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- PDB-5mt8: Structure of E.coli GlpG in complex with peptide derived inhibito... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mt8
タイトルStructure of E.coli GlpG in complex with peptide derived inhibitor Ac-RVRHA-cmk
要素
  • ACE-ARG-VAL-ARG-HIS-ALA-0QE
  • Rhomboid protease GlpG
キーワードHYDROLASE / Membrane protein / Intramembrane protease
機能・相同性
機能・相同性情報


rhomboid protease / endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Rhomboid-like fold / Rhomboid-like / Peptidase S54, GlpG peptidase, N-terminal / Rhomboid protease GlpG / GlpG peptidase, N-terminal domain superfamily / Cytoplasmic N-terminal domain of rhomboid serine protease / Peptidase S54, rhomboid domain / Rhomboid domain / Rhomboid-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Rhomboid protease GlpG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Providencia stuartii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Vinothkumar, K.R.
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2017
タイトル: General and Modular Strategy for Designing Potent, Selective, and Pharmacologically Compliant Inhibitors of Rhomboid Proteases.
著者: Ticha, A. / Stanchev, S. / Vinothkumar, K.R. / Mikles, D.C. / Pachl, P. / Began, J. / Skerle, J. / Svehlova, K. / Nguyen, M.T.N. / Verhelst, S.H.L. / Johnson, D.C. / Bachovchin, D.A. / ...著者: Ticha, A. / Stanchev, S. / Vinothkumar, K.R. / Mikles, D.C. / Pachl, P. / Began, J. / Skerle, J. / Svehlova, K. / Nguyen, M.T.N. / Verhelst, S.H.L. / Johnson, D.C. / Bachovchin, D.A. / Lepsik, M. / Majer, P. / Strisovsky, K.
履歴
登録2017年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rhomboid protease GlpG
B: ACE-ARG-VAL-ARG-HIS-ALA-0QE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4818
ポリマ－20,9132
非ポリマー1,5676
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area9830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.159, 111.159, 124.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Rhomboid protease GlpG / Intramembrane serine protease


分子量: 20214.020 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 92-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: glpG, b3424, JW5687 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P09391, rhomboid protease
#2: タンパク質・ペプチド ACE-ARG-VAL-ARG-HIS-ALA-0QE


分子量: 699.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Providencia stuartii (バクテリア)
#3: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2M Sodium cholride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→44.9 Å / Num. obs: 21621 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 24.5
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.593 / % possible all: 95.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2XOV

2xov


解像度: 1.95→44.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 7.073 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.122 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22507 1049 4.9 %RANDOM
Rwork0.19958 ---
obs0.20075 20568 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 53.27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0.25 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3---1.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→44.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1467 0 35 29 1531
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0191547
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021499
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3071.9392088
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89733419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2135182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.03721.55258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.1815233
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.922157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2222
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021665
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02370
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3914.257736
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.3764.256735
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1976.351916
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.26.351917
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.785.004811
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.7775.009812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.0647.2521175
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.88751.0011837
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.88951.0111836
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.952→2.003 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 77 -
Rwork0.302 1431 -
obs--96.17 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.7169 Å / Origin y: 7.658 Å / Origin z: -43.6524 Å
111213212223313233
T0.0258 Å20.018 Å20.0063 Å2-0.1092 Å2-0.0641 Å2--0.0568 Å2
L1.2561 °2-0.3219 °20.224 °2-0.2117 °2-0.351 °2--0.8599 °2
S0.0159 Å °0.0531 Å °-0.0046 Å °0.0365 Å °0.0114 Å °-0.0067 Å °-0.0594 Å °0.0661 Å °-0.0273 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A92 - 270
2X-RAY DIFFRACTION1B1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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