PDB-5mv3: ACC1 Fab fragment in complex with CII583-591 (CG10)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mv3

タイトル

ACC1 Fab fragment in complex with CII583-591 (CG10)

要素

(heavy chain of ACC1 Fab fragment) x 2
light chain of ACC1 Fab fragment
synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

キーワード

IMMUNE SYSTEM / anti-citrullinated protein antibody (ACPA) / Fab fragment / collagen type II

機能・相同性

機能・相同性情報

Non-integrin membrane-ECM interactions / Extracellular matrix organization / NCAM1 interactions / Signaling by PDGF / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Collagen chain trimerization / collagen type II trimer / collagen type XI trimer / anterior head development / MET activates PTK2 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Dobritzsch, D. / Holmdahl, R. / Ge, C.

資金援助

スウェーデン, 5件

組織	認可番号	国
Swedish Foundation for Strategic Research	RBa08-0047	スウェーデン
Swedish Foundation for Strategic Research	RB13-015	スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation	KAW 2010.0148	スウェーデン
Swedish Research Council	K2011-52X-07931-25-5, 2015-02662 , K2009-75SX-21029-01-3, K2012-75SX-22072-01-3	スウェーデン
European Union	IMI 115142

引用

ジャーナル: JCI Insight / 年: 2017
タイトル: Anti-citrullinated protein antibodies cause arthritis by cross-reactivity to joint cartilage.
著者: Ge, C. / Tong, D. / Liang, B. / Lonnblom, E. / Schneider, N. / Hagert, C. / Viljanen, J. / Ayoglu, B. / Stawikowska, R. / Nilsson, P. / Fields, G.B. / Skogh, T. / Kastbom, A. / Kihlberg, J. / ...

履歴

登録	2017年1月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mv3.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mv3.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mv3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mv3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mv3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mu0SC 5mu2C 5mubC 5mv4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4odt-d 5mu0-4 2r2e-d 5dqd-d 6dwa-2 5mv4-4 5mu2-4 5mub-4 3o45-2 4lri-2 5mub-3 5mv4-1 5mp3-1 5mv4-6 1fvd-2 6x1t-1 6idg-d 5b4m-1 5mu2-5 4ods-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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グルカゴン (Glucagon)
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抗体 (Antibodies)
類似性 (2)
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SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
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カドヘリン (Cadherin)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: heavy chain of ACC1 Fab fragment

B: light chain of ACC1 Fab fragment

X: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

C: heavy chain of ACC1 Fab fragment

D: light chain of ACC1 Fab fragment

E: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

F: heavy chain of ACC1 Fab fragment

G: light chain of ACC1 Fab fragment

H: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

I: heavy chain of ACC1 Fab fragment

J: light chain of ACC1 Fab fragment

K: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

L: heavy chain of ACC1 Fab fragment

M: light chain of ACC1 Fab fragment

N: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

O: heavy chain of ACC1 Fab fragment

P: light chain of ACC1 Fab fragment

Q: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

R: heavy chain of ACC1 Fab fragment

S: light chain of ACC1 Fab fragment

T: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

U: heavy chain of ACC1 Fab fragment

V: light chain of ACC1 Fab fragment

W: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

398 kDa, 24 ポリマー
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1

A: heavy chain of ACC1 Fab fragment

B: light chain of ACC1 Fab fragment

X: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 3 ポリマー
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2

C: heavy chain of ACC1 Fab fragment

D: light chain of ACC1 Fab fragment

E: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 3 ポリマー
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3

F: heavy chain of ACC1 Fab fragment

G: light chain of ACC1 Fab fragment

H: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 3 ポリマー
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4

I: heavy chain of ACC1 Fab fragment

J: light chain of ACC1 Fab fragment

K: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 3 ポリマー
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5

L: heavy chain of ACC1 Fab fragment

M: light chain of ACC1 Fab fragment

N: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

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50 kDa, 3 ポリマー
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6

O: heavy chain of ACC1 Fab fragment

P: light chain of ACC1 Fab fragment

Q: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 3 ポリマー
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7

R: heavy chain of ACC1 Fab fragment

S: light chain of ACC1 Fab fragment

T: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 3 ポリマー
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8

U: heavy chain of ACC1 Fab fragment

V: light chain of ACC1 Fab fragment

W: synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,

ソフトウェアが定義した集合体
49.8 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	87.353, 92.844, 121.706
Angle α, β, γ (deg.)	92.50, 106.53, 104.31
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	1 - 218	1 - 218
2	1	GLU	GLU	PRO	PRO	C	D	1 - 218	1 - 218
1	2	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	1 - 218	1 - 218
2	2	GLU	GLU	PRO	PRO	F	G	1 - 218	1 - 218
1	3	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	1 - 218	1 - 218
2	3	GLU	GLU	PRO	PRO	I	J	1 - 218	1 - 218
1	4	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	1 - 218	1 - 218
2	4	GLU	GLU	PRO	PRO	L	M	1 - 218	1 - 218
1	5	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	1 - 218	1 - 218
2	5	GLU	GLU	PRO	PRO	O	P	1 - 218	1 - 218
1	6	VAL	VAL	PRO	PRO	A	A	2 - 218	2 - 218
2	6	VAL	VAL	PRO	PRO	R	S	2 - 218	2 - 218
1	7	GLU	GLU	PRO	PRO	A	A	1 - 218	1 - 218
2	7	GLU	GLU	PRO	PRO	U	V	1 - 218	1 - 218
1	8	ASP	ASP	ASN	ASN	B	B	1 - 216	1 - 216
2	8	ASP	ASP	ASN	ASN	D	E	1 - 216	1 - 216
1	9	ASP	ASP	ASN	ASN	B	B	1 - 216	1 - 216
2	9	ASP	ASP	ASN	ASN	G	H	1 - 216	1 - 216
1	10	ASP	ASP	CYS	CYS	B	B	1 - 218	1 - 218
2	10	ASP	ASP	CYS	CYS	J	K	1 - 218	1 - 218
1	11	ASP	ASP	CYS	CYS	B	B	1 - 218	1 - 218
2	11	ASP	ASP	CYS	CYS	M	N	1 - 218	1 - 218
1	12	ASP	ASP	ASN	ASN	B	B	1 - 214	1 - 214
2	12	ASP	ASP	ASN	ASN	P	Q	1 - 214	1 - 214
1	13	ASP	ASP	CYS	CYS	B	B	1 - 218	1 - 218
2	13	ASP	ASP	CYS	CYS	S	T	1 - 218	1 - 218
1	14	ASP	ASP	CYS	CYS	B	B	1 - 218	1 - 218
2	14	ASP	ASP	CYS	CYS	V	W	1 - 218	1 - 218
1	15	HYP	HYP	GLY	GLY	X	C	12 - 22	12 - 22
2	15	HYP	HYP	GLY	GLY	E	F	12 - 22	12 - 22
1	16	HYP	HYP	GLY	GLY	X	C	12 - 22	12 - 22
2	16	HYP	HYP	GLY	GLY	H	I	12 - 22	12 - 22
1	17	PRO	PRO	GLY	GLY	X	C	11 - 22	11 - 22
2	17	PRO	PRO	GLY	GLY	K	L	11 - 22	11 - 22
1	18	PRO	PRO	GLY	GLY	X	C	11 - 22	11 - 22
2	18	PRO	PRO	GLY	GLY	N	O	11 - 22	11 - 22
1	19	HYP	HYP	GLY	GLY	X	C	12 - 22	12 - 22
2	19	HYP	HYP	GLY	GLY	Q	R	12 - 22	12 - 22
1	20	HYP	HYP	GLY	GLY	X	C	12 - 22	12 - 22
2	20	HYP	HYP	GLY	GLY	T	U	12 - 22	12 - 22
1	21	HYP	HYP	GLY	GLY	X	C	12 - 22	12 - 22
2	21	HYP	HYP	GLY	GLY	W	X	12 - 22	12 - 22
1	22	GLU	GLU	PRO	PRO	C	D	1 - 218	1 - 218
2	22	GLU	GLU	PRO	PRO	F	G	1 - 218	1 - 218
1	23	GLU	GLU	PRO	PRO	C	D	1 - 218	1 - 218
2	23	GLU	GLU	PRO	PRO	I	J	1 - 218	1 - 218
1	24	GLU	GLU	PRO	PRO	C	D	1 - 218	1 - 218
2	24	GLU	GLU	PRO	PRO	L	M	1 - 218	1 - 218
1	25	GLU	GLU	PRO	PRO	C	D	1 - 218	1 - 218
2	25	GLU	GLU	PRO	PRO	O	P	1 - 218	1 - 218
1	26	VAL	VAL	PRO	PRO	C	D	2 - 218	2 - 218
2	26	VAL	VAL	PRO	PRO	R	S	2 - 218	2 - 218
1	27	GLU	GLU	PRO	PRO	C	D	1 - 218	1 - 218
2	27	GLU	GLU	PRO	PRO	U	V	1 - 218	1 - 218
1	28	ASP	ASP	GLU	GLU	D	E	1 - 217	1 - 217
2	28	ASP	ASP	GLU	GLU	G	H	1 - 217	1 - 217
1	29	ASP	ASP	ASN	ASN	D	E	1 - 216	1 - 216
2	29	ASP	ASP	ASN	ASN	J	K	1 - 216	1 - 216
1	30	ASP	ASP	ASN	ASN	D	E	1 - 216	1 - 216
2	30	ASP	ASP	ASN	ASN	M	N	1 - 216	1 - 216
1	31	ASP	ASP	ASN	ASN	D	E	1 - 214	1 - 214
2	31	ASP	ASP	ASN	ASN	P	Q	1 - 214	1 - 214
1	32	ASP	ASP	ASN	ASN	D	E	1 - 216	1 - 216
2	32	ASP	ASP	ASN	ASN	S	T	1 - 216	1 - 216
1	33	ASP	ASP	ASN	ASN	D	E	1 - 216	1 - 216
2	33	ASP	ASP	ASN	ASN	V	W	1 - 216	1 - 216
1	34	HYP	HYP	GLY	GLY	E	F	12 - 22	12 - 22
2	34	HYP	HYP	GLY	GLY	H	I	12 - 22	12 - 22
1	35	HYP	HYP	GLY	GLY	E	F	12 - 22	12 - 22
2	35	HYP	HYP	GLY	GLY	K	L	12 - 22	12 - 22
1	36	HYP	HYP	GLY	GLY	E	F	12 - 22	12 - 22
2	36	HYP	HYP	GLY	GLY	N	O	12 - 22	12 - 22
1	37	HYP	HYP	GLY	GLY	E	F	12 - 22	12 - 22
2	37	HYP	HYP	GLY	GLY	Q	R	12 - 22	12 - 22
1	38	HYP	HYP	GLY	GLY	E	F	12 - 22	12 - 22
2	38	HYP	HYP	GLY	GLY	T	U	12 - 22	12 - 22
1	39	HYP	HYP	GLY	GLY	E	F	12 - 22	12 - 22
2	39	HYP	HYP	GLY	GLY	W	X	12 - 22	12 - 22
1	40	GLU	GLU	PRO	PRO	F	G	1 - 218	1 - 218
2	40	GLU	GLU	PRO	PRO	I	J	1 - 218	1 - 218
1	41	GLU	GLU	PRO	PRO	F	G	1 - 218	1 - 218
2	41	GLU	GLU	PRO	PRO	L	M	1 - 218	1 - 218
1	42	GLU	GLU	PRO	PRO	F	G	1 - 218	1 - 218
2	42	GLU	GLU	PRO	PRO	O	P	1 - 218	1 - 218
1	43	VAL	VAL	PRO	PRO	F	G	2 - 218	2 - 218
2	43	VAL	VAL	PRO	PRO	R	S	2 - 218	2 - 218
1	44	GLU	GLU	PRO	PRO	F	G	1 - 218	1 - 218
2	44	GLU	GLU	PRO	PRO	U	V	1 - 218	1 - 218
1	45	ASP	ASP	ASN	ASN	G	H	1 - 216	1 - 216
2	45	ASP	ASP	ASN	ASN	J	K	1 - 216	1 - 216
1	46	ASP	ASP	ASN	ASN	G	H	1 - 216	1 - 216
2	46	ASP	ASP	ASN	ASN	M	N	1 - 216	1 - 216
1	47	ASP	ASP	ASN	ASN	G	H	1 - 214	1 - 214
2	47	ASP	ASP	ASN	ASN	P	Q	1 - 214	1 - 214
1	48	ASP	ASP	ASN	ASN	G	H	1 - 216	1 - 216
2	48	ASP	ASP	ASN	ASN	S	T	1 - 216	1 - 216
1	49	ASP	ASP	ASN	ASN	G	H	1 - 216	1 - 216
2	49	ASP	ASP	ASN	ASN	V	W	1 - 216	1 - 216
1	50	HYP	HYP	GLY	GLY	H	I	12 - 22	12 - 22
2	50	HYP	HYP	GLY	GLY	K	L	12 - 22	12 - 22
1	51	HYP	HYP	GLY	GLY	H	I	12 - 22	12 - 22
2	51	HYP	HYP	GLY	GLY	N	O	12 - 22	12 - 22
1	52	HYP	HYP	PRO	PRO	H	I	12 - 23	12 - 23
2	52	HYP	HYP	PRO	PRO	Q	R	12 - 23	12 - 23
1	53	HYP	HYP	PRO	PRO	H	I	12 - 23	12 - 23
2	53	HYP	HYP	PRO	PRO	T	U	12 - 23	12 - 23
1	54	HYP	HYP	PRO	PRO	H	I	12 - 23	12 - 23
2	54	HYP	HYP	PRO	PRO	W	X	12 - 23	12 - 23
1	55	GLU	GLU	PRO	PRO	I	J	1 - 218	1 - 218
2	55	GLU	GLU	PRO	PRO	L	M	1 - 218	1 - 218
1	56	GLU	GLU	PRO	PRO	I	J	1 - 218	1 - 218
2	56	GLU	GLU	PRO	PRO	O	P	1 - 218	1 - 218
1	57	VAL	VAL	GLY	GLY	I	J	2 - 217	2 - 217
2	57	VAL	VAL	GLY	GLY	R	S	2 - 217	2 - 217
1	58	GLU	GLU	PRO	PRO	I	J	1 - 218	1 - 218
2	58	GLU	GLU	PRO	PRO	U	V	1 - 218	1 - 218
1	59	ASP	ASP	CYS	CYS	J	K	1 - 218	1 - 218
2	59	ASP	ASP	CYS	CYS	M	N	1 - 218	1 - 218
1	60	ASP	ASP	ASN	ASN	J	K	1 - 214	1 - 214
2	60	ASP	ASP	ASN	ASN	P	Q	1 - 214	1 - 214
1	61	ASP	ASP	CYS	CYS	J	K	1 - 218	1 - 218
2	61	ASP	ASP	CYS	CYS	S	T	1 - 218	1 - 218
1	62	ASP	ASP	CYS	CYS	J	K	1 - 218	1 - 218
2	62	ASP	ASP	CYS	CYS	V	W	1 - 218	1 - 218
1	63	PRO	PRO	PRO	PRO	K	L	11 - 23	11 - 23
2	63	PRO	PRO	PRO	PRO	N	O	11 - 23	11 - 23
1	64	HYP	HYP	GLY	GLY	K	L	12 - 22	12 - 22
2	64	HYP	HYP	GLY	GLY	Q	R	12 - 22	12 - 22
1	65	HYP	HYP	GLY	GLY	K	L	12 - 22	12 - 22
2	65	HYP	HYP	GLY	GLY	T	U	12 - 22	12 - 22
1	66	HYP	HYP	GLY	GLY	K	L	12 - 22	12 - 22
2	66	HYP	HYP	GLY	GLY	W	X	12 - 22	12 - 22
1	67	GLU	GLU	PRO	PRO	L	M	1 - 218	1 - 218
2	67	GLU	GLU	PRO	PRO	O	P	1 - 218	1 - 218
1	68	VAL	VAL	PRO	PRO	L	M	2 - 218	2 - 218
2	68	VAL	VAL	PRO	PRO	R	S	2 - 218	2 - 218
1	69	GLU	GLU	PRO	PRO	L	M	1 - 218	1 - 218
2	69	GLU	GLU	PRO	PRO	U	V	1 - 218	1 - 218
1	70	ASP	ASP	ASN	ASN	M	N	1 - 214	1 - 214
2	70	ASP	ASP	ASN	ASN	P	Q	1 - 214	1 - 214
1	71	ASP	ASP	CYS	CYS	M	N	1 - 218	1 - 218
2	71	ASP	ASP	CYS	CYS	S	T	1 - 218	1 - 218
1	72	ASP	ASP	CYS	CYS	M	N	1 - 218	1 - 218
2	72	ASP	ASP	CYS	CYS	V	W	1 - 218	1 - 218
1	73	HYP	HYP	GLY	GLY	N	O	12 - 22	12 - 22
2	73	HYP	HYP	GLY	GLY	Q	R	12 - 22	12 - 22
1	74	HYP	HYP	GLY	GLY	N	O	12 - 22	12 - 22
2	74	HYP	HYP	GLY	GLY	T	U	12 - 22	12 - 22
1	75	HYP	HYP	GLY	GLY	N	O	12 - 22	12 - 22
2	75	HYP	HYP	GLY	GLY	W	X	12 - 22	12 - 22
1	76	VAL	VAL	GLY	GLY	O	P	2 - 217	2 - 217
2	76	VAL	VAL	GLY	GLY	R	S	2 - 217	2 - 217
1	77	GLU	GLU	PRO	PRO	O	P	1 - 218	1 - 218
2	77	GLU	GLU	PRO	PRO	U	V	1 - 218	1 - 218
1	78	ASP	ASP	ASN	ASN	P	Q	1 - 214	1 - 214
2	78	ASP	ASP	ASN	ASN	S	T	1 - 214	1 - 214
1	79	ASP	ASP	ASN	ASN	P	Q	1 - 214	1 - 214
2	79	ASP	ASP	ASN	ASN	V	W	1 - 214	1 - 214
1	80	HYP	HYP	PRO	PRO	Q	R	12 - 23	12 - 23
2	80	HYP	HYP	PRO	PRO	T	U	12 - 23	12 - 23
1	81	HYP	HYP	PRO	PRO	Q	R	12 - 23	12 - 23
2	81	HYP	HYP	PRO	PRO	W	X	12 - 23	12 - 23
1	82	VAL	VAL	PRO	PRO	R	S	2 - 218	2 - 218
2	82	VAL	VAL	PRO	PRO	U	V	2 - 218	2 - 218
1	83	ASP	ASP	CYS	CYS	S	T	1 - 218	1 - 218
2	83	ASP	ASP	CYS	CYS	V	W	1 - 218	1 - 218
1	84	HYP	HYP	PRO	PRO	T	U	12 - 23	12 - 23
2	84	HYP	HYP	PRO	PRO	W	X	12 - 23	12 - 23

NCSアンサンブル:

#1: 抗体	heavy chain of ACC1 Fab fragment 分子量: 23353.164 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: B cell hybridoma / 株: B10.RIII.Cia5
#2: 抗体	light chain of ACC1 Fab fragment 分子量: 23721.199 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: B cell hybridoma / 株: B10.RIII.Cia5
#3: タンパク質・ペプチド	synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II,Collagen alpha-1(II) chain,synthetic peptide containing the CII583-591 epitope of collagen type II, / Alpha-1 type II collagen 分子量: 2698.919 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成詳細: the synthesized peptide is homotrimeric and triple-helical in solution, but bound as single alpha chain to ACC1 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P28481
#4: 抗体	heavy chain of ACC1 Fab fragment 分子量: 23567.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: B cell hybridoma / 株: B10.RIII.Cia5

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.1 M Bistris-Propane pH 7.0, 0.2 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→48.9 Å / Num. obs: 73522 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 55.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.95→3.01 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.511 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 4569 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MU0

5mu0

解像度: 2.95→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 58.786 / SU ML: 0.453 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.488 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26098	3639	4.9 %	RANDOM
R_work	0.2015	-	-	-
obs	0.20442	69880	98.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.264 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.49 Å²	-1.85 Å²	0.35 Å²
2-	-	-1.66 Å²	1.05 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.95→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	26921	0	0	0	26921

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.02	27593
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	25227
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.946	37500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.004	3	58464
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.507	5	3528
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.076	24.429	1077
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.699	15	4351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.104	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	4202
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	31086
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	6098
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.914	3.569	14208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.914	3.569	14207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.611	5.349	17704
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.611	5.349	17705
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.697	3.567	13385
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.697	3.567	13386
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.239	5.335	19797
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.599	40.017	28137
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.599	40.019	28138
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	1648	0.01
1	2	C	1648	0.01
2	1	A	1654	0.01
2	2	F	1654	0.01
3	1	A	1652	0.01
3	2	I	1652	0.01
4	1	A	1646	0.01
4	2	L	1646	0.01
5	1	A	1642	0.01
5	2	O	1642	0.01
6	1	A	1628	0.01
6	2	R	1628	0.01
7	1	A	1564	0.01
7	2	U	1564	0.01
8	1	B	1658	0.01
8	2	D	1658	0.01
9	1	B	1660	0.01
9	2	G	1660	0.01
10	1	B	1692	0.01
10	2	J	1692	0.01
11	1	B	1674	0.01
11	2	M	1674	0.01
12	1	B	1646	0.01
12	2	P	1646	0.01
13	1	B	1652	0.01
13	2	S	1652	0.01
14	1	B	1652	0.01
14	2	V	1652	0.01
15	1	X	52	0
15	2	E	52	0
16	1	X	52	0
16	2	H	52	0
17	1	X	58	0.01
17	2	K	58	0.01
18	1	X	62	0.01
18	2	N	62	0.01
19	1	X	58	0.01
19	2	Q	58	0.01
20	1	X	56	0
20	2	T	56	0
21	1	X	60	0
21	2	W	60	0
22	1	C	1656	0.01
22	2	F	1656	0.01
23	1	C	1668	0.01
23	2	I	1668	0.01
24	1	C	1672	0.01
24	2	L	1672	0.01
25	1	C	1654	0.01
25	2	O	1654	0.01
26	1	C	1636	0.01
26	2	R	1636	0.01
27	1	C	1564	0.01
27	2	U	1564	0.01
28	1	D	1662	0.01
28	2	G	1662	0.01
29	1	D	1666	0.01
29	2	J	1666	0.01
30	1	D	1680	0.01
30	2	M	1680	0.01
31	1	D	1640	0.01
31	2	P	1640	0.01
32	1	D	1646	0.01
32	2	S	1646	0.01
33	1	D	1618	0.01
33	2	V	1618	0.01
34	1	E	50	0
34	2	H	50	0
35	1	E	50	0
35	2	K	50	0
36	1	E	54	0
36	2	N	54	0
37	1	E	52	0
37	2	Q	52	0
38	1	E	52	0
38	2	T	52	0
39	1	E	50	0
39	2	W	50	0
40	1	F	1660	0.01
40	2	I	1660	0.01
41	1	F	1636	0.01
41	2	L	1636	0.01
42	1	F	1632	0.01
42	2	O	1632	0.01
43	1	F	1628	0.01
43	2	R	1628	0.01
44	1	F	1562	0.01
44	2	U	1562	0.01
45	1	G	1670	0.01
45	2	J	1670	0.01
46	1	G	1672	0.01
46	2	M	1672	0.01
47	1	G	1648	0.01
47	2	P	1648	0.01
48	1	G	1664	0.01
48	2	S	1664	0.01
49	1	G	1650	0.01
49	2	V	1650	0.01
50	1	H	54	0
50	2	K	54	0
51	1	H	54	0
51	2	N	54	0
52	1	H	58	0.01
52	2	Q	58	0.01
53	1	H	58	0
53	2	T	58	0
54	1	H	56	0
54	2	W	56	0
55	1	I	1664	0.01
55	2	L	1664	0.01
56	1	I	1656	0.01
56	2	O	1656	0.01
57	1	I	1634	0.01
57	2	R	1634	0.01
58	1	I	1550	0.01
58	2	U	1550	0.01
59	1	J	1696	0.01
59	2	M	1696	0.01
60	1	J	1662	0.01
60	2	P	1662	0.01
61	1	J	1672	0.01
61	2	S	1672	0.01
62	1	J	1662	0.01
62	2	V	1662	0.01
63	1	K	66	0.01
63	2	N	66	0.01
64	1	K	52	0.01
64	2	Q	52	0.01
65	1	K	54	0
65	2	T	54	0
66	1	K	52	0
66	2	W	52	0
67	1	L	1672	0.01
67	2	O	1672	0.01
68	1	L	1642	0.01
68	2	R	1642	0.01
69	1	L	1536	0.01
69	2	U	1536	0.01
70	1	M	1666	0.01
70	2	P	1666	0.01
71	1	M	1680	0.01
71	2	S	1680	0.01
72	1	M	1654	0.01
72	2	V	1654	0.01
73	1	N	56	0
73	2	Q	56	0
74	1	N	58	0
74	2	T	58	0
75	1	N	56	0
75	2	W	56	0
76	1	O	1626	0.01
76	2	R	1626	0.01
77	1	O	1540	0.01
77	2	U	1540	0.01
78	1	P	1652	0.01
78	2	S	1652	0.01
79	1	P	1632	0.01
79	2	V	1632	0.01
80	1	Q	58	0
80	2	T	58	0
81	1	Q	58	0.01
81	2	W	58	0.01
82	1	R	1556	0.01
82	2	U	1556	0.01
83	1	S	1676	0.01
83	2	V	1676	0.01
84	1	T	58	0
84	2	W	58	0

LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.026 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.371	242	-
R_work	0.327	5212	-
obs	-	-	98.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4661	0.0294	1.804	1.5828	-0.2059	2.22	-0.4302	-0.8403	0.3907	0.5166	0.2016	-0.191	-0.1931	0.0367	0.2286	0.3015	0.0974	-0.0552	0.1618	-0.0291	0.0626	41.8299	20.2865	11.2489
2	7.7115	1.2203	2.4437	5.3094	1.1572	4.7497	0.055	-1.2787	-0.9972	0.4257	0.2056	0.5583	0.0088	-0.8633	-0.2606	0.1234	0.1004	0.1635	0.5336	0.2844	0.3761	15.5449	9.6933	7.3061
3	10.4735	4.658	4.2873	3.3794	3.2738	8.0124	-0.5646	1.9354	0.6484	-0.0792	0.2884	-0.0687	-0.4995	1.1586	0.2762	0.3533	-0.2526	-0.1571	0.7799	0.3491	0.1773	41.5753	26.2583	-14.5261
4	7.4785	1.1339	0.7549	1.7986	-0.3663	3.483	-0.2498	0.1993	0.0672	-0.0513	0.1807	0.4707	-0.3309	-0.2673	0.0691	0.149	0.0368	-0.0151	0.0415	0.0315	0.1439	22.2089	18.9514	-6.0297
5	3.2719	1.6224	-3.941	5.7892	-1.7273	7.8423	0.059	-0.0712	-0.3532	-0.68	-0.4824	-0.4888	0.8078	0.5423	0.4235	0.401	0.2472	-0.0463	0.1738	-0.0758	0.2806	12.3042	-47.3143	-29.7741
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25	X-RAY DIFFRACTION	25	P	113 - 215
26	X-RAY DIFFRACTION	26	R	2 - 114
27	X-RAY DIFFRACTION	27	R	115 - 126
28	X-RAY DIFFRACTION	28	R	127 - 218
29	X-RAY DIFFRACTION	29	S	1 - 125
30	X-RAY DIFFRACTION	30	S	126 - 218
31	X-RAY DIFFRACTION	31	U	1 - 131
32	X-RAY DIFFRACTION	32	U	132 - 196
33	X-RAY DIFFRACTION	33	U	197 - 218
34	X-RAY DIFFRACTION	34	V	1 - 36
35	X-RAY DIFFRACTION	35	V	37 - 125
36	X-RAY DIFFRACTION	36	V	126 - 218
37	X-RAY DIFFRACTION	37	E	25 - 40
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	12 - 23
39	X-RAY DIFFRACTION	39	K	11 - 23
40	X-RAY DIFFRACTION	40	N	11 - 23
41	X-RAY DIFFRACTION	41	Q	12 - 23
42	X-RAY DIFFRACTION	42	T	12 - 23
43	X-RAY DIFFRACTION	43	W	12 - 23
44	X-RAY DIFFRACTION	44	X	10 - 16
45	X-RAY DIFFRACTION	45	X	17 - 23

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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