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- PDB-5n8v: Targeting the PEX14-PEX5 interaction by small molecules provides ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n8v
タイトルTargeting the PEX14-PEX5 interaction by small molecules provides novel therapeutic routes to treat trypanosomiases.
要素Peroxin 14
キーワードSIGNALING PROTEIN / trypanosomiasis / glycosome / protein-protein interaction inhibitor / structure-based drug discovery / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosome membrane / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / protein targeting to vacuole / glycosome / post-transcriptional regulation of gene expression / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Chem-KZZ / Peroxisomal membrane protein PEX14
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Dawidowski, M. / Emmanouilidis, L. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Inhibitors of PEX14 disrupt protein import into glycosomes and kill Trypanosoma parasites.
著者: Dawidowski, M. / Emmanouilidis, L. / Kalel, V.C. / Tripsianes, K. / Schorpp, K. / Hadian, K. / Kaiser, M. / Maser, P. / Kolonko, M. / Tanghe, S. / Rodriguez, A. / Schliebs, W. / Erdmann, R. / ...著者: Dawidowski, M. / Emmanouilidis, L. / Kalel, V.C. / Tripsianes, K. / Schorpp, K. / Hadian, K. / Kaiser, M. / Maser, P. / Kolonko, M. / Tanghe, S. / Rodriguez, A. / Schliebs, W. / Erdmann, R. / Sattler, M. / Popowicz, G.M.
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月26日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxin 14
B: Peroxin 14
D: Peroxin 14
F: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,57120
ポリマ－31,5324
非ポリマー3,03816
水4,179232
1
A: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8047
ポリマ－7,8831
非ポリマー9216
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area540 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area4230 Å2
手法PISA
2
B: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6125
ポリマ－7,8831
非ポリマー7294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area750 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area4140 Å2
手法PISA
3
D: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6735
ポリマ－7,8831
非ポリマー7904
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area4010 Å2
手法PISA
4
F: Peroxin 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4813
ポリマ－7,8831
非ポリマー5982
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area370 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area4010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.760, 116.060, 38.820
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABDF

#1: タンパク質
Peroxin 14


分子量: 7883.075 Da / 分子数: 4 / 断片: NP residues 20-84 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: PEX14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IEW2

-
非ポリマー , 5種, 248分子

#2: 化合物
ChemComp-KZZ / 1-(2-azanylethyl)-5-[(4-methoxynaphthalen-1-yl)methyl]-~{N}-(naphthalen-1-ylmethyl)-6,7-dihydro-4~{H}-pyrazolo[4,3-c]pyridine-3-carboxamide


分子量: 519.637 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H33N5O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Sodium Sulfate 0.1M Bis Tris Propane pH 7.5 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.549→37.99 Å / Num. obs: 44009 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.549→1.576 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.458 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 2174 / CC1/2: 0.902 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.55→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.754 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21748 2255 5.1 %RANDOM
Rwork0.19492 ---
obs0.19609 41737 98.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.055 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å2-0 Å2-1.45 Å2
2--1.99 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1984 0 204 232 2420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.022232
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2392.0963000
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.923.0184977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3415254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.52922.28983
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.87215414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5391524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2330
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212352
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9242.561010
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9222.5591009
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9123.8251257
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9123.8271258
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3672.9141222
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3672.9141222
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.174.2341741
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.51531.2842765
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.37330.5112696
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.68434390
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free10.3695125
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.59454467
LS精密化 シェル解像度: 1.549→1.589 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 169 -
Rwork0.299 3011 -
obs--98.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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