[日本語] English
万見
- PDB-5mvf: Active structure of EHD4 complexed with ADP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mvf
タイトルActive structure of EHD4 complexed with ADP
要素EH domain-containing protein 4
キーワードENDOCYTOSIS / dynamin-like / auto-inhibition / activation
機能・相同性
機能・相同性情報


pinocytosis / endocytic recycling / cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of endocytosis / adherens junction / protein homooligomerization / cellular response to growth factor stimulus / recycling endosome membrane / early endosome membrane / protein-macromolecule adaptor activity ...pinocytosis / endocytic recycling / cell migration involved in sprouting angiogenesis / regulation of endocytosis / adherens junction / protein homooligomerization / cellular response to growth factor stimulus / recycling endosome membrane / early endosome membrane / protein-macromolecule adaptor activity / calcium ion binding / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Topoisomerase; domain 3 - #20 / EH domain-containing protein, N-terminal / Domain of unknown function DUF5600 / N-terminal EH-domain containing protein / Domain of unknown function (DUF5600) / Topoisomerase; domain 3 / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain ...Topoisomerase; domain 3 - #20 / EH domain-containing protein, N-terminal / Domain of unknown function DUF5600 / N-terminal EH-domain containing protein / Domain of unknown function (DUF5600) / Topoisomerase; domain 3 / EH domain / EH domain profile. / Eps15 homology domain / EH domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / EH domain-containing protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.268 Å
データ登録者Melo, A.A. / Daumke, O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB958/A12 ドイツ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the activation mechanism of dynamin-like EHD ATPases.
著者: Melo, A.A. / Hegde, B.G. / Shah, C. / Larsson, E. / Isas, J.M. / Kunz, S. / Lundmark, R. / Langen, R. / Daumke, O.
履歴
登録2017年1月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: EH domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9403
ポリマ－59,4881
非ポリマー4522
水181
1
A: EH domain-containing protein 4
ヘテロ分子

A: EH domain-containing protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8796
ポリマ－118,9762
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_777-y+2,-x+2,-z+21
Buried area3980 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area36020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)199.469, 199.469, 41.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

-
要素

#1: タンパク質 EH domain-containing protein 4 / PAST homolog 2 / mPAST2


分子量: 59488.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The residues GGS belong to the expression tag. The EHD sequence starts on residue Q22.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ehd4, Past2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EQP2
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 900 mM sodium malonate (pH 7)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator SI-111
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.268→48.38 Å / Num. obs: 13647 / % possible obs: 99.49 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.5 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.274 / Rpim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 9.53
反射 シェル解像度: 3.27→3.46 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. measured obs: 22774 / Num. unique all: 2097 / CC1/2: 0.361 / Rrim(I) all: 2.115 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CID

4cid


解像度: 3.268→48.378 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2644 682 5 %
Rwork0.2377 --
obs0.239 13644 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.268→48.378 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3026 0 28 1 3055
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023115
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5634204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.8881894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002539
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2676-3.51990.35151310.33782481X-RAY DIFFRACTION98
3.5199-3.87390.29671330.27022533X-RAY DIFFRACTION100
3.8739-4.43420.26731350.21872566X-RAY DIFFRACTION100
4.4342-5.58530.23261370.21012608X-RAY DIFFRACTION100
5.5853-48.38360.25541460.23352774X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.00860.4374-0.75183.7964-6.00564.47210.1063-0.26820.11471.6502-0.4467-0.9672-0.8434-0.06760.31421.1392-0.0073-0.31840.7319-0.17840.912569.6115383.958240.5648
24.86324.30152.18088.8143.57365.06990.1018-0.76890.57840.5175-0.48250.6643-0.6947-0.44980.39090.63740.0595-0.08510.7145-0.110.561559.7428363.776953.3265
30.51042.0722-0.91397.451-0.9583-0.05860.00420.24320.1896-0.78910.0751.16350.1158-0.3385-0.07360.97240.0054-0.26710.7468-0.09020.743162.0721388.954329.0855
45.0899-2.70090.68974.8990.34462.79450.32850.263-0.3396-0.62-0.50270.5191-0.3648-0.20310.10710.7164-0.02880.07110.6183-0.00510.740566.277393.466527.2523
52.00775.6679-5.02185.97442.01632.00131.96643.1887-1.48890.7612-0.01590.78550.34962.8011-1.48161.3306-0.369-0.51732.175-0.23861.16362.5221353.849160.0257
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 19 through 73 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 270 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 271 through 349 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 350 through 403 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and resid ' 600 '

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る