PDB-5n7y: Solution structure of B. subtilis Sigma G inhibitor CsfB

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n7y

タイトル

Solution structure of B. subtilis Sigma G inhibitor CsfB

要素

Anti-sigma-G factor Gin

キーワード

TRANSCRIPTION / Zinc-finger / dimer / CsfB / Sigma G inhibitor

機能・相同性

Anti-sigma-G factor Gin / Inhibitor of sigma-G Gin / sporulation resulting in formation of a cellular spore / metal ion binding / Anti-sigma-G factor Gin

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

データ登録者

Martinez-Lumbreras, S. / Alfano, C. / Atkinson, A. / Isaacson, R.L.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structural and Functional Insights into Bacillus subtilis Sigma Factor Inhibitor, CsfB.
著者: Martinez-Lumbreras, S. / Alfano, C. / Evans, N.J. / Collins, K.M. / Flanagan, K.A. / Atkinson, R.A. / Krysztofinska, E.M. / Vydyanath, A. / Jackter, J. / Fixon-Owoo, S. / Camp, A.H. / Isaacson, R.L.

履歴

登録	2017年2月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2018年3月21日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_nmr_representative / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_nmr_representative.conformer_id / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.PDB_model_num
改定 2.1	2018年4月11日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.2	2019年5月8日	Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 2.3	2024年6月19日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n7y.cif.gz	606.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n7y.ent.gz	503.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n7y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n7y_validation.pdf.gz	555.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n7y_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5n7y_validation.xml.gz	104.5 KB	表示
CIF形式データ	5n7y_validation.cif.gz	127.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/5n7y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/5n7y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3q2p-2 5z1p-1 3pxm-2 6t3o-d 1iv7-2 6zc1-d 2lc3-d 6qfj-1 3q2p-1 5l2h-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 34102Solution structure of B. subtilis Sigma G inhibitor CsfB

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Anti-sigma-G factor Gin

C: Anti-sigma-G factor Gin

ヘテロ分子

11.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	medoid

#1: タンパク質・ペプチド	Anti-sigma-G factor Gin / Protein CsfB 分子量: 5630.390 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: csfB, gin, yaaM, BSU00240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37534
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	3	1	isotropic	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	isotropic	1	3D HN(CA)CB
1	5	1	isotropic	1	3D HBHA(CO)NH
1	6	1	isotropic	1	3D HNCO
1	7	1	isotropic	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	8	1	isotropic	1	3D 1H-15N NOESY
1	9	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	11	1	isotropic	1	3D 1H-13C NOESY aromatic
1	10	2	isotropic	2	3D filtered/edited 1H-13C NOESY aliphatic

-
試料調製

詳細

タイプ	Solution-ID	内容	Label	溶媒系
solution	1	1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CsfB-labelled, 90% H2O/10% D2O	15N13C_sample	90% H2O/10% D2O
solution	2	0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CsfB-labelled, 0.5 mM CsfB, 90% H2O/10% D2O	mixed_sample	90% H2O/10% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
1 mM	CsfB-labelled	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
0.5 mM	CsfB-labelled	[U-100% 13C; U-100% 15N]	2
0.5 mM	CsfB	natural abundance	2

試料状態

詳細: 50 mM HEPES, 250 mM NaCl, 250 uM TCEP / イオン強度: 250 mM / Label: buffer / pH: 7.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	700	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	950	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
TopSpin		Bruker Biospin	collection
NMRPipe		Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
CcpNmr Analysis	2.4	CCPN	chemical shift assignment
ARIA	2.3	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation
ARIA	2.3	Linge, O'Donoghue and Nilges	精密化
TALOS	+	Cornilescu, Delaglio and Bax	データ解析

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 4

代表構造

選択基準: medoid

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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