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- PDB-5muf: Crystal structure of human phosphoglycerate mutase family member ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5muf
タイトルCrystal structure of human phosphoglycerate mutase family member 5 (PGAM5) in its enzymatically active dodecameric form induced by the presence of the N-terminal WDPNWD motif
要素Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / PHOSPHOGLYCERATE MUTASE FAMILY MEMBER 5 / PGAM5 / SERINE/THREONINE PHOSPHATASE / MITOCHONDRIAL PROTEIN / WDPNWD motif / WDXNWD motif / dimer / dodecamer / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cold-induced thermogenesis / protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of mitochondrial fission / Receptor Mediated Mitophagy / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / necroptotic process / phosphoprotein phosphatase activity / Regulation of pyruvate metabolism / GTPase activator activity ...negative regulation of cold-induced thermogenesis / protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of mitochondrial fission / Receptor Mediated Mitophagy / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / necroptotic process / phosphoprotein phosphatase activity / Regulation of pyruvate metabolism / GTPase activator activity / macroautophagy / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / protein-containing complex binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
: / Phosphoglycerate mutase family / Phosphoglycerate mutase-like / Histidine phosphatase superfamily, clade-1 / Histidine phosphatase superfamily (branch 1) / Histidine phosphatase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Alfano, I. / Picaud, S. / Filippakopoulos, P. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structures of PGAM5 Provide Insight into Active Site Plasticity and Multimeric Assembly.
著者: Chaikuad, A. / Filippakopoulos, P. / Marcsisin, S.R. / Picaud, S. / Schroder, M. / Sekine, S. / Ichijo, H. / Engen, J.R. / Takeda, K. / Knapp, S.
履歴
登録2017年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
B: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
C: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,7026
ポリマ－81,4173
非ポリマー2853
水91951
1
A: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
B: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
C: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
B: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
C: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
B: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
C: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
B: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
C: Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)326,80624
ポリマ－325,66712
非ポリマー1,14012
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.215, 141.403, 183.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 56 - 289 / Label seq-ID: 5 - 238

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13BB
23CC

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase PGAM5, mitochondrial / Bcl-XL-binding protein v68 / Phosphoglycerate mutase family member 5


分子量: 27138.895 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PGAM5 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3-pRARE2
参照: UniProt: Q96HS1, protein-serine/threonine phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.37 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.7 / 詳細: 18% PEG 3350 and 0.1 M MES, pH 5.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→41.03 Å / Num. obs: 18243 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 55.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.271 / Rpim(I) all: 0.101 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.993 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2709 / Rpim(I) all: 0.373 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MXO

3mxo


解像度: 3.1→41.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 46.834 / SU ML: 0.369 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.451 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25553 933 5.1 %RANDOM
Rwork0.22648 ---
obs0.22793 17300 92.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.597 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å20 Å2-0 Å2
2--1.02 Å20 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.1→41.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5062 0 15 51 5128
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195197
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1041.9557052
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.779311142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3085623
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.08321.905252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34715870
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0271563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2764
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215747
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6232.0462509
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6232.0462508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.1563.0663127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1563.0673128
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.4662.0962687
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.4622.0882674
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.8813.1123907
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.38523.1455641
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.38523.1525641
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A138760.05
12B138760.05
21A139040.04
22C139040.04
31B138420.05
32C138420.05
LS精密化 シェル解像度: 3.105→3.185 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 78 -
Rwork0.347 1300 -
obs--94.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32030.1906-0.00660.797-0.27550.55380.00580.03410.1621-0.05470.04870.00070.00460.0093-0.05450.324-0.0153-0.00830.58840.02240.115-0.210555.5579-52.5378
20.84390.09740.03330.1638-0.22440.61070.0535-0.0521-0.01140.01730.02460.02610.04780.0064-0.07810.3417-0.00270.01070.6076-0.01360.03590.440134.421-38.5234
30.9538-0.32330.28441.5381-0.31141.04350.20460.07680.0265-0.0733-0.0778-0.07310.2138-0.0099-0.12680.39290.0331-0.01390.5957-0.00660.0262-0.357721.2479-12.6646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A56 - 289
2X-RAY DIFFRACTION2B56 - 289
3X-RAY DIFFRACTION3C56 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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