PDB-5n2b: The crystal structure of Burkholderia pseudomallei antigen and ty...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n2b

タイトル

The crystal structure of Burkholderia pseudomallei antigen and type I fimbria protein BPSL1626.

要素

Putative fimbrial subunit type 1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / melioidosis / antigen / fimbrial subunit / incomplete immunoglobulin-like fold

機能・相同性

Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / Adhesion domain superfamily / pilus / Fimbrial subunit type 1

機能・相同性情報

生物種

Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gourlay, L.J. / Bolognesi, M.

資金援助

イタリア, 1件

引用

ジャーナル: Antibodies / 年: 2018
タイトル: BPSL1626: Reverse and Structural Vaccinology Reveal a Novel Candidate for Vaccine Design againstBurkholderia pseudomallei.
著者: Capelli, R. / Peri, C. / Villa, R. / Nithichanon, A. / Conchillo-Sole, O. / Yero, D. / Gagni, P. / Chiari, M. / Lertmemongkolchai, G. / Cretich, M. / Daura, X. / Bolognesi, M. / Colombo, G. / Gourlay, L.J.

履歴

登録	2017年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年12月12日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年10月2日	Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n2b.cif.gz	119.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n2b.ent.gz	93.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n2b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5n2b_validation.pdf.gz	459.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5n2b_full_validation.pdf.gz	460.9 KB	表示
XML形式データ	5n2b_validation.xml.gz	13.5 KB	表示
CIF形式データ	5n2b_validation.cif.gz	17.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/5n2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/5n2b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5yj3-d 1ais-d 1qup-d 3p42-6 2p4w-d 5ita-d 5v58-d 4z32-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative fimbrial subunit type 1

B: Putative fimbrial subunit type 1

ヘテロ分子

37.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.866, 102.237, 72.435
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Putative fimbrial subunit type 1 分子量: 18597.463 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌) 株: K96243 / 遺伝子: BPSL1626 / プラスミド: pET151-D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Star / 参照: UniProt: Q63UH6
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: PACT Premier (Molecular Dimensions) condition I-9 (25% PEG 6000, 0.1M lithium chloride, 0.1M sodium acetate pH 5.0). Solution supplemented with 30% ethylene glycol as cryoprotectant.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 27236 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.041 / R_pim(I) all: 0.016 / Net I/σ(I): 31.6
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique obs: 3930 / CC_1/2: 0.938 / R_pim(I) all: 0.188 / R_sym value: 0.479 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→40 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.6

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2373	1351	4.96 %
R_work	0.2094	-	-
obs	0.2107	27214	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1951	0	44	98	2093

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	2017
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.493	2737
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.861	1152
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	355
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	346

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9679	0.3465	125	0.2681	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-2.0467	0.3025	130	0.2479	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.1398	0.2677	153	0.2339	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1398-2.2526	0.2594	141	0.2324	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2526-2.3937	0.2864	123	0.2295	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3937-2.5785	0.2504	134	0.2237	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5785-2.8378	0.2544	116	0.2252	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8378-3.2482	0.2284	155	0.2177	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2482-4.0913	0.236	130	0.1953	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0913-34.1717	0.1984	144	0.1817	2704	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0382	-1.8414	0.2524	1.9914	-0.3801	1.3222	0.1977	0.1591	0.3387	0.1776	-0.0028	-0.0084	-0.094	-0.1322	-0.1392	0.2562	0.0589	-0.0466	0.2333	-0.0663	0.3215	-19.4684	-6.2646	14.5412
2	3.337	-1.8268	2.8231	2.3972	-1.3316	2.6021	0.3637	2.0773	0.4346	-0.2549	-0.6142	-0.8605	-0.3372	0.8225	0.249	0.3703	0.0743	-0.0188	0.6357	0.0376	0.5444	8.8064	-9.8592	9.8999
3	7.7062	5.1022	3.6049	3.4113	2.7175	3.1101	0.2098	-0.0906	-0.0548	-0.2932	-0.3613	-0.3206	-0.1925	0.1813	0.1409	0.3038	0.0819	-0.0353	0.3345	0.0534	0.3283	6.0588	-12.8981	13.4013
4	9.6488	1.7577	1.6291	8.7567	1.8584	8.0467	-0.0189	-0.8053	0.8531	0.897	-0.1872	1.3083	-0.1355	-0.4902	0.2149	0.3973	0.1091	0.0692	0.4314	0.0662	0.4913	-23.5301	-11.6373	23.5992
5	7.3799	0.3554	-2.9022	3.2763	-0.6279	2.6084	0.0919	0.0814	-0.1297	-0.036	-0.0596	0.4324	0.2062	-0.0805	-0.0433	0.3038	0.0723	-0.0834	0.2255	-0.0118	0.2296	-18.1677	-16.3457	10.4364
6	4.5477	0.0622	-3.1283	2.2249	0.5873	5.1297	0.1849	-0.2232	-0.1054	0.207	-0.0065	0.3661	-0.055	0.0116	-0.1138	0.2365	0.0903	-0.0219	0.3162	0.0562	0.2503	-14.6994	-16.6273	16.9956
7	9.4297	-1.925	-2.6222	2.9712	0.8667	2.9539	0.0742	0.208	0.5956	-0.1206	-0.0027	0.1178	0.2732	-0.011	-0.0316	0.2396	0.0729	-0.0506	0.2138	0.0505	0.1273	-12.8497	-11.9646	8.4218
8	-0.0214	0.0715	0.5146	0.6278	0.9597	2.2977	-0.2194	0.0582	0.331	-0.3115	-0.0328	-0.5536	-0.5695	-0.5546	0.3322	0.3826	0.0434	-0.008	0.4055	-0.1302	0.7522	-42.4297	2.8957	-3.8235
9	1.91	2.2303	-1.4257	7.1545	-1.0005	3.5585	0.2135	-0.263	0.0595	0.6615	-0.303	-0.0927	0.0747	0.2833	0.0433	0.235	-0.071	-0.0525	0.3003	-0.0421	0.3077	-32.3017	-13.1461	-6.3445
10	3.144	2.7327	-0.9129	2.4129	-1.7793	5.499	0.1393	0.0079	0.4704	-0.1232	0.2277	0.8197	0.4028	-0.3741	-0.2409	0.1979	-0.0472	-0.0262	0.2503	-0.0573	0.3411	-36.8905	-12.407	-10.2564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 74 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 75 through 91 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 92 through 144 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 145 through 155 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 156 through 175 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 28 through 57 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 58 through 155 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 156 through 175 )

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