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万見
- PDB-5mtj: Yes1-SH2 in complex with monobody Mb(Yes_1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mtj
タイトルYes1-SH2 in complex with monobody Mb(Yes_1)
要素
  • Monobody Mb(Yes_1)
  • Tyrosine-protein kinase Yes
キーワードSIGNALING PROTEIN / Monobody / Src homology / Signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


PECAM1 interactions / Signaling by ERBB2 / Regulation of KIT signaling / Co-inhibition by CTLA4 / EPHA-mediated growth cone collapse / Co-stimulation by CD28 / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / EPHB-mediated forward signaling / Signaling by SCF-KIT / FCGR activation ...PECAM1 interactions / Signaling by ERBB2 / Regulation of KIT signaling / Co-inhibition by CTLA4 / EPHA-mediated growth cone collapse / Co-stimulation by CD28 / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / EPHB-mediated forward signaling / Signaling by SCF-KIT / FCGR activation / regulation of D-glucose transmembrane transport / Regulation of signaling by CBL / anchoring junction / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cellular response to retinoic acid / phosphotyrosine residue binding / actin filament / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / protein tyrosine kinase activity / transmembrane transporter binding / centrosome / enzyme binding / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase Yes, SH3 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains ...Tyrosine-protein kinase Yes, SH3 domain / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / : / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Immunoglobulins / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tyrosine-protein kinase Yes
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.949 Å
データ登録者Sha, F. / Kukenshoner, T. / Koide, S. / Hantschel, O.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Selective Targeting of SH2 Domain-Phosphotyrosine Interactions of Src Family Tyrosine Kinases with Monobodies.
著者: Kukenshoner, T. / Schmit, N.E. / Bouda, E. / Sha, F. / Pojer, F. / Koide, A. / Seeliger, M. / Koide, S. / Hantschel, O.
履歴
登録2017年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 2.02019年8月14日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / reflns_shell / Item: _atom_site.occupancy / _reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all
改定 2.12019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 2.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase Yes
B: Monobody Mb(Yes_1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,5685
ポリマ－24,0302
非ポリマー5393
水4,324240
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.864, 101.864, 139.618
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-267-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase Yes / Proto-oncogene c-Yes / p61-Yes


分子量: 13295.996 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Yes1, Yes
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q04736, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: タンパク質 Monobody Mb(Yes_1)


分子量: 10733.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸


分子量: 221.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H19NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.25
詳細: 2M Ammonium sulfate, 0.2M Lithium sulfate, 0.1M CAPS/NaOH pH10.25

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.949→50 Å / Num. obs: 27106 / % possible obs: 99.82 % / 冗長度: 19.1 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 24.44
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 16.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Rpim(I) all: 0.544 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K2M and 4TZI

3k2m

4tzi


解像度: 1.949→43.308 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.51
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2231 1361 5.02 %
Rwork0.1902 --
obs0.1918 27104 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.949→43.308 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1640 0 33 240 1913
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081729
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8722356
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7511019
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006293
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9492-2.01890.2861280.27752521X-RAY DIFFRACTION99
2.0189-2.09970.24831520.232515X-RAY DIFFRACTION100
2.0997-2.19520.22781330.22152531X-RAY DIFFRACTION100
2.1952-2.3110.25541400.21062532X-RAY DIFFRACTION100
2.311-2.45570.24691320.21022548X-RAY DIFFRACTION100
2.4557-2.64530.25771380.21212558X-RAY DIFFRACTION100
2.6453-2.91150.23981320.20552586X-RAY DIFFRACTION100
2.9115-3.33270.24171370.1842582X-RAY DIFFRACTION100
3.3327-4.19820.19411330.15842615X-RAY DIFFRACTION100
4.1982-43.31860.19051360.17462755X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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