PDB-5n9e: Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with TG...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n9e

タイトル

Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with TGGGGATTT

要素

CG9323, isoform A
DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*T)-3')

キーワード

HYDROLASE / Helicase / DExH / ssDNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / G-quadruplex DNA unwinding / G-quadruplex DNA binding / DNA helicase activity / helicase activity / G-quadruplex RNA binding / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.007 Å

データ登録者

Chen, W.-F. / Rety, S. / Hai-Lei Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and mechanistic insights into DHX36-mediated innate immunity and G-quadruplex unfolding
著者: Chen, W.-F. / Rety, S. / Hai-Lei Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.

履歴

登録	2017年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n9e.cif.gz	713 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n9e.ent.gz	589.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5n9e_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n9e_full_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示
XML形式データ	5n9e_validation.xml.gz	56.5 KB	表示
CIF形式データ	5n9e_validation.cif.gz	77.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n8uC 5n8zC 5n9fC 5n8rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n9d-1 5n96-1 5n90-1 5n9f-2 5n8s-1 5n90-2 5n94-2 5n8z-1 5n9a-1 5n8r-2 5n9f-1 5n98-2 5n8r-1 5n9d-2 5n8z-2 5n8u-2 5n9a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CG9323, isoform A

B: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*T)-3')

D: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*T)-3')

222 kDa, 4 ポリマー
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1

A: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*T)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CG9323, isoform A

D: DNA (5'-D(P*TP*GP*GP*GP*GP*AP*TP*TP*T)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	304.472, 51.242, 164.522
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.67, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CG9323, isoform A / CG9323 / isoform B / GH12763p 分子量: 108401.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG9323, Dmel_CG9323 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: Q8SWT2, adenosinetriphosphatase
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PTPGPGPGPGPAPTPTPT)-3') 分子量: 2801.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES monohydrate-imidazole 20mM sodium formate 20mM ammonium acetate 20mM sodium citrate tribasic hydrate 20mM sodium oxamate 20mM potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.007→56.62 Å / Num. obs: 44068 / % possible obs: 93.93 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 58.83 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.1087 / Net I/σ(I): 10.92
反射シェル	解像度: 3.007→3.114 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.6705 / Mean I/σ(I) obs: 2.16 / Num. unique obs: 4576 / CC_1/2: 0.725 / % possible all: 99.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2427: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N8R

5n8r

解像度: 3.007→56.62 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.35

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2568	2149	4.88 %	5%
R_work	0.1816	-	-	-
obs	0.1853	44035	93.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.007→56.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13643	378	0	1	14022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	14305
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.318	19381
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.472	8804
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	2177
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2441

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0069-3.0769	0.3575	144	0.2685	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0769-3.1538	0.3366	147	0.2426	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1538-3.2391	0.3267	160	0.2376	2918	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2391-3.3344	0.2864	143	0.2254	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3344-3.442	0.3277	78	0.2485	1793	X-RAY DIFFRACTION	93
3.442-3.565	0.3268	98	0.2316	1682	X-RAY DIFFRACTION	94
3.565-3.7077	0.3633	150	0.278	2858	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7077-3.8765	0.2842	143	0.2044	2970	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8765-4.0808	0.3179	153	0.2167	2832	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0808-4.3364	0.258	147	0.1468	2985	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3364-4.6712	0.1751	168	0.1202	2959	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6712-5.1411	0.2089	153	0.1225	2984	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1411-5.8846	0.2258	148	0.1497	2976	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8846-7.4125	0.2464	175	0.1679	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4125-66.4575	0.1721	142	0.1509	3124	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4281	-0.0115	-0.1148	0.4332	-0.3988	2.1716	0.0956	0.0642	0.1978	-0.0328	0.1266	-0.0097	-0.2146	-0.467	-0.2795	0.4917	0.0883	0.0088	0.4157	-0.0527	0.4014	-60.5673	-0.8326	28.3949
2	3.8364	-0.0534	0.4716	1.2381	-0.6548	1.2619	0.0835	-0.7136	-0.4727	0.2288	-0.1383	-0.1569	0.3319	-0.128	0.0395	0.4808	-0.1562	-0.0439	0.6946	0.0784	0.321	-52.324	-26.0436	69.2409
3	1.756	-0.2583	0.2877	1.6892	-0.2144	1.6073	0.0876	-0.436	-0.0955	0.1543	-0.0173	-0.0541	0.2009	-0.2345	-0.0803	0.3448	-0.1102	-0.047	0.4373	-0.0023	0.2997	-51.17	-17.5825	55.2743
4	1.0038	0.0189	0.1831	0.1581	-0.1414	0.1922	-0.0119	-0.6634	0.1167	0.271	-0.1541	-0.3835	-0.2752	0.8442	0.096	0.579	-0.3408	-0.2492	1.3089	0.1634	0.8456	-14.9583	-13.3528	60.9022
5	1.9852	-0.0604	0.0396	2.0885	0.1656	2.8822	-0.0358	-0.1129	-0.5004	-0.0486	-0.1277	-0.1027	0.2898	0.8542	0.1285	0.3504	-0.0168	-0.0783	0.6525	0.1152	0.733	-19.3062	-24.8254	46.8693
6	2.5871	-1.9177	0.7437	1.4531	-0.6657	0.5225	0.1411	-0.1513	-0.1394	0.3315	-0.3073	-0.3012	-0.0645	0.4268	0.1269	0.3647	-0.0621	-0.1055	0.6067	0.1525	0.6309	-29.4389	-10.6145	52.1219
7	1.221	0.3335	0.7383	0.895	0.6012	2.9526	-0.1184	-0.2436	0.0788	-0.1185	0.0354	-0.0762	-0.6116	0.1614	0.108	0.3985	-0.067	-0.0287	0.243	0.0011	0.4503	-48.3733	1.3135	36.9951
8	1.918	-0.5238	-0.066	1.2932	-0.586	2.0392	0.0484	0.0944	-0.238	0.0186	-0.1201	-0.2826	0.0245	0.272	0.0613	0.4418	-0.0583	-0.0083	0.2436	0.0035	0.3657	-38.0472	-17.1322	23.1197
9	2.5459	-0.1353	-0.8001	1.2362	-0.4159	2.6756	0.2258	0.4835	0.273	-0.2156	-0.1308	-0.1233	-0.4155	-0.2515	-0.0714	0.4833	0.0753	0.0151	0.2606	0.0281	0.3466	-48.4711	1.0025	11.8884
10	1.2193	0.2456	0.3164	0.4817	0.3436	2.0851	0.0996	-0.4097	0.1584	-0.095	0.0125	0.0171	-0.2156	0.3716	-0.1259	0.2696	-0.0592	0.0496	0.4028	0.0124	0.3154	-93.1568	-21.4866	54.1277
11	1.9525	-0.6325	-0.4685	0.7154	0.6805	1.7645	-0.0259	-0.2727	-0.0537	-0.1205	0.0184	0.184	-0.163	-0.4536	0.0062	0.3364	0.0243	0.0461	0.3972	0.0704	0.3591	-122.1626	-22.867	52.6176
12	1.9879	-0.4954	0.0826	1.3968	0.3565	2.2456	0.086	0.1273	-0.0097	-0.228	-0.0664	0.0597	-0.1234	-0.1223	-0.0075	0.4393	-0.0201	0.0256	0.189	0.0143	0.2435	-109.1071	-26.5306	21.9433
13	3.2911	0.0588	-0.6815	1.4772	-1.05	1.4611	0.0203	-0.0101	-0.3843	-0.5699	-0.3228	-0.331	-0.2442	-0.1148	0.2457	0.4126	0.0064	-0.0382	0.4497	-0.0093	0.5695	-33.0559	-16.0392	37.4596
14	5.6401	-0.5044	1.5831	1.8062	0.2879	2.2598	0.0424	0.152	0.1819	-0.1228	-0.1444	0.156	0.4	0.128	0.1733	0.536	0.0062	0.0276	0.4198	0.0598	0.3535	-115.5871	-21.9213	40.4709

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 123 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 124 through 196 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 197 through 314 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 315 through 396 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 397 through 541 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 542 through 584 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 585 through 649 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 650 through 840 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 841 through 929 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 54 through 314 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 315 through 650 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 651 through 929 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 2 through 10 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 2 through 10 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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