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- PDB-5n7e: Crystal structure of the Dbl-homology domain of Bcr-Abl in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n7e
タイトルCrystal structure of the Dbl-homology domain of Bcr-Abl in complex with monobody Mb(Bcr-DH_4).
要素
  • Breakpoint cluster region protein
  • Mb(Bcr-DH_4)
キーワードSIGNALING PROTEIN / Dbl-homology / monobody / Bcr-Abl / transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of respiratory burst / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of macrophage migration / neutrophil degranulation / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of neutrophil degranulation / macrophage migration / intracellular protein transmembrane transport / renal system process / regulation of Rho protein signal transduction ...negative regulation of respiratory burst / negative regulation of cellular extravasation / negative regulation of macrophage migration / neutrophil degranulation / negative regulation of blood vessel remodeling / negative regulation of neutrophil degranulation / macrophage migration / intracellular protein transmembrane transport / renal system process / regulation of Rho protein signal transduction / regulation of vascular permeability / activation of GTPase activity / focal adhesion assembly / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / definitive hemopoiesis / regulation of small GTPase mediated signal transduction / inner ear morphogenesis / neuromuscular process controlling balance / RHOB GTPase cycle / small GTPase-mediated signal transduction / RHOC GTPase cycle / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / CDC42 GTPase cycle / homeostasis of number of cells / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / phagocytosis / keratinocyte differentiation / RAC1 GTPase cycle / Signaling by FGFR1 in disease / GTPase activator activity / positive regulation of phagocytosis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / modulation of chemical synaptic transmission / brain development / negative regulation of inflammatory response / Schaffer collateral - CA1 synapse / cellular response to lipopolysaccharide / actin cytoskeleton organization / protein tyrosine kinase activity / dendritic spine / protein phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / postsynaptic density / axon / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / glutamatergic synapse / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain superfamily / Abr/Bcr / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / PH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. ...Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain superfamily / Abr/Bcr / Bcr-Abl oncoprotein oligomerisation domain / PH domain / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Rho GTPase-activating protein domain / RhoGAP domain / Rho GTPase-activating proteins domain profile. / GTPase-activator protein for Rho-like GTPases / Rho GTPase activation protein / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2 domain / C2 domain / C2 domain profile. / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Breakpoint cluster region protein
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.647 Å
データ登録者Reckel, S. / Reynaud, A. / Pojer, F. / Hantschel, O.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation31003A_140913 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural and functional dissection of the DH and PH domains of oncogenic Bcr-Abl tyrosine kinase.
著者: Sina Reckel / Charlotte Gehin / Delphine Tardivon / Sandrine Georgeon / Tim Kükenshöner / Frank Löhr / Akiko Koide / Lena Buchner / Alejandro Panjkovich / Aline Reynaud / Sara Pinho / ...著者: Sina Reckel / Charlotte Gehin / Delphine Tardivon / Sandrine Georgeon / Tim Kükenshöner / Frank Löhr / Akiko Koide / Lena Buchner / Alejandro Panjkovich / Aline Reynaud / Sara Pinho / Barbara Gerig / Dmitri Svergun / Florence Pojer / Peter Güntert / Volker Dötsch / Shohei Koide / Anne-Claude Gavin / Oliver Hantschel /
要旨: The two isoforms of the Bcr-Abl tyrosine kinase, p210 and p190, are associated with different leukemias and have a dramatically different signaling network, despite similar kinase activity. To ...The two isoforms of the Bcr-Abl tyrosine kinase, p210 and p190, are associated with different leukemias and have a dramatically different signaling network, despite similar kinase activity. To provide a molecular rationale for these observations, we study the Dbl-homology (DH) and Pleckstrin-homology (PH) domains of Bcr-Abl p210, which constitute the only structural differences to p190. Here we report high-resolution structures of the DH and PH domains and characterize conformations of the DH-PH unit in solution. Our structural and functional analyses show no evidence that the DH domain acts as a guanine nucleotide exchange factor, whereas the PH domain binds to various phosphatidylinositol-phosphates. PH-domain mutants alter subcellular localization and result in decreased interactions with p210-selective interaction partners. Hence, the PH domain, but not the DH domain, plays an important role in the formation of the differential p210 and p190 Bcr-Abl signaling networks.
履歴
登録2017年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mb(Bcr-DH_4)
B: Breakpoint cluster region protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0232
ポリマ－35,0232
非ポリマー00
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)164.122, 55.568, 45.031
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.460, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-962-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mb(Bcr-DH_4)


分子量: 10121.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Breakpoint cluster region protein / Renal carcinoma antigen NY-REN-26


分子量: 24901.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCR, BCR1, D22S11 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P11274, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.12 M monosaccharides (0.2M D-Glucose; 0.2M D-Mannose; 0.2M D-Galactose; 0.2M L-Fucose; 0.2M D-Xylose; 0.2M N-Acetyl-D-Glucosamine); 0.1 M buffer system 2 pH 7.5 (Sodium HEPES; MOPS (acid)); ...詳細: 0.12 M monosaccharides (0.2M D-Glucose; 0.2M D-Mannose; 0.2M D-Galactose; 0.2M L-Fucose; 0.2M D-Xylose; 0.2M N-Acetyl-D-Glucosamine); 0.1 M buffer system 2 pH 7.5 (Sodium HEPES; MOPS (acid)); 50% precipitant mix 1 (40% v/v PEG 500* MME; 20 % w/v PEG 20000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.647→43.402 Å / Num. obs: 47055 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03673 / Rpim(I) all: 0.02165 / Net I/σ(I): 18.29
反射 シェル解像度: 1.647→1.706 Å / Rmerge(I) obs: 0.5916 / Mean I/σ(I) all: 1.94 / Num. unique all: 4391 / CC1/2: 0.946 / Rpim(I) all: 0.3474 / % possible all: 93.25

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Chain A: homology model based on 4JE4, Chain B: homology model based on 2Z0Q

4je4

2z0q


解像度: 1.647→43.402 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2194 2451 5.21 %
Rwork0.1833 --
obs0.1852 47055 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.18 Å2 / Biso mean: 36.1086 Å2 / Biso min: 15.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.647→43.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2200 0 0 348 2548
Biso mean---43.7 -
残基数----279
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062317
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8083172
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006406
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1451413
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6474-1.67910.31781420.29652174231688
1.6791-1.71330.29041290.273924552584100
1.7133-1.75060.25911470.268424702617100
1.7506-1.79130.30771280.256225312659100
1.7913-1.83610.25721260.245524482574100
1.8361-1.88580.25731290.225425192648100
1.8858-1.94120.20861120.221324652577100
1.9412-2.00390.25391380.211724822620100
2.0039-2.07550.24981570.213424772634100
2.0755-2.15860.26111280.207525122640100
2.1586-2.25690.22371380.209524702608100
2.2569-2.37580.22781270.197625082635100
2.3758-2.52470.22431550.200124762631100
2.5247-2.71960.27391480.194524752623100
2.7196-2.99320.23961220.186425472669100
2.9932-3.42620.23171450.169924972642100
3.4262-4.3160.1731360.150825242660100
4.316-43.41710.18591440.152525742718100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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