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- PDB-5mzv: IL-23:IL-23R:Nb22E11 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mzv
タイトルIL-23:IL-23R:Nb22E11 complex
要素
  • (Interleukin-23 ...) x 2
  • Interleukin-12 subunit beta
  • Nanobody 22E11
キーワードCYTOKINE / inflammation / extracellular / fibronectin type III
機能・相同性
機能・相同性情報


prolactin receptor activity / late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target ...prolactin receptor activity / late endosome lumen / interleukin-23 receptor binding / interleukin-12 alpha subunit binding / interleukin-12 complex / interleukin-23 complex / natural killer cell activation involved in immune response / negative regulation of vascular endothelial growth factor signaling pathway / positive regulation of natural killer cell activation / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / positive regulation of lymphocyte proliferation / positive regulation of tissue remodeling / tissue remodeling / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / positive regulation of NK T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / sexual reproduction / positive regulation of mononuclear cell proliferation / interleukin-12 receptor binding / interleukin-23 receptor complex / T-helper cell differentiation / positive regulation of memory T cell differentiation / interleukin-23-mediated signaling pathway / Interleukin-23 signaling / positive regulation of T-helper 17 type immune response / interleukin-12-mediated signaling pathway / positive regulation of NK T cell proliferation / positive regulation of osteoclast differentiation / negative regulation of interleukin-17 production / Interleukin-12 signaling / cytokine receptor activity / cell surface receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of neutrophil chemotaxis / natural killer cell activation / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / response to UV-B / T-helper 1 type immune response / negative regulation of interleukin-10 production / defense response to protozoan / cytokine binding / Interleukin-10 signaling / positive regulation of activated T cell proliferation / positive regulation of natural killer cell proliferation / positive regulation of interleukin-17 production / peptide hormone binding / positive regulation of interleukin-10 production / negative regulation of protein secretion / response to type II interferon / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / T cell proliferation / positive regulation of defense response to virus by host / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / regulation of cytokine production / positive regulation of cell adhesion / cytokine activity / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to type II interferon / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell migration / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / defense response to Gram-negative bacterium / defense response to virus / receptor complex / endoplasmic reticulum lumen / inflammatory response / protein heterodimerization activity / innate immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / : / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 ...Interleukin-23 alpha / Interleukin 23 subunit alpha / : / Interleukin-12 beta / Interleukin-12 beta, central domain / : / Cytokine interleukin-12p40 C-terminus / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-12 subunit beta / Interleukin-23 receptor / Interleukin-23 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
VLAIO ベルギー
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Structural Activation of Pro-inflammatory Human Cytokine IL-23 by Cognate IL-23 Receptor Enables Recruitment of the Shared Receptor IL-12R beta 1.
著者: Bloch, Y. / Bouchareychas, L. / Merceron, R. / Skladanowska, K. / Van den Bossche, L. / Detry, S. / Govindarajan, S. / Elewaut, D. / Haerynck, F. / Dullaers, M. / Adamopoulos, I.E. / Savvides, S.N.
履歴
登録2017年2月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32018年2月7日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.details
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-12 subunit beta
B: Interleukin-23 subunit alpha
C: Interleukin-23 receptor
D: Nanobody 22E11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,95615
ポリマ－114,2894
非ポリマー3,66711
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10750 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area44980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.219, 112.190, 109.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.24, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
Interleukin-23 ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 Interleukin-23 subunit alpha / IL-23-A / Interleukin-23 subunit p19 / IL-23p19


分子量: 21865.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The native secretion signal is likely cleaved off between residues 27 and 28
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL23A, SGRF, UNQ2498/PRO5798 / プラスミド: pCDNA4TO / 詳細 (発現宿主): stable transfection / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT1-/- TetR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NPF7
#3: タンパク質 Interleukin-23 receptor / IL-23R


分子量: 38377.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The native secretion signal is likely cleaved off between residues 23 and 24
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL23R / プラスミド: pCDNA4TO / 詳細 (発現宿主): stable transfection / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT1-/- TetR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5VWK5

-
抗体 , 2種, 2分子 AD

#1: 抗体 Interleukin-12 subunit beta / IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK ...IL-12B / Cytotoxic lymphocyte maturation factor 40 kDa subunit / CLMF p40 / IL-12 subunit p40 / NK cell stimulatory factor chain 2 / NKSF2


分子量: 37212.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The native secretion signal is likely cleaved off between residues 22 and 23
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL12B, NKSF2 / プラスミド: pCDNA4TO / 詳細 (発現宿主): stable transfection / 細胞株 (発現宿主): HEK293S MGAT1-/- TetR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29460
#4: 抗体 Nanobody 22E11


分子量: 16832.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The PelB secretion signal is likely cleaved off between residues -1 and 1
由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pMECS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): WK6

-
糖 , 4種, 7分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-3DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1_f3-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 79分子

#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.66 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris, 11 % (w/v) PEG8000
Temp details: Molecular Dimensions Cooled crystallization incubator

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→79 Å / Num. obs: 38061 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.45 % / Biso Wilson estimate: 72.2 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 12.45
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.53 % / Mean I/σ(I) obs: 2.71 / Num. unique obs: 2797 / CC1/2: 0.565 / Rrim(I) all: 0.547 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2614: ???)精密化
BUSTER精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: hybrid model of IL23 from 4OE8 in complex with nanobody 22E11 from 4GRW

4oe8
PDB 未公開エントリ

4grw


解像度: 2.8→76.851 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.72
詳細: Early refinement done against anisotropy corrected data.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2504 1594 4.19 %Phenix reflection tool editor
Rwork0.2121 ---
obs0.2137 38058 98.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 84.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→76.851 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6786 0 238 75 7099
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037239
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6359875
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.8914320
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441129
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031226
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.89040.31541390.31973304X-RAY DIFFRACTION99
2.8904-2.99370.35511380.30813300X-RAY DIFFRACTION99
2.9937-3.11360.34751480.30073321X-RAY DIFFRACTION99
3.1136-3.25530.29211420.26653308X-RAY DIFFRACTION99
3.2553-3.42690.26691420.23813318X-RAY DIFFRACTION98
3.4269-3.64160.27481450.22973314X-RAY DIFFRACTION99
3.6416-3.92280.27611460.21973294X-RAY DIFFRACTION98
3.9228-4.31750.21241460.18893301X-RAY DIFFRACTION98
4.3175-4.94210.21031460.16493296X-RAY DIFFRACTION98
4.9421-6.22620.21591540.17963370X-RAY DIFFRACTION99
6.2262-76.850.24321480.2033338X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.008800.00380.00740.00430.006-0.02240.02-0.05210.0154-0.05220.01910.00550.006501.58030.224-0.05641.2761-0.00820.8103-39.5035-10.11124.7001
20.01170.00980.00520.01730.02260.027-0.02360.0810.16070.01730.1503-0.12760.07640.122301.19930.19330.15791.42170.07620.8056-29.0534-0.82088.1418
30.0027-0.0081-0.0020.01250.00510.00470.08780.1047-0.15190.01830.0893-0.06290.01960.0511-01.54080.4486-0.01671.2402-0.00831.0486-31.3681-16.434211.2145
40.0169-0.0025-0.0132-0.0008-0.00360.01450.01690.0267-0.0847-0.12130.0172-0.1693-0.0373-0.0046-00.96540.27250.05090.94110.11290.5815-34.0954-6.614515.195
50.1548-0.0683-0.02070.1031-0.02760.21330.10280.09730.2035-0.1026-0.0669-0.18850.15590.14940.00120.4424-0.03740.04220.4790.04840.7811-46.935822.840951.4194
60.4571-0.0562-0.00610.02540.0260.09550.10140.15770.3624-0.1668-0.0718-0.06720.09120.00170.12540.67250.13660.01490.47120.21860.216-54.48175.113618.9276
70.10820.0159-0.06850.086-0.03940.0790.0702-0.09470.00930.0982-0.03060.1069-0.0518-0.02810.05330.4673-0.048-0.03620.51270.07670.6891-66.403711.320262.2357
80.00590.00080.00120.0017-0.00040.0019-0.0028-0.0202-0.0060.01710.0281-0.038-0.03890.0549-00.8269-0.1421-0.00740.94690.1240.9604-57.59698.470471.7201
90.0969-0.0271-0.02580.06710.01010.02620.0358-0.0221-0.1493-0.07280.02-0.10.0025-0.128100.4955-0.07120.0270.4670.08690.6359-66.482511.974364.3877
100.0518-0.0136-0.02330.01720.01690.01780.0382-0.037-0.0220.11760.0494-0.1575-0.04450.189-00.61680.05230.03790.62020.07480.9143-24.4923-16.091844.5425
110.0678-0.01950.01110.0246-0.01060.0553-0.0115-0.0791-0.08050.0614-0.02410.3686-0.20630.191600.63160.0123-0.03480.52280.05750.7108-31.7217-10.925548.0675
120.0113-0.0106-0.02340.01020.01350.03230.1851-0.02230.0111-0.10910.05510.0298-0.16690.0299-00.48870.06030.04950.40080.0220.6164-32.5235-8.251238.613
130.044-0.01910.03040.0490.05030.11030.18250.04470.1105-0.1531-0.1081-0.1143-0.10250.0837-00.53370.05970.00180.73030.13050.7413-0.1285-37.416932.9664
140.0205-0.0341-0.00460.05270.00750-0.116-0.05540.1047-0.15090.0548-0.070.3385-0.0137-01.11780.0286-0.0171.067-0.03290.5276-5.4168-65.436718.2658
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 28 :48 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 67 :110 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 111:137 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 151:188 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 23 through 127 )
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'A' and resid 128:327)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 61)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 62 through 69 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 70 through 123 )
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'C' and resid 24 through 47 ) or (chain 'C' and resid 410:411)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain 'C' and resid 48 through 95 )
12X-RAY DIFFRACTION12(chain 'C' and (resid 96 through 123 )) or (chain 'B' and resid 54:60)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain 'C' and resid 124 through 213 )
14X-RAY DIFFRACTION14(chain 'C' and resid 214 through 316 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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