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- PDB-5mr2: Crystal structure of red abalone VERL repeat 2 with linker at 2.5... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mr2
タイトルCrystal structure of red abalone VERL repeat 2 with linker at 2.5 A resolution
要素Vitelline envelope sperm lysin receptor
キーワードCELL ADHESION / FERTILIZATION / EGG-SPERM INTERACTION / GAMETE RECOGNITION / VITELLINE ENVELOPE / SPERM RECEPTOR
機能・相同性vitelline envelope / Vitelline envelope, lysin receptor / Vitelline envelope receptor for lysin / sperm-egg recognition / ZP domain profile. / Zona pellucida domain / extracellular region / plasma membrane / Vitelline envelope sperm lysin receptor
機能・相同性情報
生物種Haliotis rufescens (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sadat Al-Hosseini, H. / Raj, I. / Nishimura, K. / De Sanctis, D. / Jovine, L.
資金援助 スウェーデン, 6件
組織認可番号国
Karolinska Institutet スウェーデン
Swedish Research Council2012-5093 スウェーデン
Goran Gustafsson Foundation for Research in Natural Sciences and Medicine スウェーデン
Sven and Ebba-Christina Hagberg foundation スウェーデン
European Molecular Biology Organization
European UnionERC 260759
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structural Basis of Egg Coat-Sperm Recognition at Fertilization.
著者: Raj, I. / Sadat Al Hosseini, H. / Dioguardi, E. / Nishimura, K. / Han, L. / Villa, A. / de Sanctis, D. / Jovine, L.
#1: ジャーナル: Mol. Biol. Evol. / 年: 2011
タイトル: The molecular basis of sex: linking yeast to human.
著者: Swanson, W.J. / Aagaard, J.E. / Vacquier, V.D. / Monne, M. / Sadat Al Hosseini, H. / Jovine, L.
#2: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2006
タイトル: Rapidly evolving zona pellucida domain proteins are a major component of the vitelline envelope of abalone eggs.
著者: Aagaard, J.E. / Yi, X. / MacCoss, M.J. / Swanson, W.J.
#3: ジャーナル: Gene / 年: 2002
タイトル: Full-length sequence of VERL, the egg vitelline envelope receptor for abalone sperm lysin.
著者: Galindo, B.E. / Moy, G.W. / Swanson, W.J. / Vacquier, V.D.
#4: ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 1997
タイトル: The abalone egg vitelline envelope receptor for sperm lysin is a giant multivalent molecule.
著者: Swanson, W.J. / Vacquier, V.D.
履歴
登録2016年12月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vitelline envelope sperm lysin receptor
B: Vitelline envelope sperm lysin receptor
C: Vitelline envelope sperm lysin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9326
ポリマ－45,2683
非ポリマー6643
水39622
1
C: Vitelline envelope sperm lysin receptor
ヘテロ分子

C: Vitelline envelope sperm lysin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6214
ポリマ－30,1792
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
2
A: Vitelline envelope sperm lysin receptor
B: Vitelline envelope sperm lysin receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6214
ポリマ－30,1792
非ポリマー4422
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1950 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area12790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.920, 79.190, 81.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Vitelline envelope sperm lysin receptor


分子量: 15089.334 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 176-298 / 変異: S293A, S296A, S297A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / 遺伝子: VERL / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WR62
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 変異: S293A, S296A, S297A / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / 由来: (組換発現) Haliotis rufescens (無脊椎動物) / 遺伝子: VERL / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK-293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 0.2 M ammonium formate pH 6.6, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8729 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8729 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.01 Å / Num. obs: 15039 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.1382 / Net I/σ(I): 7.79
反射 シェル解像度: 2.5→2.589 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 2.386 / Mean I/σ(I) obs: 0.62 / CC1/2: 0.222 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSMay 1, 2016 BUILT=20160617データ削減
XDSMay 1, 2016 BUILT=20160617データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IIA, 5IIB, 5IIC

5iia

5iib

5iic


解像度: 2.5→47.006 Å / SU ML: 0.49 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2802 1503 10.02 %
Rwork0.234 --
obs0.2386 14993 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.006 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 0 42 22 2572
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082624
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1323578
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.732971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007446
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.58070.41321340.39591179X-RAY DIFFRACTION97
2.5807-2.67290.38971350.36421210X-RAY DIFFRACTION100
2.6729-2.780.37311370.34351230X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.90650.361360.31171232X-RAY DIFFRACTION100
2.9065-3.05970.3631340.30791203X-RAY DIFFRACTION100
3.0597-3.25130.34711380.27111238X-RAY DIFFRACTION100
3.2513-3.50230.28131360.24871229X-RAY DIFFRACTION100
3.5023-3.85460.25771370.23041231X-RAY DIFFRACTION100
3.8546-4.4120.25731380.19351240X-RAY DIFFRACTION100
4.412-5.55720.22071360.16951226X-RAY DIFFRACTION100
5.5572-47.01390.25831420.22121272X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6503-0.0895-0.43894.28461.28713.09320.02990.23820.037-0.2072-0.13910.2613-0.3496-0.1949-00.5851-0.02090.02570.6345-0.00490.634311.56667.9431-3.9007
22.8110.1029-0.70595.50070.68115.9477-0.17680.2926-0.0486-0.2630.2008-0.2194-0.2820.165700.4731-0.0817-0.01210.6208-0.06660.700621.7244-7.532-14.7795
31.2283-0.37480.20972.8244-0.56415.96750.1902-0.0016-0.1275-0.12360.0302-0.0488-0.0054-0.1717-00.6108-0.0263-0.03860.58230.02510.650220.237415.849430.818
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and not resname HOH
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and not resname HOH
3X-RAY DIFFRACTION3chain C and not resname HOH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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