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- PDB-5n69: Cardiac muscle myosin S1 fragment in the pre-powerstroke state co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n69
タイトルCardiac muscle myosin S1 fragment in the pre-powerstroke state co-crystallized with the activator Omecamtiv Mecarbil
要素
  • Myosin light chain 3
  • Myosin-7ミオシン
キーワードMOTOR PROTEIN (モータータンパク質) / myosin (ミオシン) / cardiac (心臓) / Omecamtiv Mecarbil / CK-452 / cytokinetics / pre-powerstroke
機能・相同性
機能・相同性情報


muscle filament sliding / myosin filament / adult heart development / myosin II complex / microfilament motor activity / sarcomere organization / myofibril / cardiac muscle contraction / sarcomere / actin filament binding ...muscle filament sliding / myosin filament / adult heart development / myosin II complex / microfilament motor activity / sarcomere organization / myofibril / cardiac muscle contraction / sarcomere / actin filament binding / calmodulin binding / calcium ion binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. ...DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Kinesin motor domain superfamily / EFハンド / Recoverin; domain 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2OW / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / VANADATE ION / Myosin light chain 3 / Myosin-7
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Planelles-Herrero, V.J. / Hartman, J.J. / Robert-Paganin, J. / Malik, F.I. / Houdusse, A.
資金援助 フランス, 6件
組織認可番号国
AFM18423 フランス
FRMDBI20141231319 フランス
French National Research Agency13-BSV8-0019-01 フランス
AFM17235 フランス
Labex CelTisPhyBio11-LBX-0038 フランス
IDEX PSLANR-10-IDEX-0001-02 PSL フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Mechanistic and structural basis for activation of cardiac myosin force production by omecamtiv mecarbil.
著者: Planelles-Herrero, V.J. / Hartman, J.J. / Robert-Paganin, J. / Malik, F.I. / Houdusse, A.
履歴
登録2017年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.content_type
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myosin-7
B: Myosin-7
G: Myosin light chain 3
H: Myosin light chain 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,09438
ポリマ－233,6064
非ポリマー4,48834
水15,205844
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19020 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area78920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.320, 122.450, 187.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABGH

#1: タンパク質 Myosin-7 / ミオシン / Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac ...Myosin heavy chain 7 / Myosin heavy chain slow isoform / MyHC-slow / Myosin heavy chain / cardiac muscle beta isoform / MyHC-beta


分子量: 94834.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: Q9BE39
#2: タンパク質 Myosin light chain 3 / / Myosin light chain 1 / slow-twitch muscle B/ventricular isoform / MLC1SB


分子量: 21968.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P85100

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非ポリマー , 7種, 878分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-VO4 / VANADATE ION / バナジン酸塩


分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-2OW / methyl 4-(2-fluoro-3-{[(6-methylpyridin-3-yl)carbamoyl]amino}benzyl)piperazine-1-carboxylate / omecamtiv mercarbil / オメカムチブメカルビル / Omecamtiv mecarbil


分子量: 401.435 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H24FN5O3
#7: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-TCE / 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid / 3-[bis(2-carboxyethyl)phosphanyl]propanoic acid / トリス(2-カルボキシエチル)ホスフィン / TCEP


分子量: 250.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15O6P
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 844 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.08 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 24% (w/v) PEG 3350, 5% Tacsimate pH 6.0, 5 mM TCEP, 20% Glycerol and 10% DMSO

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 82998 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 56.43 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.3 / Net I/σ(I): 5.41
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / CC1/2: 0.38 / Rsym value: 1.73 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QVI

1qvi


解像度: 2.45→24.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.405 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.435 / SU Rfree Blow DPI: 0.241 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.241
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.224 4145 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 82903 99.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.7536 Å20 Å20 Å2
2--0.9096 Å20 Å2
3----10.6632 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→24.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14797 0 313 844 15954
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0115415HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1320715HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5607SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes429HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2185HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it15415HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.84
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.87
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1958SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact17379SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.51 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.255 267 5 %
Rwork0.223 5073 -
all0.225 5340 -
obs--87.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.51910.2905-0.15460.4938-0.23290.50930.0817-0.07630.04340.0577-0.0478-0.0496-0.009-0.0495-0.03390.1718-0.0156-0.00230.2218-0.00640.1983-5.472-5.95741.195
20.62280.1928-0.01631.0751-0.05920.31910.03860.06090.04250.0106-0.04010.0340.0399-0.03340.00150.1989-0.013-0.02130.23990.02360.2381-33.703-19.73616.709
32.60022.62320.48319.3703-0.52882.8363-0.02240.1743-0.2986-0.0874-0.2089-0.5016-0.05220.11880.23130.4511-0.02910.00530.41940.06040.6205-33.306-72.36331.007
41.1870.9825-0.50912.2314-1.15961.5535-0.0027-0.0418-0.0902-0.0627-0.05090.04410.1198-0.12010.05360.29630.00840.02650.26110.04450.309616.58330.3246.482
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|4 - A|810 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|5 - B|809 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ G|41 - G|199 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ H|39 - H|199 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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