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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n4h | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of the D109N mutant of the mouse alpha-Dystroglycan N-terminal region | |||||||||
要素 | Dystroglycan | |||||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / Dystroglycan / Laminin Binding (ラミニン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 O-結合型グリコシル化 / dystroglycan complex / nerve maturation / muscle attachment / positive regulation of basement membrane assembly involved in embryonic body morphogenesis / retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / contractile ring / regulation of gastrulation / microtubule anchoring ...O-結合型グリコシル化 / dystroglycan complex / nerve maturation / muscle attachment / positive regulation of basement membrane assembly involved in embryonic body morphogenesis / retrograde trans-synaptic signaling by trans-synaptic protein complex / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / contractile ring / regulation of gastrulation / microtubule anchoring / calcium-dependent cell-matrix adhesion / morphogenesis of an epithelial sheet / dystrophin-associated glycoprotein complex / laminin-1 binding / response to denervation involved in regulation of muscle adaptation / basement membrane organization / positive regulation of myelination / regulation of epithelial to mesenchymal transition / skeletal muscle tissue regeneration / dystroglycan binding / cellular response to cholesterol / nerve development / vinculin binding / photoreceptor ribbon synapse / myelination in peripheral nervous system / branching involved in salivary gland morphogenesis / ランヴィエの絞輪 / costamere / angiogenesis involved in wound healing / commissural neuron axon guidance / response to muscle activity / regulation of neurotransmitter receptor localization to postsynaptic specialization membrane / postsynaptic cytosol / axon regeneration / positive regulation of cell-matrix adhesion / structural constituent of muscle / negative regulation of MAPK cascade / epithelial tube branching involved in lung morphogenesis / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / regulation of synapse organization / alpha-actinin binding / plasma membrane raft / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to organic cyclic compound / 基底膜 / GABA-ergic synapse / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / laminin binding / Schwann cell development / heart morphogenesis / SH2 domain binding / tubulin binding / nuclear periphery / negative regulation of cell migration / filopodium / morphogenesis of an epithelium / 軸索誘導 / 接着結合 / regulation of synaptic plasticity / 筋鞘 / response to peptide hormone / cellular response to mechanical stimulus / cell-cell junction / protein transport / virus receptor activity / lamellipodium / actin binding / heart development / postsynapse / basolateral plasma membrane / postsynaptic membrane / 細胞骨格 / 脂質ラフト / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / glutamatergic synapse / calcium ion binding / protein-containing complex binding / 細胞膜 / extracellular space / extracellular region / 核質 / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å | |||||||||
データ登録者 | Cassetta, A. / Covaceuszach, S. / Brancaccio, A. / Sciandra, F. / Bozzi, M. / Bigotti, M.G. / Konarev, P.V. | |||||||||
資金援助 | 英国, フランス, 2件
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引用 | ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017 タイトル: The effect of the pathological V72I, D109N and T190M missense mutations on the molecular structure of alpha-dystroglycan. 著者: Covaceuszach, S. / Bozzi, M. / Bigotti, M.G. / Sciandra, F. / Konarev, P.V. / Brancaccio, A. / Cassetta, A. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5n4h.cif.gz | 146.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5n4h.ent.gz | 116.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5n4h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/5n4h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/5n4h | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28348.291 Da / 分子数: 1 / 変異: D109N, R166H / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DG hypoglycosylated mutant / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 組織: Skeletal Muscle骨格筋 / 遺伝子: Dag1, Dag-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62165 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PEG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.7 M Citrate Buffer, pH 7.0 5.5 mg/mL protein in 25 mM Tris, 150 mM NaCl, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月10日 / 詳細: Toroidal Pt-coated mirror |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si(1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→48 Å / Num. obs: 30354 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 11.96 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 1.098 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 2776 / CC1/2: 0.833 / Rrim(I) all: 1.181 / % possible all: 97.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1U2C 解像度: 1.701→47.997 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 19.93
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.701→47.997 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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