PDB-5n8u: Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with CTCTCCT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n8u

タイトル

Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with CTCTCCT

要素

CG9323, isoform A
DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3')

キーワード

HYDROLASE / Helicase DExH ssDNA

機能・相同性

機能・相同性情報

DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / DNA geometric change / G-quadruplex DNA binding / DNA helicase activity / G-quadruplex RNA binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.62 Å

データ登録者

Chen, W.-F. / Rety, S. / Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and mechanistic insights into DHX36-mediated innate immunity and G-quadruplex unfolding
著者: Chen, W.-F. / Rety, S. / Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.

履歴

登録	2017年2月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n8u.cif.gz	711.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n8u.ent.gz	587.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n8u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n8u_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n8u_full_validation.pdf.gz	501.6 KB	表示
XML形式データ	5n8u_validation.xml.gz	62.8 KB	表示
CIF形式データ	5n8u_validation.cif.gz	85.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n8zC 5n9eC 5n9fC 5n8rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n8s-2 5n96-2 5n98-1 5n90-2 5n90-1 5n8r-2 5n94-1 5n9f-2 5n8z-2 5n96-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CG9323, isoform A

B: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3')

D: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3')

ヘテロ分子

222 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CG9323, isoform A

C: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3')

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CG9323, isoform A

D: DNA (5'-D(P*CP*TP*CP*TP*CP*CP*CP*T)-3')

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	302.368, 51.288, 164.097
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 114.70, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CG9323, isoform A / CG9323 / isoform B / GH12763p 分子量: 108401.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: CG9323, Dmel_CG9323 / プラスミド: pTwin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: Q8SWT2, EC: 3.6.1.3
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PCPTPCPTPCPCPCPT)-3') 分子量: 2313.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M MES monohydrate-imidazole 20mM sodium formate 20mM ammonium acetate 20mM sodium citrate tribasic hydrate 20mM sodium oxamate 20mM potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.62→56.38 Å / Num. obs: 68808 / % possible obs: 98.32 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 12.52
反射シェル	解像度: 2.62→2.714 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique obs: 6930 / CC_1/2: 0.8 / % possible all: 99.78

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N8R

5n8r

解像度: 2.62→56.3 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.87

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2495	3434	4.99 %	5%
R_work	0.1825	-	-	-
obs	0.1859	68771	98.33 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.62→56.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13628	310	10	162	14110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	14214
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.377	19234
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.897	8772
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	2168
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	2434

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6197-2.6556	0.3503	139	0.2736	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6556-2.6935	0.4095	118	0.2588	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6935-2.7337	0.3334	138	0.2484	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7337-2.7765	0.3373	127	0.249	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7765-2.822	0.376	153	0.2581	2562	X-RAY DIFFRACTION	98
2.822-2.8706	0.3554	136	0.2442	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8706-2.9228	0.2947	144	0.2378	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9228-2.9791	0.3141	139	0.2392	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9791-3.0399	0.3602	146	0.2429	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0399-3.1059	0.3006	136	0.2282	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1059-3.1782	0.3129	138	0.2275	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1782-3.2577	0.3387	120	0.2372	2468	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2577-3.3457	0.3289	137	0.2231	2591	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3457-3.4442	0.2498	130	0.2037	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4442-3.5553	0.2731	133	0.1967	2581	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5553-3.6824	0.2565	158	0.1798	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6824-3.8298	0.2644	142	0.1723	2583	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8298-4.004	0.243	128	0.1644	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
4.004-4.2151	0.1998	124	0.1489	2645	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2151-4.4791	0.2017	135	0.1411	2591	X-RAY DIFFRACTION	98
4.4791-4.8247	0.1768	137	0.1365	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
4.8247-5.3099	0.226	151	0.1458	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3099-6.0775	0.2081	154	0.1735	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
6.0775-7.654	0.1961	131	0.1731	2687	X-RAY DIFFRACTION	98
7.654-56.3936	0.2198	140	0.1583	2519	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6324	0.0959	-0.166	0.549	-0.2042	1.8807	0.0348	-0.0148	0.063	-0.0661	-0.0435	0.0447	-0.0727	-0.4372	0.0103	0.4362	0.0463	0.0149	0.504	-0.0166	0.5329	-60.7899	-3.4253	34.8676
2	2.2101	-0.0034	0.3307	1.2703	-0.2467	1.772	0.1915	-0.5333	-0.2756	0.1057	-0.01	-0.0972	0.4456	-0.2859	-0.1566	0.4572	-0.1299	-0.0614	0.537	0.0317	0.3752	-50.6313	-21.8843	60.7379
3	2.6426	-0.209	0.1553	0.1215	-0.0879	0.9455	0.154	-0.2029	-0.1987	0.016	-0.1619	-0.1798	0.047	0.2458	0.0273	0.4204	-0.0282	-0.1049	0.4596	0.0188	0.6144	-23.7723	-15.5686	52.6876
4	1.0078	-0.1789	-0.0994	1.1679	0.0986	1.4993	0.0419	0.1421	0.0264	-0.1314	-0.064	-0.2387	-0.1246	0.068	0.0216	0.4286	-0.0003	0.0081	0.287	0.0284	0.3969	-41.5726	-6.6262	22.7165
5	1.3881	0.0851	0.1869	0.6542	0.5191	1.7337	0.0539	-0.47	0.1161	-0.0921	0.0282	0.0027	-0.196	0.3828	-0.0749	0.3585	-0.0517	0.0436	0.5284	-0.0003	0.3684	-93.4969	-18.9651	53.7565
6	1.9906	-0.8658	-0.139	0.8217	0.4059	1.3425	-0.0921	-0.3177	-0.0063	-0.0898	0.1036	0.1573	-0.0842	-0.328	0.0131	0.3701	-0.0114	0.021	0.5301	0.0511	0.4243	-127.8147	-15.3085	56.1158
7	1.3871	-0.3409	0.4046	0.8589	-0.1288	1.4865	0.0845	0.1422	-0.0973	-0.1965	0.0055	0.0726	-0.021	-0.0229	-0.0785	0.4814	-0.0795	0.0128	0.2565	0.004	0.331	-107.4619	-26.0561	25.2147
8	0.7428	0.0636	0.7147	1.3056	0.4205	0.7782	0.2605	0.539	0.1135	-0.3016	-0.0395	0.5386	-0.1906	-1.1524	-0.3145	0.7816	0.0895	-0.1037	0.9277	0.1335	1.0017	-29.8142	-14.1582	36.7094
9	2.6983	-0.7499	-1.4863	1.7659	-0.154	1.0943	0.318	0.5492	-0.2548	-0.6248	-0.0551	-0.5329	0.2035	0.8968	-0.2262	0.7667	-0.0089	0.0771	0.6751	0.0808	0.7399	-118.2311	-18.8074	40.0397

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 52 through 136 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 137 through 264 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 265 through 584 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 585 through 929 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 52 through 321 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 322 through 584 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 585 through 929 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 8 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 1 through 8 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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