PDB-5n9a: Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with GT...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n9a

タイトル

Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with GTTAGGGTT

要素

CG9323, isoform A
DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')

キーワード

HYDROLASE / Helicase DExH ssDNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / G-quadruplex DNA unwinding / G-quadruplex DNA binding / DNA helicase activity / helicase activity / G-quadruplex RNA binding / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.036 Å

データ登録者

Chen, W.-F. / Rety, S. / Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Molecular Mechanistic Insights into Drosophila DHX36-Mediated G-Quadruplex Unfolding: A Structure-Based Model.
著者: Chen, W.F. / Rety, S. / Guo, H.L. / Dai, Y.X. / Wu, W.Q. / Liu, N.N. / Auguin, D. / Liu, Q.W. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Xi, X.G.

履歴

登録	2017年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n9a.cif.gz	715 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n9a.ent.gz	590.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n9a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n9a_validation.pdf.gz	459.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n9a_full_validation.pdf.gz	478.8 KB	表示
XML形式データ	5n9a_validation.xml.gz	57.9 KB	表示
CIF形式データ	5n9a_validation.cif.gz	79.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/5n9a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n8rSC 5n8sC 5n90C 5n94C 5n96C 5n98C 5n9dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n94-2 5n8z-2 5n8r-2 5n96-1 5n9e-1 5n8u-2 5n9f-1 5n9e-2 5n8z-1 5n90-1 5n90-2 5n9f-2 5n98-2 5n9d-2 5n8r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CG9323, isoform A

B: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')

D: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')

222 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CG9323, isoform A

D: DNA (5'-D(P*GP*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	305.566, 51.424, 165.361
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.94, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CG9323, isoform A / CG9323 / isoform B / GH12763p 分子量: 108401.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG9323, Dmel_CG9323 / プラスミド: pTwin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: Q8SWT2, EC: 3.6.1.3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPTPTPAPGPGPGPTPT)-3') 分子量: 2801.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens* (ヒト)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES monohydrate-imidazole 20mM sodium formate 20mM ammonium acetate 20mM sodium citrate tribasic hydrate 20mM sodium oxamate 20mM potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.036→69.27 Å / Num. obs: 44188 / % possible obs: 96.04 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 62.33 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.1171 / Net I/σ(I): 9.18
反射シェル	解像度: 3.036→3.145 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.5895 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / Num. unique obs: 4476 / CC_1/2: 0.731 / % possible all: 99.89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2427: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N8R

5n8r

解像度: 3.036→69.27 Å / SU ML: 0.56 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 34.22

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2972	2170	4.91 %	5%
R_work	0.2155	-	-	-
obs	0.2196	44205	96.06 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.036→69.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13662	347	0	3	14012

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	14288
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.294	19352
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.707	8801
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	2174
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2442

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0355-3.1062	0.3938	162	0.3116	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1062-3.1838	0.43	150	0.2833	2886	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1838-3.2699	0.3283	160	0.2741	2856	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2699-3.3661	0.4053	145	0.2586	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3661-3.4748	0.3601	114	0.2415	2164	X-RAY DIFFRACTION	75
3.4748-3.599	0.3234	143	0.2261	2884	X-RAY DIFFRACTION	100
3.599-3.7431	0.3094	136	0.2222	2489	X-RAY DIFFRACTION	87
3.7431-3.9134	0.3545	116	0.2094	2510	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9134-4.1198	0.2997	149	0.2108	2823	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1198-4.3779	0.2452	136	0.1861	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3779-4.7158	0.2671	151	0.1782	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7158-5.1904	0.2357	120	0.1735	2952	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1904-5.9412	0.2659	162	0.1931	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9412-7.4845	0.2774	163	0.2321	2971	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4845-82.0009	0.2671	163	0.2175	3031	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0353	0.7545	-0.8878	0.5852	-1.2656	4.0057	0.0122	-0.0331	0.4193	-0.2067	0.2934	0.1591	0.0729	-0.2589	-0.3386	0.4583	0.0538	0.0897	0.3715	-0.0195	0.4995	-60.8032	-0.51	28.503
2	4.532	0.5065	0.2089	1.9161	-0.7433	2.6263	0.0597	-0.9035	-0.2874	-0.1658	-0.0727	-0.0269	0.1896	0.0028	-0.0062	0.4456	-0.1669	-0.0541	0.6853	0.0814	0.3398	-52.8464	-25.7596	69.3949
3	1.152	0.1822	-0.8637	0.7107	-0.1232	1.4653	0.1502	-0.4672	-0.1706	0.1468	-0.2285	-0.4603	-0.0702	0.5269	0.018	0.3657	-0.12	-0.1562	0.6881	0.1093	0.5937	-29.7484	-18.3596	53.1139
4	1.5882	0.0278	-0.2087	1.1858	-0.0133	2.5139	0.1071	0.1174	0.0165	-0.1325	-0.1762	-0.1785	-0.1036	0.128	0.0733	0.3553	-0.0239	-0.0168	0.2577	0.0602	0.4089	-42.8034	-8.6925	22.891
5	1.2303	0.0887	0.3629	0.6381	0.5802	2.2227	0.0656	-0.4474	0.1589	-0.0512	0.0585	0.0176	-0.1847	0.3538	-0.1295	0.3315	-0.0721	0.0736	0.4608	-0.006	0.3705	-93.8125	-21.0027	53.2355
6	2.085	-0.8746	-0.3614	0.9661	0.3425	1.7829	0.0615	-0.4152	-0.1308	-0.0738	0.0545	0.255	-0.253	-0.4404	-0.0878	0.378	-0.0559	0.0616	0.4753	0.0346	0.4514	-122.139	-22.7135	53.4064
7	1.6549	-0.4065	-0.0652	1.1875	0.3724	2.1036	0.1421	0.1664	-0.0081	-0.1538	-0.1239	0.0422	-0.1909	-0.1535	-0.0095	0.5412	-0.0216	0.0289	0.2281	0.026	0.3105	-109.7849	-26.2013	21.9641
8	6.7402	-3.5548	1.7268	5.4878	1.4449	1.9844	-0.0984	-0.0389	0.0559	-0.443	0.0362	0.4195	-0.8369	-1.1078	0.0128	0.482	0.0169	-0.1149	0.7847	0.2153	1.0706	-31.6408	-15.7998	37.3858
9	4.9789	-2.7355	-3.8224	6.2585	-0.3066	4.1692	0.2779	0.3494	-0.2905	-1.4543	-0.1566	-0.6043	0.9854	0.6005	-0.2176	0.9424	0.0909	0.1891	0.5532	-0.109	0.7565	-118.1277	-21.6445	40.2951

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 123 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 124 through 196 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 197 through 584 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 585 through 929 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 52 through 300 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 301 through 649 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 650 through 929 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 2 through 10 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 2 through 10 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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