PDB-5mv0: Structure of an N-terminal domain of a reptarenavirus L protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mv0

タイトル

Structure of an N-terminal domain of a reptarenavirus L protein

要素

L protein

キーワード

VIRAL PROTEIN / Arenavirus / polymerase / endonuclease / cap-snatching

機能・相同性

機能・相同性情報

cap snatching / virion component / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

CAS virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Rosenthal, M. / Gogrefe, N. / Reguera, J. / Vogel, D. / Rauschenberger, B. / Cusack, S. / Gunther, S. / Reindl, S.

資金援助

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into reptarenavirus cap-snatching machinery.
著者: Rosenthal, M. / Gogrefe, N. / Vogel, D. / Reguera, J. / Rauschenberger, B. / Cusack, S. / Gunther, S. / Reindl, S.

履歴

登録	2017年1月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月14日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_audit_support Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mv0.cif.gz	183.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mv0.ent.gz	147.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mv0_validation.pdf.gz	461.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mv0_full_validation.pdf.gz	468.5 KB	表示
XML形式データ	5mv0_validation.xml.gz	36.3 KB	表示
CIF形式データ	5mv0_validation.cif.gz	53.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/5mv0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5musC 5muyC 5muzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3zpi-d 6x82-d 1usx-1 5xi0-d 1v3d-d 1v3c-d 5gj7-d 1q0q-d 4fyz-d 3zk5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L protein

B: L protein

C: L protein

D: L protein

ヘテロ分子

95.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L protein

C: L protein

ヘテロ分子

B: L protein

D: L protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
95.2 kDa, 4 ポリマー
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2

B: L protein

D: L protein

ヘテロ分子

A: L protein

C: L protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
95.2 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.970, 112.342, 153.848
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	L protein 分子量: 23711.160 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminus, UNP residues 1-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CAS virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: J7HBG8
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.61 %
結晶化	温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 200, 2.5% PEG 3000, and 100 mM MES, pH 5.7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.931→90.73 Å / Num. obs: 74927 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 15.33
反射シェル	解像度: 1.931→2 Å / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 7396 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
iMOSFLM	7.1.3	データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.93→90.73 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	3753	5.01 %
R_work	0.173	-	-
obs	0.175	74918	99.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→90.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6424	0	20	620	7064

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6713
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.865	9124
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.368	4220
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1062
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1156

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.931-1.9555	0.2635	130	0.2093	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9555-1.9812	0.2996	123	0.207	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9812-2.0084	0.2401	155	0.1999	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0084-2.037	0.2627	119	0.1976	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.037-2.0675	0.2726	125	0.189	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0675-2.0998	0.2386	135	0.1869	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0998-2.1342	0.2551	142	0.1745	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1342-2.171	0.2348	137	0.1666	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.171-2.2105	0.1967	142	0.1668	2590	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2105-2.253	0.2273	144	0.167	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.253-2.299	0.2195	137	0.1687	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.299-2.349	0.2305	135	0.1638	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.349-2.4036	0.2091	134	0.1649	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4036-2.4637	0.2202	152	0.1672	2635	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4637-2.5304	0.1897	142	0.166	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5304-2.6048	0.2295	155	0.1636	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6048-2.6889	0.2216	118	0.1638	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6889-2.785	0.1873	170	0.1602	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.785-2.8965	0.1912	145	0.1752	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8965-3.0284	0.2274	130	0.1663	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0284-3.188	0.213	156	0.1753	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
3.188-3.3878	0.2019	129	0.1733	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3878-3.6494	0.2247	129	0.1679	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6494-4.0166	0.1993	142	0.1562	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0166-4.5978	0.1758	146	0.1502	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5978-5.7926	0.21	136	0.1784	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7926-90.8282	0.2236	145	0.2116	2854	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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