PDB-5n3f: cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n3f

タイトル

cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule N-[3-(aminomethyl)phenyl]acetamide

要素

cAMP dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / fragment / complex / serine threonine kinase / cAMP / kinase / PKA

機能・相同性

機能・相同性情報

cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / regulation of osteoblast differentiation / cellular response to cold ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A crystallographic fragment study with cAMP-dependent protein kinase A
著者: Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n3f.cif.gz	156.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n3f.ent.gz	121.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n3f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n3f_validation.pdf.gz	470.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n3f_full_validation.pdf.gz	472.5 KB	表示
XML形式データ	5n3f_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	5n3f_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/5n3f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/5n3f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mhiC 5n1dC 5n1eC 5n1fC 5n1gC 5n1hC 5n1kC 5n1lC 5n1mC 5n1nC 5n1oC 5n32C 5n36C 5n37C 5n39C 5n3aC 5n3bC 5n3gC 5n3iC 5n3kC 5n3lC 5n3mC 5n3nC 5n3oC 5n3pC 5n3rC 5n3tC 5n7pC 4wihS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6a82-2 3b7n-d 6a83-d 3b7q-1 5zzu-2 2j63-2 6f2b-3 2wm1-d 4for-d 5u84-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein

ヘテロ分子

43.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.765, 72.194, 108.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phosphorylation of S11, S140 and T198 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein 分子量: 1993.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: cAMP dependent protein kinase inhibitor peptide 由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: G3HK48*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-463 / N-[3-(aminomethyl)phenyl]acetamide 分子量: 164.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₂N₂O
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: MES-BIS-TRIS Mega8-Solution DTT EDTA LiCl Methanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月23日 / 詳細: Silicon, active surface
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 53011 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.61 % / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 24.97
反射シェル	解像度: 1.68→1.79 Å / 冗長度: 6.41 % / Mean I/σ(I) obs: 3.76 / Num. unique obs: 8418 / CC_1/2: 0.87 / R_rim(I) all: 0.543 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WIH

4wih

解像度: 1.68→45.575 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.25

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1929	2651	5 %
R_work	0.1724	-	-
obs	0.1734	53003	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→45.575 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2618	0	40	240	2898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	2766
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.355	3757
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.889	1621
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	403
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	492

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6842-1.7149	0.2854	134	0.2483	2554	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7149-1.7478	0.2432	138	0.2109	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7478-1.7835	0.2135	139	0.1908	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7835-1.8223	0.2258	136	0.1783	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8223-1.8647	0.2363	139	0.1779	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8647-1.9113	0.2125	138	0.1639	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9113-1.963	0.2266	138	0.1608	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.963-2.0208	0.2056	139	0.1638	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0208-2.086	0.192	138	0.1567	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.086-2.1605	0.1838	139	0.1477	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1605-2.247	0.1929	138	0.1498	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.247-2.3493	0.1796	140	0.1509	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3493-2.4732	0.1723	140	0.1595	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4732-2.6281	0.1699	138	0.1624	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6281-2.831	0.1773	141	0.1712	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.831-3.1158	0.1967	142	0.1737	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1158-3.5665	0.2124	140	0.1717	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5665-4.4928	0.1659	144	0.1632	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4928-45.5918	0.1977	150	0.203	2832	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9609	-0.5958	-0.6752	1.5925	0.3144	1.2768	-0.4137	-0.1698	-0.3121	0.1412	0.3116	0.3005	0.4498	0.0174	0.1794	0.2302	-0.1306	0.1439	0.1781	-0.0462	0.2444	-12.2731	5.9305	-4.7666
2	0.449	0.0151	-0.2842	0.4997	0.1909	0.2644	0.1408	0.6689	0.014	-0.5042	0.0614	0.8398	0.0498	-0.3568	0.3263	0.2374	-0.0684	-0.1685	0.5073	-0.0028	0.5889	-24.6622	24.2521	-30.0806
3	2.1952	-2.3132	0.3073	4.2633	-0.8778	0.7291	0.5056	0.7551	-0.0981	-1.1847	-0.456	0.3733	0.3241	0.0076	0.0699	0.3677	-0.0109	-0.1163	0.4117	-0.0764	0.2939	-15.5014	13.4002	-30.5136
4	0.4966	-0.2803	-0.3349	1.4146	-0.5447	0.5241	-0.0043	0.1062	0.092	-0.0865	-0.0089	0.2735	0.0028	-0.2453	-0.0001	0.1743	-0.0281	-0.0124	0.2141	-0.0014	0.1745	-10.2018	22.5556	-17.9465
5	0.8696	0.0608	0.1712	1.6965	0.2972	1.3878	0.0055	0.0627	-0.0175	0.0307	-0.0134	-0.1198	0.0451	0.0536	-0.0047	0.1186	-0.0198	-0.0053	0.1191	0.0107	0.1287	3.7953	17.4288	-18.1219
6	0.3846	0.0681	0.2044	0.6058	-0.0998	0.4246	-0.0083	0.1026	0.1733	0.0917	0.0865	0.3119	-0.1034	-0.2264	0.0378	0.2192	-0.0211	0.0258	0.2534	0.0126	0.2481	-12.1789	29.7015	-13.6824
7	2.3784	-0.0357	-0.5858	0.7814	0.3837	0.3471	0.2319	0.2853	0.2555	-0.4617	-0.0982	0.0193	0.464	-0.0444	0.2163	0.3947	0.0136	-0.0505	0.2324	0.0289	0.145	1.1237	22.9757	-31.4084

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 67 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 68 through 97 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 98 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 297 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 298 through 333 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 14 through 25 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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