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万見
- PDB-5myp: Structure of apo-TbALDH3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5myp
タイトルStructure of apo-TbALDH3
要素Aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldehyde dehydrogenase / ALDH / Trypanosoma brucei / glycosomal
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde metabolic process / glycosome / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / ciliary plasm / nuclear lumen / mitochondrial outer membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal ...Aldehyde dehydrogenase NAD(P)-dependent / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zoltner, M. / Zhang, N. / Horn, D. / Field, M.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/L018853/1 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Activation of an anti-trypanosomal benzoxaborole requires both host and parasite factors
著者: Zhang, N. / Zoltner, M. / Leung, K.F. / Scullion, P. / Hutchinson, S. / Canavate del Pino, R. / Barrett, M. / Freud, Y. / Alley, D. / Read, K. / Horn, D. / Field, M.C.
履歴
登録2017年1月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,1424
ポリマ－119,9582
非ポリマー1842
水8,827490
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9520 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area36560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.717, 63.950, 91.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.64, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 490 / Label seq-ID: 6 - 490

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Aldehyde dehydrogenase


分子量: 59979.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb427.06.3050 / Variant: 427/ MI221 / プラスミド: pET27b modified / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta Gami / 参照: UniProt: Q583M9
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M LiSO4, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月16日 / 詳細: VariMax VHF
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→90.7 Å / Num. obs: 72557 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 14.8 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.213 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 4318 / CC1/2: 0.941 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimless6.5.013データスケーリング
PHASER6.5.013位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 1.95→22.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.616 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22327 3580 4.9 %RANDOM
Rwork0.20017 ---
obs0.20133 68969 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 19.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20 Å2-0.99 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----0.62 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→22.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7530 0 12 490 8032
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0198092
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0991.97811006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.865318227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4451050
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.54223.626342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.072151473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4151567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0590.21262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219099
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021604
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.531.8554086
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.531.8544085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9322.7785174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.9322.7795175
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.5581.9684006
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.5581.9684006
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.9692.9095833
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.50722.469076
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.34922.3078958
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 32090 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.953→2.004 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 251 -
Rwork0.237 4897 -
obs--95.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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