PDB-5mz4: Crystal Structure of full-lengh CSFV NS3/4A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mz4

タイトル

Crystal Structure of full-lengh CSFV NS3/4A

要素

Genome polyprotein,Genome polyprotein

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) /

Flaviviridae (フラビウイルス科) / NS3/NS4A / Protease/Helicase

機能・相同性

機能・相同性情報

pestivirus NS3 polyprotein peptidase / serine-type exopeptidase activity /

ribonuclease T2 activity / : / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / host cell surface / host cell cytoplasm ...
類似検索 - 分子機能

Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain A / Pestivirus envelope glycoprotein E2, domain B /

Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus nonstructural protein 2 / Pestivirus NS2, peptidase C74 /

Capsid protein C, pestivirus / Pestivirus NS2 peptidase / Pestivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Pestivirus NS3, peptidase S31 / Pestivirus envelope glycoprotein E2 ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Classical swine fever virus (豚コレラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.048 Å

データ登録者

Tortorici, M.A. / Rey, F.A.

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: A positive-strand RNA virus uses alternative protein-protein interactions within a viral protease/cofactor complex to switch between RNA replication and virion morphogenesis.
著者: Dubrau, D. / Tortorici, M.A. / Rey, F.A. / Tautz, N.

履歴

登録	2017年1月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え	2017年2月15日	ID: 5LKL
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mz4.cif.gz	554.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mz4.ent.gz	458.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mz4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/5mz4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/5mz4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cu1S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5gug-2 5gn1-d 5iw1-d 3c6q-d 5gug-1 20220 4eah-1 5x9z-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Genome polyprotein,Genome polyprotein

B: Genome polyprotein,Genome polyprotein

167 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	127.211, 168.839, 98.495
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Genome polyprotein,Genome polyprotein 分子量: 83669.328 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2293-2329,UNP residues 1590-2280 / 変異: S163A,S163A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Classical swine fever virus (strain Alfort) (豚熱) 株: Alfort / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P19712, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, pestivirus NS3 polyprotein peptidase, nucleoside-triphosphate ...参照: UniProt: P19712, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, pestivirus NS3 polyprotein peptidase, nucleoside-triphosphate phosphatase, ヘリカーゼ, RNA依存性RNAポリメラーゼ
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Genome polyprotein,Genome polyprotein

分子量: 83669.328 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 2293-2329,UNP residues 1590-2280 / 変異: S163A,S163A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Classical swine fever virus (strain Alfort) (豚熱)
株: Alfort / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P19712, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, pestivirus NS3 polyprotein peptidase, nucleoside-triphosphate ...

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.07 % / 解説: Two molecules in the asymmetric unit
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 詳細: 12% PEG 3350 250 mM Tri-sodium citrate 100 mM 2-aminoethanesulfonic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.95367 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95367 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.05→38.95 Å / Num. obs: 40242 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 15.2
反射シェル	解像度: 3.05→3.21 Å / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 5483 / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: homology model based on 1CU1

1cu1

解像度: 3.048→38.948 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.06

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2327	1975	4.91 %
R_work	0.1934	-	-
obs	0.1954	40185	97.51 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.048→38.948 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10788	0	0	10	10798

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	10992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.713	14864
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.288	6682
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1670
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1920

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0482-3.1244	0.3527	56	0.3219	2371	X-RAY DIFFRACTION	84
3.1244-3.2089	0.3251	195	0.2863	2664	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2089-3.3032	0.294	61	0.2722	2808	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3032-3.4098	0.3148	178	0.2447	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4098-3.5316	0.2682	203	0.2194	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5316-3.6729	0.2785	6	0.2085	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6729-3.8399	0.2826	194	0.1951	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8399-4.0422	0.2134	144	0.1788	2746	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0422-4.2951	0.1914	158	0.1704	2765	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2951-4.6263	0.1926	141	0.1489	2772	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6263-5.0909	0.1993	208	0.154	2716	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0909-5.8255	0.2019	159	0.1763	2770	X-RAY DIFFRACTION	98
5.8255-7.3315	0.2291	106	0.1976	2830	X-RAY DIFFRACTION	98
7.3315-38.9508	0.228	166	0.1844	2767	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9875	-0.1182	1.0302	3.8783	1.6221	3.5523	-0.0595	0.7338	-0.0161	-0.2552	-0.0722	0.3757	0.1377	-0.6063	0.1666	0.413	-0.1605	0.04	0.9494	0.0031	0.413	-45.9709	29.2355	-12.1019
2	2.948	-1.178	1.3655	4.0717	-1.3539	3.1045	-0.035	-0.441	-0.2864	1.6029	0.0193	-0.4595	0.0292	0.4302	-0.0499	1.2859	-0.2028	-0.2227	0.8025	-0.0445	0.7526	-33.597	-1.16	32.4804
3	5.7056	0.5356	0.6661	4.8909	0.9938	5.0352	0.0341	-0.296	0.2452	0.3091	0.2367	-0.4357	-0.1348	0.6797	-0.2282	0.321	-0.076	0.0049	0.5131	-0.0774	0.3805	-18.4962	42.7601	17.4044
4	1.9877	0.1879	0.5389	1.6065	-0.1662	1.2534	-0.0634	0.1271	0.1804	-0.0148	0.1351	0.3463	-0.1001	-0.3027	-0.0522	0.3927	-0.0418	0.0294	0.4924	0.1159	0.5657	-82.4358	8.2816	5.8147
5	6.4865	-0.2849	-2.2093	3.4601	2.0532	7.7864	-0.329	-0.5546	0.2746	1.7361	-0.2778	-0.3717	-0.8185	0.7641	0.3669	1.4606	-0.0191	-0.3495	0.806	-0.0495	0.7535	-34.3374	35.8004	49.891
6	5.355	-2.0529	0.1503	3.5673	-3.9248	6.3457	0.4663	-0.0635	-0.2349	-0.0925	-0.0978	0.5611	0.6256	-0.3937	-0.3448	1.1557	-0.3874	-0.1634	1.0776	-0.1404	0.7314	-32.9066	2.6782	-30.891
7	4.8618	0.3879	-2.1694	1.0809	-0.3412	3.2718	-0.1289	0.4729	-0.2243	-0.1163	0.1263	-0.1998	0.3468	-0.0834	-0.0115	0.3772	-0.0773	0.0121	0.4443	-0.1316	0.4503	-14.7891	24.2889	-10.5552
8	5.3384	-1.8648	-0.933	2.5862	0.6307	2.5088	-0.0902	-0.0252	0.1734	0.1391	-0.042	-0.0196	0.0168	-0.2372	0.1135	0.321	-0.1113	-0.0407	0.4528	0.0105	0.329	-49.8241	37.5494	20.3757

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 244:399)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and (resid 1:236 or resid 724:731)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain B and (resid 247:392)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and (resid 1:236 or resid 724:731)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain B and (resid 407:512 or resid 534:565)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and (resid 405:512 or resid 534:565)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain A and (resid 513:533 or resid 566:723)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and (resid 513:533 or resid 566:723)

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関連情報:EMDBヘッダ

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