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- PDB-5n06: Crystal structure of Tie1 Fibronectin-like domain 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n06
タイトルCrystal structure of Tie1 Fibronectin-like domain 3
要素Tyrosine-protein kinase receptor Tie-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / receptor / fibronectin-like domains / heterodimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


branching involved in lymph vessel morphogenesis / plasma membrane fusion / lymphatic endothelial cell differentiation / regulation of endothelial cell proliferation / regulation of extracellular matrix assembly / tissue remodeling / multicellular organism development / positive regulation of kinase activity / aortic valve morphogenesis / plasma membrane => GO:0005886 ...branching involved in lymph vessel morphogenesis / plasma membrane fusion / lymphatic endothelial cell differentiation / regulation of endothelial cell proliferation / regulation of extracellular matrix assembly / tissue remodeling / multicellular organism development / positive regulation of kinase activity / aortic valve morphogenesis / plasma membrane => GO:0005886 / mesoderm development / vasculogenesis / response to retinoic acid / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / negative regulation of angiogenesis / negative regulation of cell migration / receptor protein-tyrosine kinase / positive regulation of angiogenesis / angiogenesis / in utero embryonic development / receptor complex / signal transduction / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. ...Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type III domain / EGF-like domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase receptor Tie-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.501 Å
データ登録者Leppanen, V.-M. / Saharinen, P. / Alitalo, K.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of Tie2 activation and Tie2/Tie1 heterodimerization.
著者: Leppanen, V.M. / Saharinen, P. / Alitalo, K.
履歴
登録2017年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase receptor Tie-1
B: Tyrosine-protein kinase receptor Tie-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1342
ポリマ－28,1342
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area10010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.054, 54.054, 107.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase receptor Tie-1


分子量: 14066.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence includes N-terminal Mellitin signal peptide, cloning artefect (ADP) and C-terminal His-tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIE1, TIE
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P35590, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: Hexagonal rods
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris buffer at pH 8.0 - 9.0 and 18-24% PEG 8000 (w/v)
PH範囲: 8.0 - 9.0 / Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Liguid nitrogen cooling system
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97895 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月2日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97895 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 6161 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 79.9 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 951 / Rsym value: 0.935 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Tie2 Fn3 domain

解像度: 2.501→28.416 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 33.97
詳細: Maximum likelihood refinement of XYZ coordinates, TLS parameters and individual B-factors. Twin law: k, h, -l. Twin fraction 0.510.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3151 370 6.01 %Random selection
Rwork0.2435 ---
obs0.2489 6161 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 107.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.501→28.416 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1339 0 0 73 1412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7871889
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.656471
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028221
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5022-2.8640.32691230.32111924X-RAY DIFFRACTION94
2.864-3.60720.34021230.28261918X-RAY DIFFRACTION94
3.6072-28.41740.30621240.21891939X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0925-0.33064.95367.74970.58652.0736-1.2161-0.0317-1.7636-0.07240.99910.09321.29132.8104-0.01970.92310.31130.11871.6295-0.1361.09148.2116-19.0932.543
24.9125-1.7980.81113.17810.67743.37360.77071.2248-1.91760.82070.65781.3730.2194-0.3429-0.64380.8911.40731.06882.130.61881.6832-6.5935-18.2148-5.7205
32.07241.4377.0832.0434-2.7372.01431.9042-0.5914-0.9720.6187-0.41540.4520.3491-0.7413-1.51570.6455-0.00660.05331.0919-0.03420.57510.0604-12.78044.0302
44.88491.3963-2.5693.84784.69349.83521.1129-1.6351-0.76590.26421.4578-1.0382-0.3807-1.8986-2.33750.66710.0214-0.00120.98440.21351.03272.8949-10.339911.0151
54.7469-1.9371-3.19017.25712.06442.0155-0.2390.09210.6035-0.38361.6507-1.1351-0.827-0.2518-1.46140.625-0.2020.04050.999300.73134.3904-13.0099-4.391
62.2893-5.19045.62265.2362-2.5967.0201-1.7618-0.46320.76061.54361.1314-0.2964-1.39120.5410.6230.91720.1561-0.06721.00980.04610.64252.4028-12.95776.3958
70.7175-1.82011.15382.04240.65363.8070.0049-0.51990.119-0.39060.01071.8418-1.46840.5862-0.17771.30220.13660.02190.94810.11141.1695-14.999515.3818-9.24
83.7343-1.59130.63088.07165.5738.05870.19810.42890.7168-0.7536-0.43681.2125-1.983-0.10980.26991.01410.1192-0.22870.70440.00891.0415-17.375313.2731-2.0007
92.01936.53254.01612.1165-6.30337.88592.79942.05411.4762-2.4577-0.2952-0.7293-0.89423.0441-1.8281.46-0.03470.62171.373-0.22041.1551-5.861820.193-4.0448
109.32081.466-2.89226.2972-2.82824.7671.42110.63280.23220.7259-0.57882.3172-1.4747-1.274-0.54740.92970.20310.2060.8309-0.02230.8277-18.98253.45334.7733
112.0211-1.23821.9042.0321-6.62732.02480.0271.62111.3974-0.84390.34872.4698-1.27750.2569-0.05551.2181-0.1167-0.07720.96580.3011.0857-10.8496.6669-6.4084
124.10420.2599-0.15783.13550.25720.87550.2591.31780.69950.60820.51970.0352-0.3049-0.4081-0.76671.28640.77710.3511.74180.2941.0114-6.83526.438-8.9623
134.80750.2698-1.28327.0422-0.63762.71011.5438-1.62371.02781.32-1.0343-0.293-0.23290.8166-0.42811.6938-0.2833-0.13790.9415-0.30661.0356-8.51429.78863.4782
141.9559-3.6632-1.06151.74850.8530.51071.34722.21412.4114-0.60652.13371.435-2.43360.0483-2.65373.1027-1.4744-0.38862.78610.52340.9735-4.690219.0911-13.1438
153.7329-0.33890.82822.93590.87230.5172-1.30591.34540.9099-0.5544-0.1807-0.5494-0.6977-0.55331.21062.34550.2299-0.0080.7479-0.15310.463-14.54987.6024-6.924
163.2218-0.43720.38365.6641.32380.44231.1213-0.829-1.4575-0.0414-1.53780.02950.42831.04670.15710.79030.3272-0.01952.02190.42760.92740.2692-17.67627.0749
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 644 through 663 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 664 through 675 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 676 through 681 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 682 through 695 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 696 through 705 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 706 through 726 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 727 through 738 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 644 through 655 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 656 through 663 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 664 through 675 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 676 through 682 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 683 through 695 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 696 through 705 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 706 through 714 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 715 through 721 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 722 through 737 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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