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Yorodumi- PDB-5n58: di-Zinc VIM-5 metallo-beta-lactamase in complex with (1-chloro-4-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5n58 | ||||||
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Title | di-Zinc VIM-5 metallo-beta-lactamase in complex with (1-chloro-4-hydroxyisoquinoline-3-carbonyl)-D-tryptophan (Compound 1) | ||||||
Components | Class B metallo-beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.957 Å | ||||||
Authors | Li, G.-B. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
Citation | Journal: Chem. Commun. (Camb.) / Year: 2017 Title: Crystallographic analyses of isoquinoline complexes reveal a new mode of metallo-beta-lactamase inhibition. Authors: Li, G.B. / Brem, J. / Lesniak, R. / Abboud, M.I. / Lohans, C.T. / Clifton, I.J. / Yang, S.Y. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Avison, M.B. / Spencer, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5n58.cif.gz | 183.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5n58.ent.gz | 144.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5n58.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5n58_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5n58_full_validation.pdf.gz | 1 MB | Display | |
Data in XML | 5n58_validation.xml.gz | 19.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5n58_validation.cif.gz | 28.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/5n58 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/5n58 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5n4sC 5n4tC 5n55C 5naiC 5a87S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28068.488 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Gene: blaVIM-5 / Plasmid: opinf vector based / Details (production host): plasmid derived / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): PLYSS / References: UniProt: Q8GKX2 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 35.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.02 M Sodium/potassium phosphate, 0.1 M Bis-Tris propane, 20% (w/v) Polyethylene glycol 3350,pH=6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.987 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: May 2, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.957→81.54 Å / Num. obs: 31417 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 25.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.152 / Net I/σ(I): 14.3 |
Reflection shell | Resolution: 1.957→2.027 Å / Rmerge(I) obs: 0.152 / Num. unique obs: 3085 / Rpim(I) all: 0.062 / % possible all: 99 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5A87 Resolution: 1.957→62.118 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.58 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 151.87 Å2 / Biso mean: 33.7312 Å2 / Biso min: 13.84 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.957→62.118 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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