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- PDB-5n6f: Crystal structure of TGT in complex with guanine fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n6f
タイトルCrystal structure of TGT in complex with guanine fragment
要素Queuine tRNA-ribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TGT / TRNA / GUANINE EXCHANGE ENZYME / TRANSGLYCOSYLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / : / tRNA-guanine transglycosylase / tRNA-guanine(15) transglycosylase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase-like / Queuine tRNA-ribosyltransferase / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANINE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Queuine tRNA-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zymomonas mobilis subsp. mobilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.11909520042 Å
データ登録者Hassaan, E. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2020
タイトル: Fragments as Novel Starting Points for tRNA-Guanine Transglycosylase Inhibitors Found by Alternative Screening Strategies.
著者: Hassaan, E. / Eriksson, P.O. / Geschwindner, S. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2017年2月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_detector.type
改定 2.02019年12月18日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / atom_sites / cell / computing / diffrn / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell / software / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_site_gen / symmetry
Item: _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _cell.angle_beta ..._atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _cell.angle_beta / _cell.volume / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _refine.B_iso_mean / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_high / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_ls_sigma_F / _refine.pdbx_overall_phase_error / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.number_atoms_solvent / _refine_hist.number_atoms_total / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr.type / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_high / _refine_ls_shell.d_res_low / _refine_ls_shell.number_reflns_R_free / _refine_ls_shell.number_reflns_R_work / _refine_ls_shell.percent_reflns_obs / _reflns.B_iso_Wilson_estimate / _reflns.d_resolution_low / _reflns_shell.number_unique_obs / _software.version / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_site_gen.auth_seq_id / _symmetry.space_group_name_Hall
解説: Model completeness
詳細: addition of residue 158 and review of problematic water molecules.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 2.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 2.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3146
ポリマ－41,7631
非ポリマー5515
水5,026279
1
A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,62912
ポリマ－83,5272
非ポリマー1,10210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area5120 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area26140 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)88.711, 64.851, 70.655
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.357, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Queuine tRNA-ribosyltransferase / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase


分子量: 41763.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zymomonas mobilis subsp. mobilis (strain ATCC 31821 / ZM4 / CP4) (バクテリア)
株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / プラスミド: PPR-IBA2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CODONPLUS
参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase

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非ポリマー , 6種, 284分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン


分子量: 151.126 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5O
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.36 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 13% PEG8000, 100MM MES, 1MM DTT, 10% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.119→44.28 Å / Num. obs: 149008 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 10.8545945983 Å2 / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.119→1.19 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.487 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 149008 / % possible all: 83.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHASER位相決定
Cootモデル構築
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LBU

4lbu


解像度: 1.11909520042→44.2793884339 Å / SU ML: 0.0973131262279 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3545538695 / 位相誤差: 13.5056770047
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.153498297959 7451 5.00077182762 %
Rwork0.135902777855 141546 -
obs0.136782737006 148997 97.0506432177 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 16.8179302453 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11909520042→44.2793884339 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2794 0 33 279 3106
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006525221040142986
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9621725675894034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742712069091425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00657054679121549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.76424058681119
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1191-1.13180.3279959932461710.3140100523883248X-RAY DIFFRACTION68.053343949
1.1318-1.14510.3007693138331970.2666546280453749X-RAY DIFFRACTION76.890101325
1.1451-1.15910.256653054952150.2345948334069X-RAY DIFFRACTION83.671875
1.1591-1.17380.2051481906092290.2160320130184360X-RAY DIFFRACTION90.5664101046
1.1738-1.18920.2256111258542530.1923958852344796X-RAY DIFFRACTION99.2920353982
1.1892-1.20550.1883973656022520.1727977557914807X-RAY DIFFRACTION99.8027224305
1.2055-1.22270.1922917516942590.1674663398514905X-RAY DIFFRACTION99.8839458414
1.2227-1.2410.1791303664582530.1587324792944821X-RAY DIFFRACTION99.8818897638
1.241-1.26040.1634121239742540.1503516108984825X-RAY DIFFRACTION99.8820058997
1.2604-1.2810.1546145344942570.1428437892424866X-RAY DIFFRACTION99.8051821547
1.281-1.30310.1712021969972530.1414543328114820X-RAY DIFFRACTION99.7640117994
1.3031-1.32680.1668157052362550.134406099894832X-RAY DIFFRACTION99.7646597372
1.3268-1.35240.1551618498972550.1283609664984843X-RAY DIFFRACTION99.9411880024
1.3524-1.380.1637322259882550.1322554371444851X-RAY DIFFRACTION99.8435666797
1.38-1.410.1419927802112580.1189375567224901X-RAY DIFFRACTION99.9225256634
1.41-1.44280.1395499455022530.1173742903394810X-RAY DIFFRACTION99.9210578251
1.4428-1.47880.1382571995652560.1093737140524858X-RAY DIFFRACTION99.7853658537
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1.5635-1.6140.1238988524352570.1042175439844883X-RAY DIFFRACTION99.8639984457
1.614-1.67170.1269058746672550.1064440202434842X-RAY DIFFRACTION99.7455968689
1.6717-1.73860.1345712402012540.1096143398234829X-RAY DIFFRACTION99.7253286247
1.7386-1.81770.1181415678172560.1132658019524863X-RAY DIFFRACTION99.688412853
1.8177-1.91360.1401070900792560.1157792852064857X-RAY DIFFRACTION99.5909622127
1.9136-2.03350.1248678198342570.1160108140314876X-RAY DIFFRACTION99.5539177657
2.0335-2.19050.1334377601732540.1167927917444836X-RAY DIFFRACTION99.5696400626
2.1905-2.41090.1506749553752560.1210245924884861X-RAY DIFFRACTION99.5719011481
2.4109-2.75970.1349296013232560.1271247268564875X-RAY DIFFRACTION99.3417231365
2.7597-3.47670.1596239549422560.1469239133474863X-RAY DIFFRACTION99.4366744367
3.4767-44.270.1807162909222620.1639226508064957X-RAY DIFFRACTION98.9383886256

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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