PDB-5n7k: Crystal structure of the coiled-coil domain of human tricellulin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n7k

タイトル

Crystal structure of the coiled-coil domain of human tricellulin

要素

MARVEL domain-containing protein 2

キーワード

CELL ADHESION / tight junction / CC domain / dimerization

機能・相同性

機能・相同性情報

tricellular tight junction / paranodal junction / bicellular tight junction assembly / Schmidt-Lanterman incisure / cell-cell junction organization / establishment of endothelial barrier / tight junction / bicellular tight junction / sensory perception of sound / cell junction ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.81 Å

データ登録者

Schuetz, A. / Heinemann, U.

引用

ジャーナル: Ann. N. Y. Acad. Sci. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the tricellulin C-terminal coiled-coil domain reveals a unique mode of dimerization.
著者: Schuetz, A. / Radusheva, V. / Krug, S.M. / Heinemann, U.

履歴

登録	2017年2月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n7k.cif.gz	201.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n7k.ent.gz	167.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n7k.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n7k_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n7k_full_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示
XML形式データ	5n7k_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	5n7k_validation.cif.gz	21 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/5n7k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/5n7k	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n7hSC 5n7iC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6to5-d 4k27-d 4uid-2 6to9-d 5vji-2 3tul-1 1gkn-d 6kos-1 5vji-1 4yyj-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MARVEL domain-containing protein 2

B: MARVEL domain-containing protein 2

C: MARVEL domain-containing protein 2

D: MARVEL domain-containing protein 2

55.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MARVEL domain-containing protein 2

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: MARVEL domain-containing protein 2

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: MARVEL domain-containing protein 2

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: MARVEL domain-containing protein 2

登録者が定義した集合体
14 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.621, 82.621, 188.825
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	MARVEL domain-containing protein 2 / Tricellulin 分子量: 13977.784 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MARVELD2, TRIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8N4S9

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.04 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 55% (v/v) MPD, 0.1 M Mes pH 5.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.805→47.26 Å / Num. obs: 18866 / % possible obs: 99.43 % / 冗長度: 10.2 % / B_iso Wilson estimate: 83.31 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 18.15
反射シェル	解像度: 2.805→2.906 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 0.9753 / Mean I/σ(I) obs: 2.04 / Num. unique obs: 1787 / % possible all: 97.01

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N7H

5n7h

解像度: 2.81→47.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.614 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.607 / SU R_free Blow DPI: 0.3 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.305

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.242	941	5 %	RANDOM
R_work	0.215	-	-	-
obs	0.217	18820	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 96.71 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.4847 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-11.4847 Å²	0 Å²
3-	-	-	22.9694 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.81→47.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3789	0	0	0	3789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	3858	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.95	5150	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1490	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		132	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		531	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3858	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.13
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.18
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		469	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4411	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.81→2.98 Å / Total num. of bins used: 9

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2828	148	4.97 %
R_work	0.2403	2829	-
all	0.2424	2977	-
obs	-	-	99.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2503	1.9277	1.5899	1.4758	0.313	7.0845	-0.3628	0.051	-0.2637	0.2085	-0.1554	0.422	-0.2703	-1.5095	0.5182	-0.3596	-0.1455	0.1463	0.0508	-0.1701	-0.3134	55.9534	35.0349	181.752
2	-0.1007	2.4078	-2.5943	2.8139	-3.3066	0	0.0524	-0.1238	-0.6134	-0.0373	0.0941	-0.5705	0.5832	0.5396	-0.1465	0.449	-0.2348	0.0491	0.2731	0.195	0.0049	58.2609	15.1108	214.886
3	-0.1616	-0.0349	1.1966	3.8178	-1.621	4.2163	-0.2508	-0.4587	-0.4412	0.5529	0.0432	0.6386	-0.4475	-1.4537	0.2076	-0.2133	-0.0939	0.2778	0.5605	-0.0222	-0.1617	51.9694	34.2986	185.884
4	4.0136	1.7263	1.4827	2.2576	1.3127	7.5377	-0.9223	0.6151	-0.0816	0.2712	-0.0093	0.3574	-0.0921	-1.1146	0.9316	0.1126	-0.2283	0.0296	-0.1909	-0.0975	-0.3663	67.6635	39.3699	181.318
5	1.1087	-1.2944	-3.6815	5.2724	4.2475	11.9256	-0.2388	-0.0316	0.3725	-0.7316	-0.0847	0.2053	-1.8757	0.3617	0.3234	0.7611	0.1257	-0.1343	-0.3146	-0.0052	-0.2978	74.5658	55.7991	213.576
6	1.8664	0.7907	4.8684	1.7182	1.7349	0	-1.0533	0.643	-0.1584	0.0913	-0.046	0.1076	-0.157	-0.4296	1.0993	0.2922	-0.1916	0.0108	-0.2026	-0.028	-0.2572	72.2042	39.6377	184.19
7	1.4392	-1.1998	3.4519	6.1884	-3.4139	9.5229	-0.5124	-0.0298	-0.1499	1.2235	0.11	0.8464	-1.1228	-0.3814	0.4024	-0.187	-0.0337	0.1081	-0.4205	-0.024	-0.1965	84.5457	17.787	199.413
8	6.3802	1.3081	9.9694	0.1216	1.34	22.0717	0.0788	0.4004	0.2537	0.2529	0.033	0.1578	1.0743	-0.7413	-0.1118	0.1342	-0.2572	-0.1591	0.3259	-0.1873	0.3087	70.1429	8.1253	166.939
9	2.5591	1.2764	2.13	4.9886	-0.1567	10.5066	-0.5055	-0.0719	-0.3782	0.7454	-0.1179	0.4478	-0.4295	-0.6706	0.6234	-0.0922	0.0281	0.121	-0.2736	-0.0575	0.0576	85.9829	13.973	195.947
10	1.2042	0.1259	0.3527	3.6288	-0.7771	6.6941	-0.5987	0.0283	-0.3187	0.4189	-0.0369	-0.3998	0.1539	0.7801	0.6355	0.1956	-0.0362	0.1286	-0.4133	0.0256	-0.2812	82.5254	30.6696	200.072
11	5.3396	2.5394	-6.6118	3.2743	0.4192	15.8939	-0.046	0.2942	0.4228	0.3292	-0.1572	-0.2541	-1.0776	0.592	0.2032	0.2519	-0.4767	-0.0644	0.0871	0.203	-0.2423	93.5482	44.5778	167.659
12	1.7911	1.4308	-1.115	1.1688	-5.5915	0	-0.795	0.0068	-0.1189	0.386	-0.0777	-0.1455	-0.0111	0.4689	0.8727	0.3286	0.0009	0.0838	-0.2765	0.0297	-0.1711	80.509	34.6931	197.055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|439 - 480}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|481 - 517}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|518 - 551}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|437 - 480}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|481 - 517}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|518 - 551}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{C\|438 - 480}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{C\|481 - 517}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|518 - 551}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{D\|438 - 480}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{D\|481 - 517}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{D\|518 - 551}

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