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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5n2r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of stabilized A2A adenosine receptor A2AR-StaR2-bRIL in complex with PSB36 at 2.8A resolution | ||||||
![]() | Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,ADENOSINE RECEPTOR A2A SOLUBLE CYTOCHROME B562 ADENOSINE RECEPTOR A2A,Adenosine receptor A2a | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / G-PROTEIN-COUPLED RECEPTOR / INTEGRAL THERMOSTABILIZING MUTATIONS | ||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / response to purine-containing compound / sensory perception / positive regulation of urine volume / NGF-independant TRKA activation / Surfactant metabolism / synaptic transmission, dopaminergic / : / inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of vascular permeability / synaptic transmission, cholinergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / positive regulation of glutamate secretion / blood circulation / response to caffeine / intermediate filament / eating behavior / presynaptic active zone / alpha-actinin binding / membrane depolarization / regulation of calcium ion transport / asymmetric synapse / axolemma / : / cellular defense response / prepulse inhibition / phagocytosis / response to amphetamine / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / neuron projection morphogenesis / regulation of mitochondrial membrane potential / synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of long-term synaptic potentiation / locomotory behavior / central nervous system development / astrocyte activation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / positive regulation of protein secretion / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / positive regulation of apoptotic signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / postsynaptic membrane / negative regulation of neuron apoptotic process / periplasmic space / electron transfer activity / calmodulin binding / response to xenobiotic stimulus / inflammatory response / iron ion binding / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / glutamatergic synapse / lipid binding / apoptotic process / dendrite / heme binding / protein-containing complex binding / regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cheng, R.K.Y. / Segala, E. / Robertson, N. / Deflorian, F. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Fiez-Vandal, C. / Marshall, F.H. / Cooke, R.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Human A1 and A2A Adenosine Receptors with Xanthines Reveal Determinants of Selectivity. 著者: Cheng, R.K.Y. / Segala, E. / Robertson, N. / Deflorian, F. / Dore, A.S. / Errey, J.C. / Fiez-Vandal, C. / Marshall, F.H. / Cooke, R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 149 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 47996.746 Da / 分子数: 1 変異: A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, M1007W, L235A, V239A, S277A, G318A,A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, M1007W, L235A, V239A, S277A, G318A,A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, ...変異: A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, M1007W, L235A, V239A, S277A, G318A,A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, M1007W, L235A, V239A, S277A, G318A,A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, M1007W, L235A, V239A, S277A, G318A,A54L, T88A, R107A, K122A, N154A, L202A, M1007W, L235A, V239A, S277A, G318A 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC, ADORA2A / プラスミド: PFAST-BAC / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 69分子 ![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/8JN.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
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![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/TAR.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-8JN / | ||||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-OLA / #6: 化合物 | ChemComp-OLC / ( #7: 化合物 | ChemComp-TAR / | #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 % / 解説: RECTANGULAR |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.5 詳細: 0.1M MES PH 5.5, 0.2M K/NA TARTRATE, 27.5-40% PEG400, 0.5-1% (V/V) (+/-)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月14日 / 詳細: (DOUBLE) KB MIRROR PAIR |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE SI (111) CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96862 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→90.38 Å / Num. obs: 12834 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 8.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.143 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1807 / CC1/2: 0.611 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→38.36 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.68
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→38.36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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