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- PDB-5n9h: STRUCTURE OF 283-LGNY-286, THE STERIC ZIPPER THAT SUPPORTS THE SE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n9h
タイトルSTRUCTURE OF 283-LGNY-286, THE STERIC ZIPPER THAT SUPPORTS THE SELF-ASSOCIATION OF P. STUARTII OMP-PST2 INTO DIMERS OF TRIMERS
要素Porin
キーワードCELL ADHESION / STERIC-ZIPPER / PORIN / MICRO-CRYSTAL / SELF-ASSOCIATION
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Providencia stuartii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.997 Å
データ登録者Nasrallah, C. / Colletier, J.P.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-15-CE18-0005-02 フランス
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Porin self-association enables cell-to-cell contact in
著者: El-Khatib, M. / Nasrallah, C. / Lopes, J. / Tran, Q.T. / Tetreau, G. / Basbous, H. / Fenel, D. / Gallet, B. / Lethier, M. / Bolla, J.M. / Pages, J.M. / Vivaudou, M. / Weik, M. / Winterhalter, M. / Colletier, J.P.
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Porin
B: Porin
C: Porin
M: Porin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0546
ポリマ－1,8624
非ポリマー1922
水1448
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area430 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area2700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)4.784, 11.546, 47.044
Angle α, β, γ (deg.)90.01, 90.01, 90.01
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Porin


分子量: 465.501 Da / 分子数: 4 / 断片: DIMERIZATION DOMAIN, UNP residues 305-308 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Providencia stuartii (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0L6X8Y0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 15.4 % / 解説: Needles
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 3.2 M AMMONIUM SULFATE; 0.1 M BUFFER ACID CITRIC PH4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.997→47.04 Å / Num. obs: 4934 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): 5.5 / 冗長度: 2.17 % / Biso Wilson estimate: 1.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14.81
反射 シェル解像度: 1→1.06 Å / 冗長度: 2.12 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 5.47 / % possible all: 87.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXE位相決定
PHENIX精密化
SHELXL位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.997→23.522 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: NONE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 8.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.0959 246 5 %
Rwork0.0811 --
obs0.0818 4918 89.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 0 Å2 / ksol: 0 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 2.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1048 Å20.3781 Å2-0.0048 Å2
2---0.422 Å20.3629 Å2
3----0.2565 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.997→23.522 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数132 0 10 8 150
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013148
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.929200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.33844
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.11316
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00724
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
0.9972-1.25640.11671210.09712306X-RAY DIFFRACTION87
1.2564-23.52850.08311250.07162366X-RAY DIFFRACTION91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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