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- PDB-5n10: Cucurbit[8]uril and 14-3-3 based binary bivalent supramolecular-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n10
タイトルCucurbit[8]uril and 14-3-3 based binary bivalent supramolecular-protein assembly platform
要素
  • (14-3-3 protein ...) x 2
  • Estrogen receptor
キーワードTRANSCRIPTION / supramolecular complex / scaffold protein / host-guest
機能・相同性
機能・相同性情報


Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / MTOR signalling / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / Signaling by Hippo / vacuolar membrane / regulation of epithelial cell apoptotic process ...Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / MTOR signalling / ARMS-mediated activation / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Rap1 signalling / Signaling by Hippo / vacuolar membrane / regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / Frs2-mediated activation / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / negative regulation of protein import into nucleus / protein phosphatase inhibitor activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / protein kinase inhibitor activity / mammary gland branching involved in pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / vagina development / mTORC1-mediated signalling / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / Regulation of localization of FOXO transcription factors / phosphoserine residue binding / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / protein targeting / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / transcription repressor complex / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / negative regulation of miRNA transcription / protein sequestering activity / ESR-mediated signaling / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / stem cell differentiation / phosphoprotein binding / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / euchromatin / MAP2K and MAPK activation / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / Negative regulation of MAPK pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / histone deacetylase binding / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of fibroblast proliferation / Signaling by RAF1 mutants / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / melanosome / intracellular protein localization / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site ...14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cucurbit[8]uril / Estrogen receptor / 14-3-3 protein beta/alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者de Vink, P.J. / Ottmann, C.
資金援助 オランダ, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Netherlands Organization for Scientific Research024.001.035 オランダ
Netherlands Organization for Scientific Research016.150.366 オランダ
German Research FoundationCRC1093 ドイツ
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2017
タイトル: A Binary Bivalent Supramolecular Assembly Platform Based on Cucurbit[8]uril and Dimeric Adapter Protein 14-3-3.
著者: de Vink, P.J. / Briels, J.M. / Schrader, T. / Milroy, L.G. / Brunsveld, L. / Ottmann, C.
履歴
登録2017年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年8月2日Group: Atomic model / Database references / カテゴリ: atom_site / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 2.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: Estrogen receptor
A: 14-3-3 protein beta/alpha
B: 14-3-3 protein beta/alpha
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5207
ポリマ－61,0995
非ポリマー1,4212
水9,944552
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area24990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.807, 57.571, 93.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.64, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質・ペプチド , 1種, 3分子 FCD

#1: タンパク質・ペプチド Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 1532.544 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 584-595 / 変異: T593TPO / 由来タイプ: 合成
詳細: peptide derived from Estrogen receptor alpha modified with a FGG tag
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03372

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14-3-3 protein ... , 2種, 2分子 AB

#2: タンパク質 14-3-3 protein beta/alpha / Protein 1054 / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 28114.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31946
#3: タンパク質 14-3-3 protein beta/alpha / Protein 1054 / Protein kinase C inhibitor protein 1 / KCIP-1


分子量: 28386.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: MTMDKSELVQ KAKLAEQAER YDDMAAAMKA VTEQGHELSN EERNLLSVAY KNVVGARRSS WRVISSIEQK TERNEKKQQM GKEYREKIEA ELQDICNDVL ELLDKYLIPN ATQPESKVFY LKMKGDYFRY LSEVASGDNK QTTVSNSQQA YQEAFEISKK EMQPTHPIRL ...詳細: MTMDKSELVQ KAKLAEQAER YDDMAAAMKA VTEQGHELSN EERNLLSVAY KNVVGARRSS WRVISSIEQK TERNEKKQQM GKEYREKIEA ELQDICNDVL ELLDKYLIPN ATQPESKVFY LKMKGDYFRY LSEVASGDNK QTTVSNSQQA YQEAFEISKK EMQPTHPIRL GLALNFSVFY YEILNSPEKA CSLAKTAFDE AIAELDTLNE ESYKDSTLIM QLLRDNLTLW TSENQGDEGD AGEGEN
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YWHAB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31946

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非ポリマー , 3種, 554分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-C8L / Cucurbit[8]uril / 49,72:51,52:54,55:57,58:60,61:63,64:66,67:69,70-オクタキスメチレン-4(以下略)


分子量: 1329.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C48H48N32O16
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 552 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.76 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: PEG 1500, sodium citrate / Temp details: coolroom

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97798 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→66.14 Å / Num. obs: 92397 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 13.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BQ0

2bq0


解像度: 1.6→50.322 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1935 1922 2.08 %
Rwork0.1696 --
obs0.1701 92384 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→50.322 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3930 0 102 552 4584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0114480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1826142
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6161819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048654
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011873
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.32721410.2846372X-RAY DIFFRACTION99
1.64-1.68440.27481340.26286419X-RAY DIFFRACTION99
1.6844-1.73390.29081210.246411X-RAY DIFFRACTION99
1.7339-1.78990.26311470.22926361X-RAY DIFFRACTION99
1.7899-1.85390.23341530.20896437X-RAY DIFFRACTION99
1.8539-1.92810.24211270.19836417X-RAY DIFFRACTION99
1.9281-2.01590.22771550.18096412X-RAY DIFFRACTION100
2.0159-2.12210.18481340.16936480X-RAY DIFFRACTION100
2.1221-2.25510.17441310.16076429X-RAY DIFFRACTION100
2.2551-2.42920.19191340.15956520X-RAY DIFFRACTION100
2.4292-2.67370.1971260.16396500X-RAY DIFFRACTION100
2.6737-3.06050.19151320.16866518X-RAY DIFFRACTION100
3.0605-3.85570.18811360.166531X-RAY DIFFRACTION100
3.8557-50.34660.16251510.15116655X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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