PDB-5n3b: cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n3b

タイトル

cAMP-dependent Protein Kinase A from Cricetulus griseus in complex with fragment like molecule 2-(pyridin-3-yl)ethanamine

要素

cAMP dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein
cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

キーワード

TRANSFERASE / fragment / complex / serine threonine kinase / cAMP / kinase / PKA

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of protein processing / protein localization to lipid droplet / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / cellular response to cold / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / cAMP-dependent protein kinase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: A crystallographic fragment study with cAMP-dependent protein kinase A
著者: Siefker, C. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2017年2月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月14日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell Item: _reflns.pdbx_Rrim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n3b.cif.gz	220.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n3b.ent.gz	177.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n3b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n3b_validation.pdf.gz	315.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n3b_full_validation.pdf.gz	317.5 KB	表示
XML形式データ	5n3b_validation.xml.gz	18.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/5n3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/5n3b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mhiC 5n1dC 5n1eC 5n1fC 5n1gC 5n1hC 5n1kC 5n1lC 5n1mC 5n1nC 5n1oC 5n32C 5n36C 5n37C 5n39C 5n3aC 5n3fC 5n3gC 5n3iC 5n3kC 5n3lC 5n3mC 5n3nC 5n3oC 5n3pC 5n3rC 5n3tC 5n7pC 4wihS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n1k-d 5n1o-d 1xh4-d 3kkv-d 3agl-1 4xw5-d 4dh3-d 3l9l-2 3l9m-2 6egw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (7) #183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (7) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (3)

登録構造単位

A: cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

B: cAMP dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein

ヘテロ分子

43.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.863, 108.775, 72.668
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha / PKA C-alpha 分子量: 41193.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Phosphorylation of S11, S140, T198 and S339 由来: (組換発現) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 遺伝子: PRKACA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: P25321, cAMP-dependent protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド	cAMP dependent protein kinase inhibitor alpha-like protein 分子量: 1993.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: G3HK48*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-BJN / 2-pyridin-3-ylethylazanium 分子量: 123.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₁N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: MES-BIS-TRIS Mega8-Solution DTT EDTA LiCl Methanol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月13日 / 詳細: Silicon
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 57234 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.66 % / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 18.31
反射シェル	解像度: 1.64→1.74 Å / 冗長度: 6.84 % / Mean I/σ(I) obs: 3.31 / Num. unique obs: 8697 / CC_1/2: 0.88 / R_rim(I) all: 0.574 / % possible all: 93.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WIH

4wih

解像度: 1.64→45.74 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.18

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1901	2862	5 %
R_work	0.1674	-	-
obs	0.1685	57231	98.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.64→45.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2794	0	17	222	3033

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2949
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.955	4018
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.263	1743
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	435
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	524

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6373-1.6655	0.2607	119	0.2272	2269	X-RAY DIFFRACTION	84
1.6655-1.6958	0.234	142	0.2026	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6958-1.7284	0.2015	142	0.1875	2703	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7284-1.7637	0.1885	141	0.1783	2676	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7637-1.8021	0.1933	142	0.1771	2710	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8021-1.844	0.1957	143	0.173	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
1.844-1.8901	0.1815	142	0.1693	2695	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8901-1.9412	0.2009	141	0.1722	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9412-1.9983	0.217	144	0.1623	2733	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9983-2.0628	0.1766	143	0.1686	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0628-2.1366	0.1841	143	0.1603	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1366-2.2221	0.1907	143	0.1532	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2221-2.3232	0.1781	144	0.1487	2741	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3232-2.4457	0.1899	145	0.1549	2744	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4457-2.5989	0.1793	144	0.1543	2744	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5989-2.7996	0.1794	146	0.1596	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7996-3.0812	0.1977	146	0.166	2778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0812-3.527	0.1838	147	0.1686	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.527-4.443	0.1753	149	0.1598	2834	X-RAY DIFFRACTION	100
4.443-45.7576	0.2053	156	0.1844	2956	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5005	-0.0183	-0.6278	0.2332	0.3483	1.0784	-0.1254	0.3461	-0.1702	-0.1162	-0.301	-0.7877	0.0871	-0.2092	-0.6128	0.2371	-0.0976	-0.0928	0.2439	0.058	0.3305	-26.2576	-23.1494	-11.5382
2	0.3475	-0.1227	0.3393	0.8776	-0.753	0.8219	0.096	0.2128	0.5935	0.0912	-0.0283	0.222	-0.8276	-0.8011	0.1891	0.2581	0.149	-0.048	0.6042	-0.0024	0.4624	-37.8699	4.2214	5.2099
3	0.9963	-0.1968	-0.435	0.4558	0.7508	1.4124	0.0872	-0.0108	0.294	-0.1155	-0.1112	0.1043	-0.2054	-0.3737	0.0284	0.1815	0.0454	-0.0131	0.1764	0.0216	0.2593	-29.4115	-1.4446	1.9532
4	0.139	-0.034	-0.0338	0.1249	0.018	0.0122	-0.0132	-0.0055	-0.0161	0.0211	0.011	0.099	0.1797	-0.0531	0.0001	0.202	-0.0173	-0.0232	0.1664	-0.0008	0.1538	-19.3416	-17.0985	1.1618
5	0.9423	-0.1401	0.0094	0.9236	-0.1638	1.3961	-0.0047	0.0227	0.081	-0.0347	0.0011	-0.0659	0.0332	0.1151	0	0.1378	0.006	-0.0091	0.1437	-0.0082	0.1325	-10.7954	-8.9154	-0.7367
6	0.956	-0.2366	-0.5712	0.0895	0.2407	0.8357	0.1031	-0.0137	0.2053	-0.0759	-0.103	0.1171	-0.0541	-0.3155	-0.0227	0.2392	0.0405	-0.0585	0.2395	-0.0086	0.2605	-29.7523	-5.2604	6.5079
7	0.5753	0.0567	-0.4302	0.022	-0.0454	0.2877	0.1854	0.0052	0.4136	-0.3399	-0.0578	0.0799	-0.4115	0.2851	0.0047	0.3798	0.0239	0.0181	0.2662	0.0138	0.2906	-13.5283	4.1454	5.0004

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 140 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 141 through 160 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 161 through 297 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 298 through 350 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 13 through 25 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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