Num. obs: 69127 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 25.81 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.087 / R_pim(I) all: 0.035 / R_rim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 15.7 / Num. measured all: 479085 / Scaling rejects: 1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.9-1.94	6.7	0.724	0.846	0.297	0.784	96.6
9.11-48.57	6.4	0.046	0.999	0.019	0.05	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	60.966	6.685	9.627	S	20	1
2	39.518	17.347	27.342	S	20	0.987
3	38.828	4.441	35.604	S	20	0.945
4	70.993	19.821	13.076	S	20	0.88
5	74.872	18.285	9.415	S	20	0.878
6	73.9	12.841	16.067	S	20	0.87
7	52.26	22.527	12.986	S	20	0.869
8	39.181	9.2	40.035	S	20	0.835
9	33.851	11.354	41.678	S	20	0.741
10	54.784	24.141	37.958	S	20	0.483
11	29.499	12.914	17.15	S	20	0.289
12	70.411	22.84	26.612	S	20	0.18
13	62.103	30.951	10.13	S	20	0.179
14	100.814	0.79	4.363	S	20	0.167
15	82.468	26.808	26.703	S	20	0.157
16	38.828	5.574	39.62	S	20	0.154
17	59.114	25.125	8.282	S	20	0.139
18	41.741	28.706	38.724	S	20	0.129
19	61.086	10.445	10.128	S	20	0.08
20	33.581	15.282	25.477	S	20	0.078
21	84.923	25.789	30.165	S	20	0.041

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
SHELX		位相決定
SHELXD		位相決定
Aimless	0.5.17	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.9→48.566 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.86

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	3331	4.82 %
R_work	0.1731	-	-
obs	0.1744	69078	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.01 Å² / B_iso mean: 31.2482 Å² / B_iso min: 14.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→48.566 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5114	0	69	575	5758
B_iso mean	-	-	50.88	38.31	-
残基数	-	-	-	-	648

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5333
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.869	7230
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	784
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	942
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.064	3162

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 24

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9001-1.9273	0.3365	129	0.2837	2585	2714	95
1.9273-1.9561	0.31	130	0.2394	2694	2824	100
1.9561-1.9866	0.2631	158	0.2271	2712	2870	100
1.9866-2.0192	0.288	124	0.2073	2687	2811	100
2.0192-2.054	0.2363	127	0.1978	2723	2850	100
2.054-2.0914	0.2497	148	0.1922	2696	2844	100
2.0914-2.1316	0.1936	135	0.1849	2725	2860	100
2.1316-2.1751	0.2159	140	0.1846	2718	2858	100
2.1751-2.2224	0.21	109	0.1827	2726	2835	100
2.2224-2.2741	0.2054	156	0.1716	2730	2886	100
2.2741-2.331	0.23	131	0.1846	2731	2862	100
2.331-2.394	0.2315	121	0.1797	2747	2868	100
2.394-2.4644	0.1912	127	0.1735	2766	2893	100
2.4644-2.544	0.2161	131	0.1866	2713	2844	100
2.544-2.6349	0.253	137	0.1841	2756	2893	100
2.6349-2.7404	0.2164	145	0.1836	2730	2875	100
2.7404-2.8651	0.2371	171	0.184	2719	2890	100
2.8651-3.0161	0.2488	150	0.1826	2740	2890	100
3.0161-3.205	0.2213	133	0.1848	2767	2900	100
3.205-3.4524	0.1983	123	0.1711	2791	2914	100
3.4524-3.7997	0.1837	160	0.1582	2764	2924	100
3.7997-4.3493	0.1322	141	0.1356	2770	2911	100
4.3493-5.4784	0.1458	155	0.1434	2822	2977	100
5.4784-48.5823	0.1766	150	0.1669	2935	3085	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6545	0.1345	-0.7212	0.1118	0.0195	0.9355	-0.1191	0.0628	0.2131	-0.1134	-0.0098	0.2026	-0.2138	-0.3466	0.129	0.2707	0.0035	-0.0823	0.2718	-0.0461	0.3208	30.8807	5.6978	9.8952
2	1.9569	-0.5201	0.0255	1.1885	0.1119	1.1543	0.0771	0.052	0.0426	-0.0472	-0.0554	0.0899	-0.0852	-0.0503	-0.0178	0.1724	-0.0047	0.0148	0.2042	0.0106	0.1691	29.9444	9.4783	30.4271
3	1.5232	0.9206	0.6753	1.3029	0.8097	1.0762	-0.3125	0.0925	0.3049	-0.3841	0.1045	0.197	-0.3052	0.0189	0.0641	0.3707	-0.0955	-0.0726	0.1035	0.0567	0.2389	56.2778	14.2519	3.1776
4	1.5994	0.4397	0.1639	0.722	0.0904	0.2415	-0.111	0.2216	-0.2059	-0.2255	0.1046	-0.0807	-0.0903	0.1385	0.0144	0.2651	-0.0841	0.0068	0.1457	-0.005	0.2065	58.9482	-0.1518	4.5665

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 329 through 414)	A	329 - 414
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 415 through 623)	A	415 - 623
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 24 through 328 )	A	24 - 328
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 624 through 675 )	A	624 - 675

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