[日本語] English
万見
- PDB-5n8d: Structure of the distal domain of mouse adenovirus 2 fibre, P21 native -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n8d
タイトルStructure of the distal domain of mouse adenovirus 2 fibre, P21 native
要素Fiber
キーワードVIRAL PROTEIN / Triple beta-spiral / 3-bladed propeller / ABCJ-GHID topology / N-acetyl-glucosamine binding
機能・相同性
機能・相同性情報


adhesion receptor-mediated virion attachment to host cell / virion component / cell adhesion / symbiont entry into host cell / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能
Adenoviral fibre protein, repeat/shaft region / Adenoviral fibre protein (repeat/shaft region) / Adenovirus fibre protein / Attachment protein shaft domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Murine adenovirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Singh, A.K. / van Raaij, M.J.
資金援助 スペイン, 4件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2011-24843 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-53425-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2015-68990-REDT スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessFIS2011-16090-E スペイン
引用ジャーナル: J. Gen. Virol. / 年: 2018
タイトル: Structure and N-acetylglucosamine binding of the distal domain of mouse adenovirus 2 fibre.
著者: Singh, A.K. / Nguyen, T.H. / Vidovszky, M.Z. / Harrach, B. / Benko, M. / Kirwan, A. / Joshi, L. / Kilcoyne, M. / Berbis, M.A. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Menendez, M. / Wilson, S.S. ...著者: Singh, A.K. / Nguyen, T.H. / Vidovszky, M.Z. / Harrach, B. / Benko, M. / Kirwan, A. / Joshi, L. / Kilcoyne, M. / Berbis, M.A. / Canada, F.J. / Jimenez-Barbero, J. / Menendez, M. / Wilson, S.S. / Bromme, B.A. / Smith, J.G. / van Raaij, M.J.
履歴
登録2017年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月10日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / entity
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _entity.formula_weight
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / entity
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _entity.formula_weight
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,79421
ポリマ－154,8666
非ポリマー92815
水29,9771664
1
A: Fiber
B: Fiber
C: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,94311
ポリマ－77,4333
非ポリマー5108
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12680 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area21640 Å2
手法PISA
2
D: Fiber
E: Fiber
F: Fiber
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,85110
ポリマ－77,4333
非ポリマー4187
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12420 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area21630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.880, 100.600, 95.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.28, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Fiber


分子量: 25810.922 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 587-787 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSEF was an expression and purification tag, invisible in the electron density. The N-terminal residues GALTAQGA of the protein also did not show density.
由来: (組換発現) Murine adenovirus 2 (ウイルス) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: E7CH51
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1664 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.88 % / 解説: Plate
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 10 mM Tris-HCl, 4.0 M ammonium formate, 0.1 M HEPES-NaOH

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.0023 Å
検出器タイプ: Dectris / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0023 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→29.66 Å / Num. obs: 144435 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 16.5 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.334 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 7096 / CC1/2: 0.857 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
REFMAC5.8.0158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5N83

5n83


解像度: 1.8→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 2.643 / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.102 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20082 3644 2.5 %THIN SHELLS
Rwork0.16803 ---
obs0.16889 140696 98.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.019 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å20 Å20.44 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---0.66 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9040 0 50 1664 10754
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.029467
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028478
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5881.95812861
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.887319742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.75251176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.29423.775408
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.997151549
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.8711549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21466
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110502
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022015
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8092.1824683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8082.1824682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8843.265851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.8843.265852
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.4062.4924784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.4052.4924784
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.863.637006
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.58328.56310748
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.24727.33910270
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.897 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 499 -
Rwork0.232 20353 -
obs--97.8 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る