PDB-5n4t: VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with ((S)-3-mercapto-2-me...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n4t

タイトル

VIM-2 metallo-beta-lactamase in complex with ((S)-3-mercapto-2-methylpropanoyl)-L-tryptophan (Compound 4)

要素

Beta-lactamase VIM-2

キーワード

HYDROLASE / metallo-beta-lactamase / inhibitor / complex / antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.16 Å

データ登録者

Li, G.-B. / Brem, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

引用

ジャーナル: Chem. Commun. (Camb.) / 年: 2017
タイトル: Crystallographic analyses of isoquinoline complexes reveal a new mode of metallo-beta-lactamase inhibition.
著者: Li, G.B. / Brem, J. / Lesniak, R. / Abboud, M.I. / Lohans, C.T. / Clifton, I.J. / Yang, S.Y. / Jimenez-Castellanos, J.C. / Avison, M.B. / Spencer, J. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2017年2月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n4t.cif.gz	220.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n4t.ent.gz	176.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n4t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5n4t_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n4t_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5n4t_validation.xml.gz	26.8 KB	表示
CIF形式データ	5n4t_validation.cif.gz	40.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/5n4t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/5n4t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n4sC 5n55C 5n58C 5naiC 4c1dS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4exs-1 7ct2-4 4rm5-1 6qgo-2 5ypm-5 5o7n-1 6zyp-2 6kxo-2 5ypi-2 1wup-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase VIM-2

B: Beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

51.2 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Beta-lactamase VIM-2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
25.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.903, 80.148, 79.085
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 139.490, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-627- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Beta-lactamase VIM-2 / Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta- ...Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / Metallo-beta-lactamase vim-2 / VIM-2 metallo-beta-lactamase / VIM-2 protein 分子量: 24910.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 プラスミド: OPINF / 詳細 (発現宿主): OPINF VECTOR BASED / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9K2N0

#1: タンパク質

Beta-lactamase VIM-2 / Class B beta-lactamase / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta lactamase VIM-2 / Metallo beta- ...

分子量: 24910.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
プラスミド: OPINF / 詳細 (発現宿主): OPINF VECTOR BASED / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: Q9K2N0

-
非ポリマー , 5種, 634分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-R59 / (2~{S})-3-(1~{H}-indol-3-yl)-2-[[(2~{S})-2-methyl-3-sulfanyl-propanoyl]amino]propanoic acid 分子量: 306.380 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₈N₂O₃S
#4: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#5: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Magnesium Formate, 21%~27% (v/v) Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.92819 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.16→56.29 Å / Num. obs: 147820 / % possible obs: 99.96 % / Observed criterion σ(F): 0.117 / Observed criterion σ(I): 1.275 / 冗長度: 10.6 % / B_iso Wilson estimate: 10.98 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.073 / R_pim(I) all: 0.03 / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.16→1.18 Å / 冗長度: 6.51 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Mean I/σ(I) obs: 10.25 / CC_1/2: 0.998 / % possible all: 99.96

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.01 Å	56.29 Å
Translation	5.01 Å	56.29 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.6.0	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4c1d

4c1d

解像度: 1.16→56.288 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1955	7266	4.97 %
R_work	0.1745	-	-
obs	0.1755	146186	98.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 82.84 Å² / B_iso mean: 20.2636 Å² / B_iso min: 5.89 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.16→56.288 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3494	0	78	632	4204
B_iso mean	-	-	25.66	32.69	-
残基数	-	-	-	-	467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	3944
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	5427
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	606
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	729
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.691	1391

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.16-1.1732	0.4022	272	0.3882	4406	4678	95
1.1732-1.187	0.406	303	0.3912	4444	4747	96
1.187-1.2015	0.3824	272	0.3722	4438	4710	97
1.2015-1.2167	0.4093	231	0.3622	4566	4797	97
1.2167-1.2327	0.3788	256	0.3647	4581	4837	98
1.2327-1.2496	0.3771	238	0.3579	4502	4740	98
1.2496-1.2674	0.3582	253	0.3515	4539	4792	98
1.2674-1.2863	0.3009	225	0.3396	4627	4852	98
1.2863-1.3064	0.35	222	0.3284	4619	4841	98
1.3064-1.3279	0.3236	220	0.3075	4644	4864	99
1.3279-1.3508	0.3112	235	0.2924	4596	4831	99
1.3508-1.3753	0.2777	251	0.2825	4643	4894	99
1.3753-1.4018	0.2878	250	0.2706	4603	4853	99
1.4018-1.4304	0.2951	227	0.2517	4665	4892	99
1.4304-1.4615	0.2846	211	0.2472	4685	4896	99
1.4615-1.4955	0.2447	239	0.2278	4634	4873	99
1.4955-1.5329	0.2435	203	0.2126	4694	4897	99
1.5329-1.5744	0.2347	253	0.1977	4649	4902	99
1.5744-1.6207	0.207	239	0.1746	4673	4912	100
1.6207-1.673	0.1891	271	0.168	4650	4921	100
1.673-1.7328	0.1748	246	0.1503	4645	4891	100
1.7328-1.8022	0.1708	251	0.1441	4680	4931	100
1.8022-1.8842	0.1618	222	0.1366	4705	4927	100
1.8842-1.9835	0.1628	212	0.136	4713	4925	100
1.9835-2.1078	0.1523	242	0.1278	4690	4932	100
2.1078-2.2706	0.1413	225	0.1276	4707	4932	100
2.2706-2.4991	0.1415	227	0.1218	4713	4940	100
2.4991-2.8607	0.135	246	0.1207	4738	4984	100
2.8607-3.6041	0.14	304	0.1226	4648	4952	100
3.6041-56.354	0.1551	220	0.1344	4823	5043	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4614	-1.0025	-2.3794	1.6834	0.7996	4.0855	-0.0361	-0.0444	0.1104	0.1022	0.0024	0.0118	-0.0138	-0.0657	0.0395	0.0799	0.0121	-0.0151	0.0552	-0.0065	0.1004	66.7336	21.4546	51.7452
2	2.7898	-1.0331	-1.36	2.2939	2.1622	5.2515	0.0385	0.056	0.3349	-0.0046	0.0156	-0.1037	-0.2705	0.0064	-0.0688	0.0932	0.0018	-0.0128	0.0395	0.014	0.1549	70.0081	28.3765	47.9702
3	2.3897	-1.5019	-0.226	2.0937	-0.4289	0.7894	-0.0143	0.0146	0.339	0.038	-0.0133	-0.4008	-0.0799	0.1169	-0.0409	0.0924	-0.0044	-0.0053	0.1087	-0.0044	0.2054	77.8362	24.9223	47.6469
4	1.3666	-0.3515	-0.2958	1.4132	0.0318	1.2189	-0.0577	-0.1942	0.1424	0.2014	0.0524	-0.2342	0.0134	0.1359	0.0341	0.0928	0.0177	-0.0348	0.0933	-0.0122	0.1028	77.4463	15.1388	54.2404
5	4.4646	4.8063	-4.6204	5.2992	-4.7253	6.3606	-0.2029	0.4118	-0.0773	-0.351	0.17	0.017	0.3226	-0.3299	-0.0027	0.1217	0.025	0.0175	0.113	-0.0122	0.1188	71.4688	4.4182	42.2281
6	5.2149	0.1476	1.9027	2.6875	0.451	7.224	-0.0389	-0.0438	-0.0387	0.085	0.0039	-0.3675	0.2461	0.4619	0.0046	0.0835	0.0359	0.001	0.0795	0.0097	0.1436	84.5385	7.4422	47.7967
7	6.3511	0.6877	3.2469	1.115	0.4592	4.6782	-0.0122	-0.4014	-0.2544	0.2812	0.0415	-0.077	0.197	-0.1349	-0.0339	0.1386	0.0234	0.004	0.0864	0.0138	0.0794	72.6081	5.3239	56.7002
8	3.7981	-0.167	-1.9791	2.4074	2.2466	9.607	0.0242	0.1503	-0.2003	-0.0632	0.0603	-0.1896	0.0519	0.0455	-0.0929	0.1158	0.0165	0.0244	0.0726	0.0028	0.1584	78.1589	-0.2829	43.3621
9	5.4123	-1.552	1.4813	7.4344	-1.8679	2.9559	0.1323	-0.8945	0.859	0.9483	-0.0184	-0.6319	-0.8557	-0.5836	-0.0039	0.4047	0.0149	0.1077	0.3194	-0.0843	0.2534	44.8345	1.3145	41.9397
10	3.182	0.484	0.1897	3.6332	0.192	3.4249	0.143	-0.2755	0.1674	0.2129	-0.0749	0.1003	-0.2156	-0.2279	-0.0408	0.1034	-0.018	0.0272	0.1398	0.008	0.0665	43.8974	-6.3411	33.8675
11	5.5563	-0.5471	-0.0419	3.3611	-0.3459	2.6522	0.0487	-0.4453	0.0025	0.5181	-0.0003	0.3341	-0.1708	-0.1426	-0.0565	0.2239	-0.0826	0.0192	0.2581	0.0268	0.0904	40.9976	-11.6333	41.6799
12	1.3065	0.3026	-0.977	2.0825	-0.4585	1.9413	0.1183	-0.1903	-0.0731	0.1458	-0.0844	-0.0023	0.0961	-0.1183	-0.007	0.1004	-0.0286	-0.0152	0.1082	0.0248	0.0642	48.1858	-13.5654	31.3343
13	3.3774	1.2036	-1.0263	2.8778	-1.1258	4.0426	0.0652	-0.2313	-0.4232	0.1621	-0.1066	-0.4625	0.2347	0.1551	0.0491	0.1481	-0.0107	-0.0341	0.0778	0.0303	0.1652	53.5738	-20.2064	29.6661
14	1.4525	0.5941	-0.3632	1.9008	-0.1153	1.064	-0.0237	0.0782	-0.0739	-0.1485	0.0105	-0.0754	0.0913	-0.0946	0.0073	0.0846	-0.0015	0.0015	0.0794	0.0007	0.0558	49.6741	-11.2951	20.036
15	7.3933	-6.1962	-1.8465	9.245	3.0025	1.0282	-0.1707	-0.4053	0.1245	0.323	0.1958	-0.3654	-0.0509	0.2465	-0.0141	0.1326	-0.0119	0.0098	0.1352	0.0341	0.0935	58.4007	3.3272	27.3899
16	3.6833	2.1586	2.9007	3.0501	0.9022	5.1122	-0.088	0.4325	0.2042	-0.3636	0.0831	-0.0547	-0.1779	0.0929	0.0447	0.1393	0.0031	0.0343	0.0927	0.0187	0.0815	55.3703	-0.4938	13.7037
17	3.6034	0.3138	2.9584	1.6437	0.4691	7.3058	-0.0376	-0.039	0.2891	-0.0701	-0.0424	0.2498	-0.3184	-0.3044	0.0852	0.0832	0.0199	0.0107	0.0879	0.0154	0.116	44.4454	2.0783	23.6585
18	7.5475	2.2769	0.3663	4.6144	0.0415	4.0675	-0.112	0.0062	-0.1079	-0.1102	0.0889	-0.1832	-0.2251	0.2099	0.0246	0.1125	-0.0052	0.0225	0.0554	-0.0016	0.0651	58.3934	7.8944	20.0946
19	6.0516	-0.6332	2.2888	5.7753	-2.3543	7.1755	-0.055	-0.2477	-0.6994	0.0014	0.208	0.4823	0.4857	-0.7304	-0.1147	0.1746	-0.0288	0.0787	0.2299	0.012	0.2541	57.9559	8.1596	56.932
20	2.8324	-0.2504	-0.1655	3.4271	0.1534	2.4895	-0.0412	-0.0377	-0.0368	0.0985	0.0062	0.0795	0.0762	-0.2232	0.0376	0.0711	0.0101	0.0068	0.1024	-0.0133	0.0711	63.3663	15.8421	54.8044
21	4.8388	-1.0373	-1.9958	5.6086	-1.5485	5.1624	-0.1002	-0.1224	-0.0783	0.3493	0.1005	0.3516	0.0307	-0.3921	-0.0099	0.0903	0.015	0.0244	0.1576	-0.0353	0.1435	54.9447	20.5847	57.502

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 103 through 122 )	B	103 - 122
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 123 through 145 )	B	123 - 145
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 146 through 163 )	B	146 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 164 through 199 )	B	164 - 199
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 200 through 215 )	B	200 - 215
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 216 through 229 )	B	216 - 229
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 230 through 245 )	B	230 - 245
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 246 through 263 )	B	246 - 263
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 30 through 44 )	A	30 - 44
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 45 through 88 )	A	45 - 88
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 89 through 102 )	A	89 - 102
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 103 through 122 )	A	103 - 122
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 123 through 146 )	A	123 - 146
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 147 through 199 )	A	147 - 199
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 200 through 215 )	A	200 - 215
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 216 through 229 )	A	216 - 229
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 230 through 245 )	A	230 - 245
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 246 through 263 )	A	246 - 263
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 31 through 52 )	B	31 - 52
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 53 through 88 )	B	53 - 88
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 89 through 102 )	B	89 - 102

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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