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- PDB-5n9x: Structure of adenylation domain THR1 involved in the biosynthesis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n9x
タイトルStructure of adenylation domain THR1 involved in the biosynthesis of 4-chlorothreonine in Streptomyces SP.OH-5093, ligand bound structure
要素Adenylation domain
キーワードLIGASE / adenylation domain / substrate specificity / non-ribosomal code / threonine adenylate
機能・相同性
機能・相同性情報


amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / catalytic activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AMP-binding / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 ...AMP-binding / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / Amino acid adenylation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8QN / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / THREONINE / Adenylation domain
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.396 Å
データ登録者Savino, C. / Vallone, B. / Scaglione, A. / Parisi, G. / Montemiglio, L.C. / Fullone, M.R. / Grgurina, I.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structure of the adenylation domain Thr1 involved in the biosynthesis of 4-chlorothreonine in Streptomyces sp. OH-5093-protein flexibility and molecular bases of substrate specificity.
著者: Scaglione, A. / Fullone, M.R. / Montemiglio, L.C. / Parisi, G. / Zamparelli, C. / Vallone, B. / Savino, C. / Grgurina, I.
履歴
登録2017年2月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2017年7月26日ID: 5APB
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylation domain
B: Adenylation domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,5496
ポリマ－115,4502
非ポリマー1,0994
水3,549197
1
A: Adenylation domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3764
ポリマ－57,7251
非ポリマー6513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Adenylation domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1732
ポリマ－57,7251
非ポリマー4481
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)179.022, 52.524, 110.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Adenylation domain


分子量: 57724.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptomyces sp. (バクテリア) / 遺伝子: thr1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H6SG27

-
非ポリマー , 5種, 201分子

#2: 化合物 ChemComp-THR / THREONINE / トレオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 119.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H9NO3
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-8QN / [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] (2~{S},3~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-butanoate / L-トレオニン5′-アデニリル


分子量: 448.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H21N6O9P
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.5 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0,1M HEPES 10% v/v isopropanol 20% w/v PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.396→50 Å / Num. obs: 69955 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.396→2.54 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1647精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VNQ

3vnq


解像度: 2.396→46.867 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 28.27
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2755 3484 4.99 %
Rwork0.1993 --
obs0.2031 69868 92.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.396→46.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7516 0 70 197 7783
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35810777
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6732890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541210
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3959-2.42870.29141120.22842149X-RAY DIFFRACTION77
2.4287-2.46340.32631360.22952649X-RAY DIFFRACTION91
2.4634-2.50020.33261490.22752837X-RAY DIFFRACTION96
2.5002-2.53930.33981450.2112746X-RAY DIFFRACTION97
2.5393-2.58090.28671510.22352755X-RAY DIFFRACTION96
2.5809-2.62540.31161450.22052794X-RAY DIFFRACTION96
2.6254-2.67310.29341390.22512724X-RAY DIFFRACTION96
2.6731-2.72450.31871450.22852773X-RAY DIFFRACTION96
2.7245-2.78010.33661450.22432726X-RAY DIFFRACTION95
2.7801-2.84060.34171400.21962744X-RAY DIFFRACTION94
2.8406-2.90660.28761480.21952755X-RAY DIFFRACTION96
2.9066-2.97930.32091460.22342716X-RAY DIFFRACTION95
2.9793-3.05990.25411470.21332747X-RAY DIFFRACTION94
3.0599-3.14990.32941350.20992645X-RAY DIFFRACTION93
3.1499-3.25150.30931390.22672705X-RAY DIFFRACTION93
3.2515-3.36770.35961360.21252614X-RAY DIFFRACTION92
3.3677-3.50250.30371400.22272612X-RAY DIFFRACTION90
3.5025-3.66190.23791310.20992535X-RAY DIFFRACTION89
3.6619-3.85480.30661350.19652533X-RAY DIFFRACTION88
3.8548-4.09620.23031290.18552543X-RAY DIFFRACTION88
4.0962-4.41230.24261360.16552594X-RAY DIFFRACTION89
4.4123-4.85590.22041290.15772492X-RAY DIFFRACTION88
4.8559-5.55760.22921440.15992612X-RAY DIFFRACTION91
5.5576-6.99820.2581370.18942636X-RAY DIFFRACTION92
6.9982-46.87550.18421450.16922748X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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