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- PDB-5n8s: Crystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with polyT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n8s
タイトルCrystal Structure of Drosophila DHX36 helicase in complex with polyT
要素
  • CG9323, isoform A
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
キーワードHYDROLASE / Helicase / DExH / ssDNA
機能・相同性
機能・相同性情報


DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / G-quadruplex DNA unwinding / G-quadruplex DNA binding / DNA helicase activity / helicase activity / G-quadruplex RNA binding / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / ATP binding ...DEx/H-box helicases activate type I IFN and inflammatory cytokines production / G-quadruplex DNA unwinding / G-quadruplex DNA binding / DNA helicase activity / helicase activity / G-quadruplex RNA binding / RNA helicase activity / hydrolase activity / RNA helicase / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain ...: / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / DNA / DNA (> 10) / RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Chen, W.-F. / Rety, S. / Hai-Lei Guo, H.-L. / Wu, W.-Q. / Liu, N.-N. / Liu, Q.-W. / Dai, Y.-X. / Xi, X.-G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Molecular Mechanistic Insights into Drosophila DHX36-Mediated G-Quadruplex Unfolding: A Structure-Based Model.
著者: Chen, W.F. / Rety, S. / Guo, H.L. / Dai, Y.X. / Wu, W.Q. / Liu, N.N. / Auguin, D. / Liu, Q.W. / Hou, X.M. / Dou, S.X. / Xi, X.G.
履歴
登録2017年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_seq_map_depositor_info ...pdbx_data_processing_status / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG9323, isoform A
B: CG9323, isoform A
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,6376
ポリマ－226,4474
非ポリマー1902
水00
1
A: CG9323, isoform A
C: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3183
ポリマ－113,2232
非ポリマー951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area37620 Å2
手法PISA
2
B: CG9323, isoform A
D: DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,3183
ポリマ－113,2232
非ポリマー951
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area38020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)297.981, 49.923, 163.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CG9323, isoform A / CG9323 / isoform B / GH12763p


分子量: 108401.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG9323, Dmel_CG9323 / プラスミド: pTwin1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: Q8SWT2, adenosinetriphosphatase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 4822.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES monohydrate-imidazole 20mM sodium formate 20mM ammonium acetate 20mM sodium citrate tribasic hydrate 20mM sodium oxamate 20mM potassium sodium tartrate tetrahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9754 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9754 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→81.1 Å / Num. obs: 50207 / % possible obs: 99.37 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.91
反射 シェル解像度: 2.88→2.983 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique obs: 4979 / CC1/2: 0.748 / % possible all: 99.82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N8R

5n8r


解像度: 2.88→81.1 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.91
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2847 2479 4.94 %5%
Rwork0.2073 ---
obs0.2112 50228 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.88→81.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13659 400 10 0 14069
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01414344
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.78119430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2518834
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0912187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122444
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8796-2.9350.3771170.3092698X-RAY DIFFRACTION100
2.935-2.99490.40441530.29722566X-RAY DIFFRACTION100
2.9949-3.060.36591200.27372625X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.13120.36191270.27662687X-RAY DIFFRACTION100
3.1312-3.20950.34211300.29372609X-RAY DIFFRACTION100
3.2095-3.29630.36871250.2872669X-RAY DIFFRACTION100
3.2963-3.39330.40591440.272597X-RAY DIFFRACTION100
3.3933-3.50280.30421540.23192638X-RAY DIFFRACTION99
3.5028-3.6280.32911410.22712643X-RAY DIFFRACTION100
3.628-3.77330.28671450.21732615X-RAY DIFFRACTION100
3.7733-3.9450.30381390.21142614X-RAY DIFFRACTION99
3.945-4.1530.27851400.1942681X-RAY DIFFRACTION99
4.153-4.41320.24351310.17142610X-RAY DIFFRACTION99
4.4132-4.75390.25011210.17032649X-RAY DIFFRACTION99
4.7539-5.23220.25691420.17392650X-RAY DIFFRACTION99
5.2322-5.98910.28341470.19762687X-RAY DIFFRACTION99
5.9891-7.54480.27081560.20662678X-RAY DIFFRACTION99
7.5448-81.16120.21541470.16612833X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1506-0.1323-0.10781.3289-0.64333.1245-0.1599-0.6935-0.31820.24660.0391-0.2271-0.0109-0.17670.13830.48590.1104-0.15060.51730.00470.5224-53.8017-15.127851.9205
23.6374-0.79850.97311.8174-0.95071.35170.1639-0.10840.0486-0.0495-0.4135-0.8570.05130.3750.1150.4733-0.0086-0.35370.66070.12761.0738-20.7221-17.2953.6611
33.2183-0.36320.90051.27860.21234.26050.02660.62080.0966-0.2282-0.1115-0.2271-0.16340.59440.07150.5147-0.0015-0.04530.38960.03620.462-41.2617-7.114223.5005
47.7930.3125-3.87994.2876-0.86016.69110.42310.1166-0.8395-0.3074-1.038-0.3274-0.07830.48190.48850.47890.0322-0.17220.74010.05170.9334-34.976-14.311538.4786
51.48020.41990.97690.64920.96014.6679-0.0462-0.2651-0.1685-0.05270.1558-0.04610.22860.5105-0.10570.50660.22620.14270.62050.03640.4895-85.9837-29.210135.6858
62.66940.4969-0.15041.5193-1.08213.24590.1365-0.91180.36250.0852-0.0930.099-0.3050.5426-0.15370.56140.08260.24510.76480.01890.4694-94.9106-12.337461.9924
72.15440.0273-0.6131.32930.22172.1212-0.0477-0.23950.05530.14010.07340.6534-0.1002-0.50940.05610.5560.19590.28110.62080.18670.7966-123.0504-18.088456.3078
83.0127-0.6749-1.07380.56910.5233.181-0.00360.3725-0.2345-0.1294-0.04880.27570.1569-0.24640.01720.6245-0.0460.10390.29770.01630.4943-106.2238-27.2725.7386
97.45620.01613.06753.66920.38644.5239-0.36820.9738-0.09270.2437-0.1046-0.02880.36340.470.38960.54240.12110.27040.60880.17190.5616-111.6859-20.226839.7094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 52 through 300 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 301 through 584 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 585 through 929 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 10 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 52 through 137 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 138 through 265 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 266 through 560 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 561 through 929 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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