[日本語] English
万見
- PDB-5mtt: Maltodextrin binding protein MalE1 from L. casei BL23 bound to ma... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mtt
タイトルMaltodextrin binding protein MalE1 from L. casei BL23 bound to maltotetraose
要素MalE1
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / carbohydrate binding protein / lactobacillus casei
機能・相同性
機能・相同性情報


maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotetraose / alpha-D-glucopyranose / MalE1
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus casei BL23 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.12 Å
データ登録者Homburg, C. / Bommer, M. / Wuttge, S. / Hobe, C. / Beck, S. / Dobbek, H. / Deutscher, J. / Licht, A. / Schneider, E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB1078 ドイツ
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Inducer exclusion in Firmicutes: insights into the regulation of a carbohydrate ATP binding cassette transporter from Lactobacillus casei BL23 by the signal transducing protein P-Ser46-HPr.
著者: Homburg, C. / Bommer, M. / Wuttge, S. / Hobe, C. / Beck, S. / Dobbek, H. / Deutscher, J. / Licht, A. / Schneider, E.
履歴
登録2017年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_audit_support / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MalE1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,68120
ポリマ－40,5051
非ポリマー2,17619
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5470 Å2
ΔGint38 kcal/mol
Surface area14950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.494, 83.079, 85.036
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 MalE1 / periplasmic maltodextrin binding protein MalE1


分子量: 40504.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus casei BL23 (バクテリア)
遺伝子: malE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0L7B0

-
糖 , 2種, 5分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖
ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 468分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.1 mM Na-Hepes, pH 7.0, 20-25% Jeffamine ED2003, pH 7.0, 5 mM maltotetraose, 100 mM LiCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月27日
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.118→45.28 Å / Num. obs: 146247 / % possible obs: 99.73 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 12.12 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.52
反射 シェル解像度: 1.118→1.158 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 1.1218 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 14158 / CC1/2: 0.742 / Rpim(I) all: 0.386 / % possible all: 97.76

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1-2155_1168: ???)精密化
XDSVERSION November 11, 2013データ削減
XDSVERSION November 11, 2013データスケーリング
SHELXDE2013/2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.12→41.54 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 11.82
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.137 7312 5 %random selection
Rwork0.12 ---
obs0.12 146240 99.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.12→41.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2803 0 137 454 3394
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093134
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0824254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3131180
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085495
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008532
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1179-1.13060.25592250.24774273X-RAY DIFFRACTION93
1.1306-1.14390.22022430.19984619X-RAY DIFFRACTION100
1.1439-1.15780.19812400.18544558X-RAY DIFFRACTION100
1.1578-1.17250.18432410.17984581X-RAY DIFFRACTION100
1.1725-1.18790.18752450.16754660X-RAY DIFFRACTION100
1.1879-1.20420.20492400.16394557X-RAY DIFFRACTION100
1.2042-1.22140.17532440.15564635X-RAY DIFFRACTION100
1.2214-1.23960.17052400.14844548X-RAY DIFFRACTION100
1.2396-1.2590.17642410.13614582X-RAY DIFFRACTION100
1.259-1.27970.16352460.12974668X-RAY DIFFRACTION100
1.2797-1.30170.13762410.12044596X-RAY DIFFRACTION100
1.3017-1.32540.14052410.1164570X-RAY DIFFRACTION100
1.3254-1.35090.15292440.114643X-RAY DIFFRACTION100
1.3509-1.37850.13812420.10454594X-RAY DIFFRACTION100
1.3785-1.40840.13252440.10234634X-RAY DIFFRACTION100
1.4084-1.44120.13852430.09644608X-RAY DIFFRACTION100
1.4412-1.47720.12292420.09114611X-RAY DIFFRACTION100
1.4772-1.51720.11952450.0884642X-RAY DIFFRACTION100
1.5172-1.56180.10712420.08434614X-RAY DIFFRACTION100
1.5618-1.61220.10662450.08024638X-RAY DIFFRACTION100
1.6122-1.66990.11682450.08264664X-RAY DIFFRACTION100
1.6699-1.73670.11082450.08694645X-RAY DIFFRACTION100
1.7367-1.81580.12352420.08994613X-RAY DIFFRACTION100
1.8158-1.91150.11352460.09434671X-RAY DIFFRACTION100
1.9115-2.03130.1152460.09844680X-RAY DIFFRACTION100
2.0313-2.18810.12682470.10274684X-RAY DIFFRACTION100
2.1881-2.40830.11842470.10694692X-RAY DIFFRACTION100
2.4083-2.75670.14112490.12474723X-RAY DIFFRACTION100
2.7567-3.47290.14192500.1394765X-RAY DIFFRACTION100
3.4729-41.56820.14532610.1414960X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る