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万見
- PDB-5n4l: Rat ceruloplasmin trigonal form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n4l
タイトルRat ceruloplasmin trigonal form
要素Ceruloplasmin
キーワードOXIDOREDUCTASE / copper-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Metal ion SLC transporters / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / plasma membrane copper ion transport / Iron uptake and transport / : / mammary gland involution / copper ion transport / response to copper ion / ferroxidase ...Metal ion SLC transporters / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / plasma membrane copper ion transport / Iron uptake and transport / : / mammary gland involution / copper ion transport / response to copper ion / ferroxidase / ferroxidase activity / lactation / response to nutrient / liver development / female pregnancy / lung development / iron ion transport / protein-folding chaperone binding / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / copper ion binding / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase ...Coagulation factor 5/8-like / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Ceruloplasmin / Ceruloplasmin
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Samygina, V.R. / Sokolov, A.V. / Bourenkov, G. / Vasilyev, V.B.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
RFBR15-54-74006 ロシア
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2017
タイトル: Rat ceruloplasmin: a new labile copper binding site and zinc/copper mosaic.
著者: Samygina, V.R. / Sokolov, A.V. / Bourenkov, G. / Schneider, T.R. / Anashkin, V.A. / Kozlov, S.O. / Kolmakov, N.N. / Vasilyev, V.B.
履歴
登録2017年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ceruloplasmin
B: Ceruloplasmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)236,83317
ポリマ－236,0082
非ポリマー82515
水37821
1
A: Ceruloplasmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,3858
ポリマ－118,0041
非ポリマー3817
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Ceruloplasmin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,4489
ポリマ－118,0041
非ポリマー4448
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.230, 128.230, 407.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 1034 / Label seq-ID: 1 - 1034

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1, 1), (1, 1), (1)1
2given(2, -0.941286, 0.329189), (2, 0.332447, 0.865106), (2, 0.058816, 0.378451)0.074933, 0.375593, -0.923751

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要素

#1: タンパク質 Ceruloplasmin / Ceruloplasmin / isoform CRA_a


分子量: 118004.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: G3V7K3, UniProt: P13635*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: MPD, KFormate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.2848 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2848 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→14.99 Å / Num. obs: 65234 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 19.1 % / CC1/2: 0.891 / Rmerge(I) obs: 0.37 / Rpim(I) all: 0.028 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / Rmerge(I) obs: 2.9 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rpim(I) all: 0.41 / % possible all: 99.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4enz

4enz


解像度: 3.2→14.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 32.813 / SU ML: 0.451 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.453
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2648 3198 5 %RANDOM
Rwork0.1933 ---
obs0.1967 60937 98.24 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 355.34 Å2 / Biso mean: 147.907 Å2 / Biso min: 79.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20.32 Å20 Å2
2--0.65 Å2-0 Å2
3----2.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→14.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16624 0 15 21 16660
Biso mean--134.5 106.48 -
残基数----2068
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01917082
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0215054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0481.93923156
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.17335092
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.67752066
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.18724.476858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.088152842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2871574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.22430
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02119150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023588
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 15839 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.410.5
MEDIUM THERMAL11.512
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.279 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.539 223 -
Rwork0.51 4273 -
all-4496 -
obs--98.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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