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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mx8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of H. pylori purine nucleoside phosphorylase from clinical isolate HpPNP-3 | ||||||
要素 | Purine nucleoside phosphorylase DeoD-type | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / purine nucleoside phosphorylase / clinical isolate / Helicobacter pylori / dead-end-complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 uridine phosphorylase / uridine catabolic process / uridine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine nucleoside catabolic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Helicobacter pylori (ピロリ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Stefanic, Z. | ||||||
資金援助 | クロアチア, 1件
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引用 | ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2017 タイトル: Structural characterization of purine nucleoside phosphorylase from human pathogen Helicobacter pylori. 著者: Stefanic, Z. / Mikleusevic, G. / Luic, M. / Bzowska, A. / Lescic Asler, I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mx8.cif.gz | 64.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mx8.ent.gz | 47 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mx8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mx8_validation.pdf.gz | 469.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mx8_full_validation.pdf.gz | 475.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mx8_validation.xml.gz | 13.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mx8_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mx8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 6||||||||
単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25817.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Helicobacter pylori (ピロリ菌) 参照: UniProt: K2JXG0, UniProt: P56463*PLUS, purine-nucleoside phosphorylase | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-HPA / | ||
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-PG4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.26 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 / 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Na/K phosphate pH 6.2, 50% PEG 200 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.541 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.541 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→29.311 Å / Num. obs: 20243 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14 % / Net I/σ(I): 15.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5MX4 解像度: 2.4→29.311 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.37
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 87.85 Å2 / Biso mean: 37.169 Å2 / Biso min: 19.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→29.311 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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